永嘉元年，西晉王朝覆滅，司馬睿在琅琊王氏的擁護下，南渡長江，遷都建康，王舒也在同家族同往。南遷後，王舒出任溧陽縣令。司馬紹任職東中郎將期間，命王舒爲其司馬，以及後將軍、諮議參軍數職。
王舒與王敦之亂有何關係
王敦之亂爆發後，王敦進軍都城，軟禁司馬睿，肅清朝中敵對勢力，將朝中大權盡握手中。爲加強王氏家族勢力，王敦任王舒爲鷹揚將軍、荊州刺史、領護南蠻校尉等數職，對王舒極爲信任。而王舒從其兒子口中獲知王敦預謀篡位稱帝，難與他同流合污，遂聯繫司馬紹暗中籌劃。
太寧二年，王敦突發病疾，不久後去世，其餘衆難擋司馬紹平叛之力，接連兵敗，王敦黨羽中的心腹錢鳳、沈充等人皆被斬殺，王含與其子王應兵敗而逃，後寄書信於王舒，欲投奔王舒，而王舒表面上極爲仗義，親自乘船來接應，實際上早已謀劃在江中殺害王含王應。
不久，陶侃領命代替王舒就任荊州刺史，王舒升職爲安南將軍、廣州刺史，但因王舒身體孱弱，難以忍受前往嶺南就任，長途奔波，朝廷體桖王舒體弱，不應遠行，特此改任湘州刺史，後又入朝官拜上書僕射。
王舒再度平叛東晉大亂
王舒對於東晉，實爲有功之臣，兩次就王朝於水火之中，王敦之亂後，又興起蘇峻之亂。
晉明帝去世後，庾太后臨政，庾亮與王導在朝輔政，王導爲人寬和，因此政權大都掌控在庾亮手中。咸和二年，歷陽內史蘇俊成爲了朝廷的一大隱患，庾亮執意召蘇俊入京，壓制其實力，朝堂上下多數人反對。庾亮一意孤行，其莽撞行徑終逼蘇俊發動叛亂。
同年，蘇俊聯結鎮西將軍組約一同攻打京都建康，王舒遂領命任揚州刺史平復叛亂。次年，蘇俊兵駐建康，庾冰守城不力，難擋蘇俊軍隊的攻勢，所幸投降。王導以太后詔諭祕傳給王舒，集解三吳義兵，響應溫嶺，起兵討伐蘇俊，戰事極爲激烈，雙方各有勝負，戰事失利導致多個郡縣被蘇俊軍隊所奪，王舒於是派王允之出任揚烈將軍，與徐遜等將領率輕兵突襲蘇俊軍後部，劫取戰利品以供軍隊所需。
同年，蘇俊在逃忙中墜馬而被殺，溫嶺設立行臺，人王舒爲浙江東五郡軍事，叛亂過後，王舒仍駐守肅清蘇俊殘餘勢力。
王舒助力東晉兩次叛亂，功勳顯著，被封爲彭澤縣侯。咸和八年六月，王舒逝世，朝廷追封其爲車騎大將軍，入葬之禮同等於三司，諡號穆侯。
