揚州城破之後，有關史可法的下落成爲一個千古不解之謎。當時人洪承疇就曾發問：“果死耶?抑未死耶?”此後關於史可法去向的記載、傳說頗多。
“數點梅花亡國淚，二分明月故臣心。”這是揚州史公祠裏的一副著名的對聯。梅花、明月、亡國、故臣，這些蒼涼悲切的詞藻，使人油然想起二百多年前以身殉國的那位民族英雄。
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史可法，字憲之，號道鄶，明萬曆三十年(1602)生於河南祥符，即今開封。他的先人在明太祖時做過錦衣百戶，官雖不高卻是皇帝近臣。祖父是萬曆間舉人，做過知州，爲官清廉。父親沒有什麼功名，是個本分人。史可法的祖父曾說過：“我家必昌!”可知家人對於史可法的出生是充滿了期望的。然而在史可法出生之際，不僅家運不昌，國運更糟。崇禎十七年(1644)三月十八日，李自成率領農民軍攻破北京，崇禎帝次日凌晨吊死在煤山的一棵槐樹上。史可法一心想苦苦支撐的明王朝大廈，一夜之間嘩啦啦倒塌下來。
順治二年(1645)初，攝政王多爾袞命令豫親王多鐸，按原定計劃，由西安掉轉兵鋒，直下東南，往取南京以消滅南明弘光政權。弘光政權是南方的明朝官僚勳貴，得悉北京淪陷、崇禎帝殉國的消息後，在南京擁立福王朱由菘政權，接續明朝正統，年號弘光。
是年七月，多爾袞致書南明“領袖名流”、東閣大學士、督師揚州的史可法，責怪其擁立福王稱尊爲非法，應立即削號歸藩，則“永綏福祿”。並引誘說如“南州羣彥翩然來儀”，即南明臣僚投降我清朝，則像對待降清的吳三桂那樣，“列爵分土”。警告史可法“取捨從違，應早審定”，而“南國安危，在此一舉”。這是勸降書，史可法雖然不爲其所動，卻仍然天真地幻想着能“堅同仇之誼，全始終之德，合師進討，問罪秦中”。但同時也表示了忠心報國的態度：“法處今日，鞠躬致命，克盡臣節”。
順治二年(1645)正月，被清收買的明總兵許定國誘殺了明江北四鎮將之一的興平伯高傑。史可法痛失一位收復失地之志甚堅的抗敵將領，深感清兵會隨時南下，必須加強河防。乃緊急調兵遣將，部署堵御事宜，不料行動神速的多鐸已率兵殺來。多鐸於二月初八日奉旨往取南京，分兵三路挺進，三月二十二日取歸德(今商丘市南)，二十九日下穎州(今阜陽)。
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四月十九日，多鐸大兵將揚州包圍。爲了活捉史可法，多鐸下令諸軍暫緩攻城。在此之前，多鐸已遣使致函史可法，署稱“豫王致書史老先生閣下”，史可法卻將其書轉呈朝廷。後多鐸又接連五六次發出招降書，但史“皆不啓，投之火中”。至此，多鐸無奈之下，又令明降將李遇春持書前往揚州城下勸降。史可法怒斥其變節通敵。李遇春說：“公忠義聞華夏，而不見信於朝，死何益也!”史可法大怒，令發箭射李。
多鐸在屢屢招降失敗後，知道史可法殉國之志不可移，於是加緊攻城。二十五日，揚州城破隨後的幾天，因恨揚州兵民固守，抗命不服，多鐸命清軍大開殺戒，留下了屠戮揚州十日的歷史記錄。
有的說，史可法於城破時出城逃生。具體出逃過程又各執一端。一爲縋城出走，計六奇在《明季南略》中記曰：四月二十五日，清兵詐稱明總兵黃蜚的援兵到，史可法令開西門放行，清兵進城，即攻擊明軍。史可法於城上見此狀況，知無可挽回，即拔劍自刎，左右相救，遂與總兵劉肇基縋城潛去。二是跨騾出城，乾隆《江都志》載揚州故老所言：城被破時，史可法“跨白騾出南門”，爲此還有人賦詩云：“相公誓死猶飲泣，百二十騎城頭立，瞬息城摧鐵騎奔，青騾一去無蹤跡。”
康熙年間孔尚任《桃花扇》，則認爲史可法是沉江而死。史可法出城後，騎馬渡河，因馬蹶落水溺死。或說他出東門遇清兵堵截，自覺無望，即赴水自盡。
還有說清兵破揚州時，史可法便銷聲匿跡，不知所終。計六奇於順治六年(1649)外出，途中坐船遇一嘉興人，自稱是當年揚州抗清失敗後逃出來的，他說城破時史可法下落不明。
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一般史家通過對清代的史料加以分析，認爲史可法於揚州之役被俘遇害。《清實錄》雲：“攻克揚州城，獲其閣部史可法，斬于軍前。”《明史》說，史可法自刎未遂，被部將擁至小東門，爲清軍抓獲，史可法大呼：“我史督師也。”遂遇難。還有史可法嗣子史德威著《維揚殉節紀略》記述道，揚州城陷時，史可法自刎未遂，爲清軍捕獲。多鐸對史可法“相待如賓，口呼先生”，並勸降說：“爲我收拾江南，當不惜重任也。”
史可法答曰：“我爲天朝重臣，豈肯苟且偷生，作萬世罪人哉!我頭可斷，身不可屈……城亡與亡，我意已決，即劈屍萬段，甘之如飴”，丁是被殺。此外，史可法於四月二十日左右寫過五份遺書以及給其母親、夫人、叔父兄弟及致嗣子史德威的書中，都表示了“一死以報國，固其分也”的堅定態度。可見他早就抱定一死之心，說他得以逃生似不可信，且其部將劉肇基在揚州城陷前已中流矢而亡，不可能與史可法一同“縋城潛去”。
