早期生活
卡拉瓦喬鎮是個離米蘭大約三十公里的小鎮，卡拉瓦喬的父親費爾莫·梅里西是鎮上弗蘭西斯科·斯福札侯爵的管家和建築裝潢師。卡拉瓦喬的母親露西婭·阿娜託莉來自本地一個富有的家庭。梅里西的孩子們(米開朗基羅是長子)都不在鎮子的洗禮記錄上，他們可能都生於米蘭，因爲梅里西住在侯爵在米蘭的宅邸。
1576年，爲了避開肆虐米蘭的瘟疫，卡拉瓦喬一家搬到了卡拉瓦喬鎮。次年，卡拉瓦喬的父親在此去世。據推測，卡拉瓦喬可能在卡拉瓦喬鎮長大成人，而童年則是在米蘭度過。在米蘭，卡瓦拉喬家似乎不僅與斯福札家族，還和顯赫的科隆納家族有來往，科隆納家族和斯福札家族有聯姻關係，在卡拉瓦喬後期生活裏扮演重要角色。
開始接觸繪畫藝術作品(1584年)
1584年，卡拉瓦喬開始了4年的學徒生涯，師從據稱是提香學生的米蘭畫家西蒙·彼得扎諾。學徒期間，卡拉瓦喬好像一直待在米蘭和卡拉瓦喬鎮，但他也可能去過威尼斯，看到過吉奧喬尼和提香的作品，因此後來他被指責模仿吉奧喬尼。的確，他熟悉米蘭的藝術珍寶，包括達·芬奇的 《最後的晚餐》 ，還有當地的倫巴第藝術。倫巴第藝術風格倡導「簡單、關注自然主義細節」，較之風格拘謹莊重的羅馬風格主義，倫巴第藝術更接近於德國自然主義。
羅馬時期
1592年年中，卡拉瓦喬到達羅馬，「衣不蔽體，極度貧困……居無定所，缺吃少穿……身無分文。」幾個月後，他開始爲當時風頭正健的朱塞佩·切薩里(教皇克雷芒八世喜愛的畫家)當槍手，在看起來像廠房的工作室「畫鮮花和水果」。這一時期，卡拉瓦喬爲人所知的作品包括小幅的《削水果男孩》(已知的最早畫作)，《捧果籃男孩》和《年輕的酒神巴克斯在病中》以及他重病康復過程中畫的一張自畫像，病好後他不再受僱於切薩里。這三幅作品都顯示了物理學上的精確(卡拉瓦喬現實主義的一面)，由此他開始成名。一個園藝學教授曾經分析認爲，捧果籃男孩捧的水果能用來確定栽培品種。「一大片無花果葉子上明顯有真菌引起的燒灼狀斑點，很像是植物炭疽病。」與現實主義一面共存的是心理的一面：捧着一個沉甸甸的籃子，男孩顯然有點厭煩了，但他同時又覺得好玩，所以順從;他赤裸的肩膀被畫家處理得充滿肉慾，很明顯這是畫家對他的模特的感受;但這個男孩雖然友好，卻對畫家的感受沒有任何響應。
1594年1月，卡拉瓦喬決心走自己的路，他離開了切薩里。他的人生到了最低潮，但也就在這個時候他與幾個人結下了非常重要的友誼，分別是畫家普羅斯佩羅·奧爾西、建築師奧諾里奧·隆吉和16歲的西西里島藝術家馬里奧·明尼蒂。已經在畫壇確立地位的奧爾西把卡拉瓦喬介紹給有影響力的收藏家;隆吉更是要命地把他帶入了羅馬街頭的爭鬥世界;明尼蒂則變成他最經常的模特及伴侶。《算命者》是首幅超過一個人物的畫作，畫得是馬里奧正在被一個吉普賽女郎欺騙。這個主題在羅馬來說非常新穎，在之後超過一個世紀的時間裏產生了巨大的影響。不過，那時候卡拉瓦喬售出它幾乎沒掙到錢。