仙遊之戰，是繼平海衛大捷之後，明軍戚繼光部取得的又一次重大勝利。此次作戰，在兵少力弱的情況下，能夠以寡擊衆，取得勝利，在作戰指揮上主要有以下經驗：
持久防禦，贏得時間
作戰指揮員戚繼光能及時正確地判明倭寇的實力和行動方針，適時增派援兵，佈設疑兵，周密組織防禦。使得仙遊據點得以長期固守，有效地阻止倭寇的攻城圖謀，同時，也牽制住了倭寇，爲爭取時間，加派援軍，重創倭寇贏得了時間。
分割包圍，各個擊破
當援軍到達之後，能夠根據敵我兵力對比不佔優勢的實際情況，正確制定作戰方針，採取隱蔽接敵，分割包圍，各個擊破的戰法，連續破倭四壘，積小勝爲大勝，最終擊敗倭寇，解除仙遊之圍。
周密計劃，密切協同
在戰鬥組織上，作戰指揮員能夠周密計劃，密切協同，穩紮穩打，以不可勝而待敵之可勝。由於敵我兵力對比明軍不佔優勢，甚至處於劣勢地位，作戰指揮員必須十分謹慎，從防禦轉入進攻，必須處處周密計劃，精心安排，一着不慎，就會全盤皆輸。正是由於戚繼光確保仙遊的精密作戰計劃，才使得倭寇進不能專意攻城，退又有被迫堵之虞，爲下一步作戰行動贏得了時間。在仙遊多次面臨危急的情況下，因爲守城部隊與城外明軍的密切配合，多次轉危爲安。在轉入進攻之後，連續破倭四壘，執行任務的各支部隊均能按作戰預案，主攻與助攻互相支援，協調行動，使矮寇各壘兵力不能會合，被各個包圍殲擊。
仙遊之戰在沿海御倭戰爭中具有一定的典型性。提督軍務譚綸在總結仙遊大捷、上奏皇帝請賞時指出：此戰“用寡擊衆，一呼而輒解重圍;以正爲奇，三戰而悉收全捷。”“蓋自東南用兵以來，軍威未有若此之震，軍功未有若此之奇者也。”
