說法一：焚死說
燕王朱棣發動靖難之役(“清君側，靖國難”)，打了四年之久。燕軍攻入南京後，皇宮火起，遍尋建文帝不着，後有人從瓦礫堆中拖出兩具屍體，有人說是建文帝。即，建文帝被燒死了。我們來看看史料，《明史》有記：“谷王橞及李景隆叛，納燕兵，都城陷。宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍於火中，越八日壬申葬之。”說燕王朱棣派宦官從火中將皇帝、皇后的屍體找出，八天後安葬。這是距當時兩百年後的清雍正年間《明史》所記載的，那麼明朝人世怎麼說的呢?據《明太宗實錄》有云：“上望見宮中煙起，急遣中使往救助。至已不及，中使出其屍於火，還白上。上哭曰：果然若是癡呆耶。吾來，爲扶翼爾爲善，爾竟不諒，而遽至此乎!備禮葬建文君，遣官致祭，輟朝三日。”看到皇宮有煙冒起，派宦官救火，到那已來不及了，“上”是成祖朱棣哭了，說你怎麼這麼傻，我就是來幫助你做好事的，爲何不解我心呢?過了八天，安葬了建文帝，朱棣還爲此輟朝三日以示哀悼。這是明朝人說的，很多學者認爲實錄不實。原因是：既然葬了建文帝，那墳墓在哪兒?天子安葬，豈能沒有痕跡?因此，“焚死說”不可靠!
說法二：歸來說
明萬曆皇帝有一次問內閣首輔大臣張居正，聽說建文帝有出亡一事。張居正乃飽學之士，他回答說：“此事國史無考”。你看，連明朝人都搞不清楚，更別說後來人了。還有人說，建文帝回來了。明英宗正統五年，公元1440年，有一個和尚年90歲，從雲南來到廣西思恩府，到了大堂上說我就是建文帝。這個知府一聽很害怕，趕快報告宮裏，並把這個自稱建文君的和尚送到北京的皇宮裏(當時的首都已經從南京遷到北京了)。結果經審問，這個人說了實話，他說他已90歲了，如果建文君活到現在也不過是五六十歲，你怎麼90歲了，沒有這麼大歲數。再一問，這個人是河南鈞州人，叫做楊應祥。後來，就將這個楊應祥了事，真是一出鬧劇。
說法三：遜國出亡說
燕軍攻入南京，宮中火起，建文君沒被焚死，而是從地道逃了。民間傳說，說建文帝的逃跑是“遜國”，就是讓國。這也是燕王朱棣爲自己討個說辭。他們不願意說朱棣是篡位，而是建文帝不當了，那麼朱棣自然當了。我想這種說辭顯然都是後來編出來的，朱棣明明是篡奪皇位，怎麼出來遜國呢?是很多人對於建文帝抱有同情心，又不敢直接指責朱棣的奪權，因此就出了讓國遜位說。後來，建文帝就湖南、湖北、雲南、四川、廣西、福建到處雲遊了!這傳的有模有樣，並有詩爲證。
如：四川永慶寺，“杖錫來遊歲月深，山雲水月傍閒吟。塵心消盡無些子，不受人間物色侵”。
再如：在廣西曾寫下這首詩，“牢落西南四十秋，蕭蕭白髮已盈頭。乾坤有恨家何在?漢江無情水自流。長樂宮中雲氣散，朝元閣上雨聲收。新浦細柳年年綠，野老吞聲哭未休”。
都是在懷念一些宮廷生活，幾十年在外雲遊這些情景。因爲有在外面雲遊的傳說，所以朱允炆在他所云遊的各地留下了很多遺蹟。
說法四：逃亡海外說
燕軍攻入南京，建文帝非常緊張，不知所措。這時，一個叫做王鉞的太監向他彙報，說太祖死的時候留下一樣東西，收藏在奉先殿，並囑咐：不到萬分危急的時候不能打開。於是，他們把東西拿出來——一個鐵匣子，表面刷着紅油漆。馬上打開一看，裏頭有三張度牒(就是和尚的身份證，可通關出行)，白金十錠，還有三套和尚袍。朱允炆一行三人就全剃了光頭，換上和尚袍。趁暮色，從皇宮地道逃出宮外。後來聽說，他們逃到海外了。燕王朱棣稱帝后，一直在尋訪建文帝的下落，有種說法，說成祖朱棣派三寶太監鄭和官面說下西洋做外貿，內裏則是暗中尋訪朱允炆的下落。
後來，聽說建文帝老年又回到了宮中，原來服侍過他的太監認出了建文帝。並在宮中終老!
明末清初有一本很著名的歷史書叫做《罪惟錄》，作者叫查繼佐，他在書裏面列舉了有關建文帝謎蹤的23種說法。他在文後說了一句話，他說23種說法難道就沒有一個是對的嗎?他說，沒有!如果有的話，只應該有一種說法纔對，正因爲有23種說法，所以都不對。
爲什麼建文帝的傳說會這麼複雜呢?首先就是本來就沒弄清楚。再有一點，就是大家對於建文帝抱有同情態度，希望他不死!特別是朱棣當了皇帝以後，採取了非常殘暴的對於政治反對派的鎮壓，人們更懷念建文帝當政的時候實行的寬仁政策，所以就造出了他的種種傳說。我們說建文帝是生是死，他的下落一定會有一個正確答案，但是歷史學家目前還沒有找到一個可信的答案。
