李璮爲什麼會叛變這個問題在歷史記載中並沒有具體的說明，但是在後人的總結之中主要有以下幾個原因導致了他的叛亂。首先要說到的是漢人的民族情結，當時的中國因爲長時間受到漢人的統治，在思想上就是非常鄙夷其他種族的，忽必烈想改變這種根深蒂固的民族意識本身就是非常困難的，再加上他沒有改變原有的統治方式，在他執政的兩年中中國北方的一些人民對他的不滿越來越嚴重，其中爲首的就是李璮，這在某種意義上奠定了李璮叛變的基礎。
李璮在統治山東益都地區時就積累了大量的兵力和財力，所以這個時候的忽必烈已經開始防備李璮，在李璮提出要忽必烈准許他越過淮河去騷擾南宋的時候忽必烈雖然讚賞他的想法但卻沒有授予他實質上的權利，這一點使李璮意識到忽必烈已經開始防備自己，1261年的時候李璮正式開始叛變，有人推測說他是得到了宋軍的保證，也有可能是和南宋的貿易上他能取得更大的利益所以他才選擇了背叛忽必烈。所以，綜合上述幾個可能性從而導致了李璮最後的叛變。
忽必烈在平定了李璮的叛亂後，他意識到自己要加強管理，否則內部還會出現類似於李璮叛亂的事情，而這些行爲對國家穩定發展是十分不利的。忽必烈也意識到穩固自己政權的重要性，只要政權穩定，元朝才能朝更好的方向發展。這也是李璮叛亂對元朝的影響的最主要的一面。
忽必烈爲了防止再次出現叛亂，於是便加強的統治，地方的軍閥在知道李璮叛亂失敗後，也都不敢做什麼越權的事情，而是一心一意的輔佐忽必烈。與此同時，忽必烈對地方軍閥的軍隊也進行了一番改革，忽必烈把地方世侯的軍權進行了削減，這樣便會避免再次出現內部叛亂的現象。在其他方面，忽必烈也是採取各種措施來削減世族的權利。忽必烈還下令不允許民間有造兵器的行爲，諸侯世襲的政策也有所改變。總之忽必烈在李璮叛亂後，對國家的各個方面都進行了一番整治，主要目的就只有一個，加強皇權，削弱地方軍閥的權利，這樣才能使得國家更好的發展。
不過李璮叛亂對元朝的影響中也是有消極的，對元朝統治不利的一面的，那就是李璮叛亂造成一種分裂的局面。當然塞翁失馬，焉知非福，當時的皇帝在經歷了類似的叛亂事件後，對自己的政權會更加珍惜也更加用心的治理國家。於是在李璮叛亂後，忽必烈也採取了一系列改革措施，元朝又呈現出一片好景，社會十分安定，諸侯也都爲忽必烈效力，使得元朝更加繁榮富強。
