康熙時期的文字獄，客觀的說，康熙製造的文字獄和其他兩個清朝皇帝雍正乾隆相比並不算多，但也並非沒有，而且有些案件的性質也還是很惡劣的。
比如康熙十九年(1680年)發生的朱方旦案，值得一提。
民國時期的史學大家孟森專門寫過一篇《朱方旦案》的文章，其中說
“士大夫談清代軼事者，往往及朱方旦之名，然首尾不詳，但以妖人目之，若王好賢、徐鴻儒之類。此緣專制時代官文書所束縛，又政教不分，學問中禁閼自由思想，動輒以大逆不道戮人。一經遭戮，傳者遂加甚其詞，印定耳目，無能言其真相者矣。清末如四川井研之廖平，經學臣吳鬱生奏參，幾罹於法，尚是專制束縛之餘習。跡朱方旦之所犯，並無罪名。當時侍講王鴻緒所參三大罪：一則談傳教信仰，具出世法，略去帝王臣庶之階級也;二則信徒之多也;三則發明記憶在腦不在心，以爲立說新異也。由今觀之，前二者皆宗教家面目，而其後一端，所謂新發明之腦力作用，尤爲生理之定義，學界之雅言，略以爲大罪，則今日之書籍皆當焚禁，學校皆當封毀矣。”
在《清代禁書總述》一書內的《清代文字獄紀略》也有對此案的介紹，不妨簡略摘錄如下“朱方旦之獄——康熙十九年(1680年)，湖廣有朱方旦者，自號二眉山人，聚徒橫議，撰《中說補》，謂中道在兩眉間山根上。
康熙二十年(1681年)七月，侍講王鴻緒得方旦所刻《中質祕書》，指摘其中有誣枉君上，悖逆聖道，蠱惑民心之處，次年二月，九卿議復‘乞正典刑，以維世道’。結果朱方旦被斬，弟子陸光旭、翟鳳彩、顧齊宏亦被判爲斬監秋後處決”
按照孟森總結的朱方旦罪狀，前兩條的話，那估計明代的王艮甚至王陽明在康熙統治下都免不了被殺頭的命運，王艮不必說了，出身鹽丁的平民思想家，狂妄自大，以聖人自居，門徒無數，僅僅這就足夠在他在清朝康熙統治下被殺頭了，至於王陽明，那光他說“學，天下之公學也，非朱子可得而私也，非孔子可得而私也。”在康熙統治下，得一個離經叛道的罪名不在話下，更何況他也是聚徒講學，轟動四方，被門徒擁戴成聖人。
如果論最後一條“記憶在腦不在心，以爲立說新異也”，這其實也是康熙和他的大臣無知，這個觀點其實並不新鮮，早在明末許多知識分子那裏就已經流傳開來了，何以到了他這裏變成立說新異，以至成爲殺頭的罪名。這本身也是康熙和他的大臣愚昧專制的表現。
如吳伯婭的《朱方旦》中說“表現清朝統治者愚昧無知，頑固落後，以致臣民因持一些科學和進步觀點而遭到殺害的典型事例。”
還有康熙統治下發生的戴名世之獄，也稱《南山集》案。戴名世僅僅因爲贊同方孝標給南明正名的觀點，結果就被斬首，家人好友等也被牽連爲奴。這個案件廣爲人知，這裏也就不必浪費篇幅多介紹了。
還是那句話，對於製造這些文字獄的皇帝，不譴責其暴虐也就罷了，若稱頌其爲仁愛，則似於事實偏離太大。
