薛氏父子，即薛舉和薛仁果，號稱西秦。關於薛仁果的名字，新舊唐書是寫作“仁杲”的，而陝西禮泉的昭陵石刻等處則寫爲仁果。這支父子兵和李氏父子的目標一樣，也是要進兵長安。結果，他們晚了一步，只好加緊圍攻扶風。有一句話叫“臥榻之側豈容他人酣睡”，關中一地不容二虎，所以薛氏父子是李氏父子最大的威脅，反過來，李氏父子也是薛氏父子最大的進攻目標。
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既然兩家都互相視爲仇敵，那自然是打仗沒商量了。唐與西秦之間的戰爭是三部曲，有點像“三局兩勝”，前兩場各有勝負，第三場則是一戰而定成敗。第一場是薛仁果大戰李世民，結果被打得大敗。這場仗把薛舉打得有點怕了，甚至問起部下“有沒有投降的天子”。不過馬上他們時來運轉，第二次大仗就贏回來了。這一次薛舉親自出馬，唐朝方面仍是李世民爲主帥。
這次打仗出了點兒事，就是李世民忽然病了，結果劉文靜和殷開山兩人——按書中的說法便是擅自出兵，然後搞得大敗而歸。這個不聽號令的說法，可能還有待商榷，但兩個事實是可以肯定的，一是李世民的確病倒了，二是唐軍的確大敗，而且敗得非常慘：死者十之有六，大將慕容羅睺、李安遠、劉弘基都被俘虜。於是郝瑗勸薛舉說：“今唐兵新破，關中騷動，宜乘勝直取長安。”然而薛舉卻在此時病死了，被迫出局。
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如果他能夠堅持打到長安的話，那麼也許李淵就得親自出馬了。薛舉死後，薛仁果繼承了王位，於是第三次大戰又開始了。這一次唐朝主帥仍爲李世民，而這一次他採取的方法是後來他常用的堅壁不出，後發制人。消耗了六十天，終於把薛仁果的糧食耗盡了，因此李世民命人在淺水原引誘薛仁果，然後兵分兩路進攻。西秦將領宗羅睺大敗，只好逃跑。最後在折墌城，薛仁果看到大勢已去，便開城投降了。
戰後，李世民按例做了一番分析，然後便是處理降兵降將之類的事了。李淵的意思是，因爲薛仁果的人當初殺了很多唐朝將士，因此要把他們全部殺掉。這時站出來勸阻的人是李密，他認爲正因爲薛仁果殺了這麼多人所以纔會滅亡，“懷服之民，不可不撫”。
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可見李密其實還是很想在唐朝好好做事的，奈何李淵之城府非李密所能料——由此可見，李密也真是有點沒頭腦，李淵會對那些敵將起殺心，也同樣會對他起殺心。不過李淵這次倒真聽了他的意見，放過了其他人，但謀首，也就是薛仁果仍然被斬首。
薛氏父子就這樣被滅了。
