經過一番腥風血雨的爭奪，劉秀終於登上帝位，成爲東漢的開國皇帝。但是開始的一段時間他非常憂鬱。羣臣見皇帝不開心，一時議論紛紛，不明所以。
一日，劉秀的寵妃看到他十分憂鬱，怯生生地進言說：“陛下愁眉不展，妾深爲焦慮，妾可否爲陛下分憂?”劉秀苦笑一聲，悵然道：“朕憂心國事，你如何分憂?俗話說，治天下當用治天下之才，朕是憂心朝中功臣武將雖多，但治天下之才太少了，這種狀況不改變，怎麼行呢?”寵妃於是建議說：“天下不乏文人大儒，陛下只要下詔查問、尋訪，終會有所獲。”劉秀深以爲然，於是派人多方訪求，重禮徵聘。不久，卓茂、伏湛等名儒就相繼入朝，劉秀這才高興起來。
劉秀任命卓茂做太傅，封他爲褒德候，食兩千戶的租稅，並賞賜他几杖車馬、一套衣服、絲綿五百斤。後來，又讓卓茂的長子卓戎做了太中大夫，次子卓崇做了中郎，給事黃門，伏湛是著名的儒生和西漢的舊臣，劉秀任命他爲尚書，讓他掌管制定朝廷的制度。
卓茂和伏湛深感劉秀的大恩，他們曾對劉秀推辭說：“我們不過是一介書生，爲漢室的建立未立寸功，陛下這般重用我們，只怕功臣勤將不服，於陛下不利。爲了朝廷的大計，陛下還是降低我們的官位爲好，我們無論身任何職，都會爲陛下誓死效命的。”劉秀讓他們放心任事，心裏卻也思慮如何說服那些朝中功臣。他決心既定，便有意對功臣們說，“你們爲國家的建立立下大功，朕無論何時都會記掛在心。不過治理國家和爭奪天下不同，朕任用一些儒士參與治國，這也是形勢使然，希想你們不要誤會。”
儘管如此，一些功臣還是對劉秀任用儒士不滿，他們有的上書給劉秀，開宗明義地表達了自己的反對之意，奏章中說：“臣等捨生忘死追隨陛下征戰，雖不爲求名求利，卻也不忍見陛下被腐儒愚弄。儒士貪生怕死，只會攪動脣舌，陛下若是聽信了他們的花言巧語，又有何助呢?儒士向來缺少忠心，萬一他們弄權生事，就是大患。臣等一片忠心，雖讀書不多，但忠心可靠，陛下不可輕易放棄啊。”
劉秀見功臣言辭激烈，便重視起來。他把功臣召集到一處，耐心地對他們說：“事關國家大事，朕自有明斷，非他人可以改變。朕是不會人言亦言的。你們勞苦功高，但也要明白‘功成身退’的道理，如一味地恃功自傲，不知滿足，不僅於國不利，對你們也全無好處。何況人生在世，若能富貴無憂，當是大樂了，爲什麼總要貪戀權勢呢?望你們三思。”
劉秀繼位的第二年，就開始逐漸封賞功臣。封候的功臣地位尊崇，但劉秀很少授予他們實權。有實權的，劉秀也漸漸壓制他們的權力，進而奪去他們的權力。大將軍鄧禹被封爲樑侯，同時擔任掌握朝政的大司徒一職。劉秀有一次對鄧禹說：“自古功臣多無善終，朕不想這樣。你智勇雙全，當最知朕的苦心啊。”鄧禹深受觸動，卻一時未做任何表示。他私下對家人說：“皇上對功臣是不放心啊，難得皇上能敞開心扉，他還是真心愛護我們的。”
鄧禹的家人讓鄧禹交出權力，鄧禹卻搖頭說：“皇上對我直言，當還有深意，皇上或是讓我說服別人，免得讓皇上爲難。”鄧禹於是對不滿的功臣一一勸解，讓他們理解劉秀的苦衷。當功臣們情緒平靜下來之後，鄧禹再次覲見劉秀說：“臣爲衆將之首，官位最顯，臣自請陛下免去臣的大司徒之職，這樣，他人就不會坐等觀望了。”
劉秀嘉勉了鄧禹，立刻讓伏湛代替鄧禹做了大司徒。其他功臣於是再無怨言，紛紛辭去官位。他們告退後，劉秀讓他們養尊處優，極盡優待，避免了功臣干預朝政的事發生
