1874年日本企圖入侵臺灣，引起清政府警惕。年底，洋務派恭親王奕 開始籌議海防，決定由李鴻章、沈葆楨分別督辦北洋、南洋海防。南洋水師負責海域爲江浙一帶，停泊地則主要爲上海、南京。南洋水師的軍艦多數爲江南製造局及福州船政局所製造，只有少量購自英國、德國。南洋水師噸位、裝備、人員及實力皆與北洋水師相差甚遠。這主要因爲清廷的政策是先集中力量發展北洋水師，其次是南洋水師的軍費被左宗棠挪用到朱家山水利工程了。
1882年，左宗棠調任兩江總督兼南洋通商大臣。一向注意經世致用的左宗棠十分注意興修水利工程。他很重視朱家山水利工程，認爲它可以“捍衛淮揚億萬生靈，化災區爲腴壤。”
1882年，左宗棠以兩江總督的身份奏準朝廷，稱重開朱家山河，得到朝廷批准。動用“鹽票項下”積款，支銀十七萬七千零八十兩。左宗棠利用當年用兵新疆的經驗解決石工問題，委派舊部王德榜督率熟手湘軍在朱家山用炸藥轟石。在河工中先後投入11個營的防軍力量，後來“又準每營各加募勇夫百數十名，照民夫發給工值，幫同工作”。湘軍層層炸開岩石，最後打通朱家山，在下游開挖了新河。整個工程西起張家堡接通滁河，東達浦口入長江，長達120多裏。朱家山河工工程歷時2年完成，鑿成由滁河通向長江的分洪道——朱家山河，對滁河中下游流域的旱引澇泄，起到一定作用，改變以往“迄用無成”的局面，消除了南京西北及安徽部分地區數十萬頃圩田的水患。如此浩大的工程，光靠十幾萬兩鹽稅是肯定不夠的，於是，左宗棠便挪用了南洋水師的軍費，達數百萬兩白銀，從此，南洋水師因軍費匱乏而一蹶不振。
對左宗棠挪用南洋水師幾百萬兩白銀軍費一事，《薩鼎銘先生年譜》和《新世說》均有記載。薩鼎銘(薩鎮冰)被人稱爲“中國海軍的模範軍人”，是民國海軍上將，其侄兒薩伯森先生在《薩鼎銘先生年譜》一書中記載：“1878年，(光緒四年)，公二十歲……南洋調集之款數百萬亦爲江督提辦朱家山河工築室道謀，此海軍之所以不振也。”原北洋政府法制局局長易宗夔在《新世說》中也記載了左宗棠挪用南洋海軍軍費一事：“慈禧太后盡移北洋海軍費二千萬築頤和園，南洋海軍費亦爲左季高(即左宗棠，筆者注)移治朱家山河工。”
