朱棣即位後，重建奉天殿(舊殿被朱允炆所焚)，刻玉璽，封王妃徐氏爲皇后，對靖難功臣進行了封賞，凡建文年間貶斥的官員，一律恢復職務(如靖難初期因離間被貶的江陰侯吳高被再次起用，守大同);建文年間的各項改革一律取消;建文年間制定的各項法律規定，凡與太祖相悖的，一律廢除，但一些有利於民生的規定也被廢除，如建文二年下令減輕洪武年間浙西一帶的極重的田賦，至此又變重。
永樂初，朱棣爲了安撫諸位藩王，穩定國內局勢，同時表示自己和建文帝的不同，曾先後復周、齊、代、岷諸親王舊封;建文帝的弟弟吳王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允熙尚未就藩，明成祖皆降爲郡王，同年又將已就藩的朱允熥、朱允熞召到燕京，以不能匡正建文帝爲由廢爲庶人，軟禁於鳳陽，僅留朱允熙奉祀懿文太子，而朱允熙不久也於永樂四年死於火災，但當其皇位較鞏固時，又繼續實行削藩，周、齊、代、岷諸王再次遭到削奪;遷寧王於南昌;徙谷王於長沙，旋廢爲庶人;削遼王護衛。
朱棣繼續實行朱元璋的徙富民政策，以加強對豪強地主的控制，朱棣時期，完善了文官制度，在朝廷中逐漸形成了後來內閣制度的雛形，永樂初開始設置內閣，選資歷較淺的官僚入閣參與機務，解決了廢罷中書省後行政機構的空缺。
朱棣重視監察機構的作用，設立分遣御史巡按天下的制度，鼓勵官吏互相訐告，他善利用宦官出使、專征、監軍、分鎮、刺臣民隱事，同時，提出“爲治之道在寬猛適中”的原則，他利用科舉制及編修書籍等籠絡地主、士人，宣揚儒家思想以改變明初過事佛、道教之風，選擇官吏力求因才而用，爲當時政治、經濟、軍事、文化等方面的發展奠定了思想和組織基礎。
在全國局勢穩定之後，朱棣爲了加強對大臣的監控，恢復洪武時廢罷的錦衣衛，同時，明成祖又設置鎮守內臣和東廠衙門，廠衛合勢，發展和強化了專制統治。朱棣十分重視經營北方，加之自己興起於北平地區，永樂七年(1409年)，明成祖開始了營建北京天壽山長陵，以示立足北方的決心，與此同時，爭取與蒙古族建立友好關係，韃靼、瓦剌各部先後接受明政府封號。