《紙牌作弊老手》——表現另一個不懂世故的男孩落入紙牌騙子的圈套——心理上更復雜，也許是卡拉瓦喬的第一件真正的傑作。像《算命者》一樣，《紙牌作弊老手》非常受人歡迎，現存有超過50個副本。更重要的是，它吸引了紅衣主教弗朗切斯科·馬里亞·德爾·蒙特的光顧。弗朗切斯科·馬里亞·德爾·蒙特是羅馬城裏重要的鑑賞家，自此以後，卡拉瓦喬能夠和明尼蒂共享紅衣主教瑪德瑪宮裏的一個房間。
卡拉瓦喬爲德爾·蒙特及其富有的喜好藝術品的圈子創作了許多私人的室內作品——《音樂家們》、《魯特琴師》、微醺的《酒神巴克斯》、具有象徵性而又是現實主義作品的《被蜥蜴咬的男孩》——由明尼蒂及更多的男孩們充當模特。這些詩意、內向、神祕的同性戀作品與之前幾年開始的心理現實主義很接近。
隨着卡拉瓦喬的首幅宗教題材畫作的完成，現實主義重新迴歸，非凡的靈性也出現了。這就是《悔罪的抹大拉的馬利亞》，畫的是這樣一個時刻——抹大拉的馬利亞不再是一個高級妓女，她坐在地上哭泣，珠寶散落在周圍。「完全不像一幅宗教畫……一個姑娘坐在矮木凳上晾乾她的頭髮……哪裏有悔悟……苦痛……贖罪的保證呢?」這是倫巴第風格中的樸素，而不是當時羅馬風格中的戲劇性。在另外幾部作品中卡拉瓦喬延續了這種風格，它們是《聖凱瑟琳、馬大和抹大拉的馬利亞》、《砍下荷羅孚尼頭顱的猶滴》、《用艾薩克祭獻》、《極樂境界的亞西西聖方濟各》和《逃往埃及途中歇息》。這些作品在一個有限的圈子裏展覽，增加了卡拉瓦喬在鑑賞家和同行那裏的聲望。但是，真正的聲望還有賴於公共領域，因此把目光轉向教堂是必要的。
1599年，大概通過德爾·蒙特的影響，卡拉瓦喬取得裝飾聖路易吉·迪·弗朗西斯教堂的肯塔瑞裏禮拜堂的合同。這一委託包括兩件作品，《聖馬太殉難》和《聖馬太蒙召》，1600年完成後立刻引起轟動。卡拉瓦喬增強的明暗對照法使得主題極富戲劇性，同時精確觀察帶來的寫實把情感的強度提高到了一個新的水平。現在人們把這種明暗對着法的增強形式稱作暗色調主義， 其興起歸功於卡拉瓦喬。卡拉瓦喬同時代的畫家對此持截然不同的兩種觀點。一些人公開指責他有各種的感覺缺陷，特別是他不講作畫章法，堅持寫生。但絕大多數 人把他當作藝術的救主來歡迎。「那時，羅馬的畫家被這種新穎的畫風所吸引，特別是年輕畫家都聚集在卡拉瓦喬身邊，稱讚他是絕無僅有的自然模仿者，把他的作 品視作奇蹟。」
卡拉瓦喬又創作了一系列宗教作品，作品以暴力的鬥爭、奇異的斬首、拷打和死亡爲特徵。通常，每一幅新作都提高了他的聲望，但也有幾幅被訂貨的團體所 拒絕，必須重畫或者另尋買主。問題的癥結在於，當卡拉瓦喬的強烈戲劇性被欣賞的同時，他的現實主義風格卻被一些人視作無法接受的粗俗。《聖馬太和天使》的第一版把聖徒畫成一個禿頭農民，腿髒兮兮的，一個身穿薄衣太過親暱的天使男孩在照顧他。這幅畫被拒收，卡拉瓦喬不得不重畫一幅《聖馬太的靈感》。同樣，《聖保羅的皈依》也被拒收，同一題材的另一個《聖保羅的皈依》被接受了，這幅畫中馬背較聖徒本人更加突出，這激怒了聖瑪利亞德爾波波洛教堂的一位官員：「爲什麼你把馬畫在正中間，聖保羅卻在地上?」「自有我的道理!」「那匹馬是上帝嗎?」「不是，但它站在上帝的光芒下!」
