普米地區的土官設置始於元代，土司制度則完善於明代。明清兩代，土司都是世襲的。明清兩朝和國民黨政府，雖然都曾經逐步在普米地區推行改土歸流政策，廢除土司制度，但直到1949年中華人民共和國成立，永寧、蒗渠等地區仍保持土司政權。擔任土司的全是納西人的支系摩梭人。永寧土司是當地的最高長官，實行嫡長繼承製，次子擔任喇嘛寺堪布。政治和宗教大權都集中於土司的家族手中。土司之下設總管一名，把事數名。總管負責管理土司轄區內一切大小事務。把事是土司的助手，相當於副總管，負責管理內務。土司衙門設有監獄和常備兵，以鞏固土司政權，鎮壓各族農奴的反抗。
把事之下，在中心區設“夥尼官”一名，管理經營莊園。邊緣地區劃分爲二十四個管理區，分封親信任“二十四管人”，職責是徵收貢賦錢糧上交土司，管人可以辦碼抽頭。基層的行政權由伙頭掌管。伙頭的任務是徵收錢糧，執行土司的指令，爲百姓調解糾紛，維持村寨內的秩序等等。伙頭也是世襲的，由土司分給伙頭一塊俸祿地，稱爲伙頭地。村寨中還設漢基一人，輔助伙頭辦事。土司是轄區的最高統治者，全區所有的土地資源都歸土司所有，人民只能向土司領取耕地，按規定向土司交納地租和承擔其它義務。普米族百姓向土司領種份地時，要以交納地租、從事勞役和人身依附爲條件。屬於百姓所使用的土地可以長期耕種，後來也可以出租和典押，但土地不能買賣。
普米人與摩梭人(自稱“納日”)都習慣於“巴——納日”聯稱。近代統治瀘沽湖地區普米族的土司幾乎都是摩梭人。據普米族傳說，他們的社會裏沒有當頭目的，後來人多了，分居多處，互相不服，械鬥打冤家，很不安寧。其時適逢左所喇嘛土司家的祖先由鹽源逃難到來，普米人見他能辦事，又會與漢官打交道，就請他在普米地區主持辦事，擔任部落聯盟的首領。後來，有個叫沙邊的家支，人口發展較快，想爭當首領，便向摩梭土司進攻。
可是，沙邊家的脫離羣衆，因此普米羣衆不服沙邊管，反而支持土司。土司又買通了沙邊家的奴隸，用計將沙邊射死。此後，土司的勢力才強大起來，得到了實際的政權。摩梭土司從沙邊的失敗中得到了教訓，很注意普米與摩梭的團結，經常強調普米與摩梭的聯合關係，他講話時總將普米提在前面，表示尊敬。這就是“巴——納日”聯盟。
