在小說中，於萬亭雖然已經去世，但他幾乎貫穿了整部小說。書一開始就說陳家洛接任紅花會的總舵主，這是於萬亭的遺命。在書的前半部分，主要寫紅花會是四當家文泰來怎樣被朝廷追捕，以及紅花會怎樣去營救他。可朝廷之所以花大力氣去追捕文泰來，是因爲他與於萬亭一起闖入皇宮見了乾隆，而紅花會之所以不惜代價去營救文泰來，也是要知道他與於萬亭進皇宮到底幹了什麼、於萬亭有什麼交代。到了書的最後，紅花會要與乾隆攤牌，也要到福建莆田少林寺去找到於萬亭的請罪書，以弄清楚這裏面的來龍去脈。
存放在莆田少林寺的於萬亭的請罪書告訴了我們一個真正的於萬亭，那現在我們就來看看他請罪書到底都告訴了我們什麼。
整篇請罪書中於萬亭給自己定了三大罪。
第一，“仗師門所授武藝，爲一己私情而擅闖民居”。但在罪名的前面，他告訴了我們他與陳家洛的母親從小就認識，“兩人年長後甚相親愛”，後來還私定了終生，一個非女不娶，一個非君不嫁。可當他因爲生計離開家鄉進入少林寺學藝，還沒有完全學成就趕回家，卻發現心愛的人已經被逼嫁人了。如果他沒有能力也就罷了，可對一個身懷武藝的人，換成誰都沒有辦法壓制自己去探視一番的，這應該大家都能夠理解。
第二，“預聞皇室機密，顯露少林武功，爲師門惹禍”。他想嗎?他只是在自己心愛的人生孩子時去探視一下，卻一不小心知道了一個天大的祕密，他纔是真冤啊!至於爲師門惹禍就完全不知道如何說起了，因爲知道他已經知曉祕密的人都已經被他殺光了，死人是不會說話告發他的。
第三，“以名門弟子，大膽妄爲，若爲人知，不免宜羞師門，敗壞少林清譽”。這個倒很靠譜，畢竟作爲一個名門大派的弟子，居然在別人的府上當雜役，而且一當就是5年，被人知道了的確是有傷面子。可我們想一想，書中已經交代，那時候他已經武功很高了(雍正在死的時候派去殺陳家洛父母滅口的血滴子被他很輕鬆地解決了)，應該在江湖上也有了一定的地位，卻願意在“陳府操作賤役、劈柴擔水”，他只是爲了保護自己的愛人的生命安全，這難道不值得人們敬佩嗎?
請罪書的最後有他師父的批語，也就是說如果他肯出家，就可以不加追究。可他放棄了，原因一定也是爲了陳家洛的母親，因爲一旦出家當了和尚，估計就沒有什麼見面的機會了。不出家即使今生不能和相愛的人結爲夫妻，至少憑他的能力不時見見面還是可以的。爲此，他被少林寺逐出師門，這在武林人物來說是一個很大的恥辱，但他默默地承受下來，就算是陳家洛的師傅要找人去幫他到少林寺打抱不平也被他拒絕了。
書裏還有個問題，於萬亭到底是不是陳家洛的親生父親?這個問題是陳家洛自己提出來的，他的懷疑也不是沒有道理，一個相府的少爺，卻被母親要求認一個江湖人物做義父，在考取了功名後卻不和家裏說明就離家去學武藝。不過這個問題肯定永遠不會有答案的。
總的來說，於萬亭就是一個癡心漢。爲了自己深愛的人，他付出了自己的全部，做了自己所能做的一切，堅守當年的承諾，終生不娶，這樣的人在現在世界裏是越來越少了!
