爭議之一，秦始皇是否坑過儒？“焚書坑儒”一直被人們引爲秦始皇“尊法反儒”的重要證據。然而，有的學者認爲，所謂秦始皇“坑儒”實是“坑方士”之訛。持論者主要從以下兩個方面進行了論證。
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第一，史籍中對此事件所提及的的具體人物爲侯、盧二生，以及韓衆、徐市等四人，《史記》載明他們的活動僅限於訪仙和求仙藥，四人皆爲神仙學派的方士。他們爲秦始皇求仙，求不死藥也純粹是方士活動，後來沒有成功，秦始皇感到上當受騙，發怒殺了這些人。這與後世君主肆意殺人的性質一致，只不過這次株連面過寬，冤假錯案太多，所以才引起了人們的注意。侯、盧二生指責秦始皇無道，與儒家觀點類似，但是這與儒家的政治主張或學派觀點無關。司馬遷記錄“焚書坑儒”事件，用的是“方士”或“方術士”，明確指出是神仙學派之士。漢初大儒如賈誼、董仲舒等對秦政多有評論，屢屢譴責焚書事，但也從未論及“坑儒”之事。漢朝離秦朝時間之近，以賈、董之博學，“焚書坑儒”的事情應當知曉，假如秦始皇所坑確實是儒，尊儒的賈誼、董仲舒等絕無不議之理。據此可以判斷，“坑方士”之說，纔是更接近歷史的真實情況。只是到了東漢以後，時間距秦已遠，“劇秦”之社會輿論、儒家獨尊之地位、加以“今文學派”虛指浮誇甚至作僞之學風日盛，提供了炮製秦始皇“坑儒”這一情節的土壤。班固用“術士”一詞，其詞義就更加廣泛，他在《漢書•儒林傳》中寫道：“及至秦始皇兼天下，燔《詩》、《書》，殺術士，六學從此缺矣。”從這段話可以看出，他所謂的“術士”已有隱指“儒生”之意，於是就被後人附會爲成“焚書坑儒”。
第二，對被殺者所定罪名是“誹謗”皇帝，而並非因信仰或傳播儒家學說。也就是說，引起秦始皇憤怒的並不是某一派的政治主張或某一學派的議論，而是方士們從他那裏騙得“費以鉅萬計”的賞賜，可是“終不得有藥”。反而卻作誹謗之言，最後一個個逃跑了。皇帝上當受騙，於是懲處他們，這就是“坑儒”爲“坑方士”的直接原因。所謂“坑儒”，實際是皇帝個人報復的恣意行爲，並不是秦王朝的政策。秦始皇一怒之下，共殺所聘之“文學、方術士”460餘人。因此，即便460餘人中確有儒生之流，但秦始並非因信仰或傳播儒家學說而定罪殺人，所以不能稱爲“坑儒”。而且，據《史記•秦始皇本紀》所記始皇三十四年焚書，所焚者爲民間私藏之“百家語”，而非針對儒家。
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根據以上兩點，不能說被殺的460餘人中沒有儒生而全是方士，但由其代表人物爲侯、盧二生可推知，被殺者的主體應是方士，其被殺的原因更與儒家的政治主張或學派觀點無關。因此，不能說秦始皇是“坑儒”，只能說是“坑方士”。但是，關於“焚書坑儒”，佔主導的觀點還是贊同傳統的說法，即秦始皇坑的是儒，而非僅僅是方士。只是在坑儒的次數上，頗有爭論。
爭議之二，秦始皇坑儒次數以及人數。對於這一問題，《史記》、《資治通鑑》、《藏書》以及現代的《中國通史簡編》，都說始皇坑儒僅有一次，而東漢衛宏在《詔定古文官書序》中的記載。揭露了秦始皇二次坑儒。
《史記》、《資治通鑑》、《藏書》以及現代的《中國通史簡編》，都說始皇坑儒僅有一次，即公元前212年的那一次。但也有一些材料記載：秦始皇起碼坑了兩次儒。第一次是在咸陽坑儒460餘人，這是公開坑殺。其目的是想“殺雞做猴”，“使天下知之”，以懲效尤。第二次規模更大，一下坑了700餘人，不過採取的是祕密暗害的手段，方法也更爲“巧妙”和殘忍。東漢衛宏在《詔定古文官書序》中記載，秦始皇在驪山溫谷挖坑種瓜，以冬季瓜熟的奇異現象爲由，誘惑博士諸生集於驪山觀看。當衆儒生爭論不休、各抒己見時，秦始皇趁機下令祕殺填土埋殺，七百多名儒生全部被活埋在山谷裏，外人不得可知，一直隱瞞了二百餘年之久。後來唐朝張守節編寫《史記正義》時，將這段史料編入了史書。唐朝顏師古注《漢書•儒林外傳》也引用了這段故事。
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有人認爲，既然載入了《史記正義》，秦始皇驪山坑儒應當是是事實，只不過因爲手段祕密，當時人知之者甚少，極少數知情者又不敢公開罷了。不過，也有人雖不否認驪山坑儒的史實，但卻認爲秦始皇坑儒只是一次，至於咸陽坑儒、驪山坑儒，是一件事的兩次不同記載。不過，這種說法的支持者不多。因爲這兩次坑儒差異太大：一次是在咸陽公開坑殺，另一次是在驪山溫谷祕密坑埋；前一次是460人，後一次是700餘人。尤其需要指出的是，首次記述秦始皇第二次坑儒的衛宏是一名治學態度相當嚴謹的學者，他的著作都是經過長期的深入採訪、研究、整理才寫出的，學術價值很高。加之東漢光武帝比較開明，重視學術研究，所以衛宏揭露的秦始皇第二次坑儒真實度很高。
這一說法得到了不少人的認同。元代史學家在《文獻通考》卷四十《學校考》記載：“始皇使御史案問諸生，轉相告引，至殺四百六十餘人。又令冬種瓜驪山，實生，令博士諸生就視，爲伏機，殺七百人。”《太平御覽》所引《古今奇字》記述也同意這一說法：“秦始皇密令人種瓜於驪山硎谷溫處，瓜實成，使人上書曰：瓜冬有實。詔下博士諸生說之，人人各異。則皆使往視之，而爲伏機，諸儒生皆至，方相難不決，因發機，從上而填之以土，皆壓死。”有人據此認爲，秦始皇坑儒不止發生一次，並且進一步指出秦始皇第二次坑儒的原因：因爲第一次只坑殺了在京都的四百六十餘博士、諸生，廣大儒生還散佈在全國各地，更加強烈的繼續反對秦始皇的暴政，就連秦始皇的長子扶蘇也說：“天下初定，遠方黔首來集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安，唯上察之。”這種說法也有一定的道理，有其當時的歷史背景。
秦始皇坑儒到底幾次，多少人，至今沒有統一的答案。其實，460人也好，700人也好，焚書坑儒（即使所坑是方士）屬於一種極端殘忍的野蠻行爲，秦始皇也因“坑儒”之舉背上千古罵名。然而，直到今天，秦始皇究竟有沒有“坑儒”以及數量等謎團還是沒有解開。