其它作品包括非常動人的《基督下葬》、《羅雷託的聖母》、《聖母、聖嬰和聖安妮》以及《聖母之死》。《聖母之死》的故事可以作爲例證來說明卡拉瓦喬生活的時代是如何對待他的部分作品的。
1601年，一個富有的法官委託卡拉瓦喬給他私人的禮拜堂作畫，這個禮拜堂位於在新的加爾默羅會修道會教堂——聖瑪利亞德拉斯卡拉教堂，1606年加爾默羅會修道會拒收這幅作品。和卡拉瓦喬同時代的朱利奧·曼奇尼記載說被拒收是因爲卡拉瓦喬用了一個當紅的妓女作爲畫聖母的模特;另一位同時代的人，喬瓦尼·巴廖內告訴我們是因爲聖母光着雙腿：兩種情況都不得體。但研究卡拉瓦喬的學者約翰·加什認爲，加爾默羅會修道會可能認爲問題更多的出在神學上而不是美學上，卡拉瓦喬的那個版本沒有堅持聖母昇天的教義——上帝之母不是通常意義上的死亡而是被接進了天國。 替換的作品(來自卡拉瓦喬最有才能的追隨者，卡洛·薩拉切尼)畫的是聖母沒有死，而是坐着行將去世，但即使這樣還是被拒收。最終替換的畫作中，聖母沒有 死，而是和合唱的天使們一起飛昇天國。無論如何，拒收並不意味着卡拉瓦喬和他的追隨者失寵。 《聖母之死》 被拿出後教堂，就立即在魯本斯的建議下被曼圖亞公爵買走了，後來被英王查理一世得到，1671年被法國皇室收藏。
這一時期的一幅非宗教作品是《勝利的愛神》，畫於1602年，買主是德爾·蒙泰圈子裏的溫琴佐·朱斯蒂尼亞尼。17世紀早期的一本回憶錄裏把裏面的模特稱作「切科(Cecco)」，是弗蘭西斯科(Francesco)的愛稱。模特可能是弗蘭西斯科·伯內利，在1610年到1625年期間被看作一個藝術積極分子，人稱「卡拉瓦喬的切科」(Cecco del Caravaggio)。模特拿着弓箭， 踩踏着象徵着戰爭的科學物品以及象徵着和平的藝術物品。他赤裸着身體，人們很難接受這個咧嘴笑的頑童就是羅馬的丘比特神——就像人們很難接受卡拉瓦喬在畫布上的天使一樣，這些半裸的少年揹着像舞臺道具一樣的翅膀。關鍵點在於作品強烈而又曖昧的現實性：丘比特同時又是切科，而卡拉瓦喬筆下的聖母是基督之母同時也是做模特的羅馬高級妓女。
流亡死亡
卡拉瓦喬過着狂亂的生活。即使在一個糾紛是家常便飯的時代和地方，他還是因爲屢屢爭鬥而聲名狼藉，他的治安記錄和審訊記錄足足抄錄好幾頁。
1606年5月29日，可能並非故意，他殺了一個名叫拉努喬·托馬索尼的年輕人。此前，來自上層社會的贊助人擺平了他的一系列出軌行爲，但這次他們無能無力了。卡拉瓦喬逃往那不勒斯，因爲那不勒斯在羅馬當局的司法管轄權之外。在科隆納家族的保護下，這個羅馬最有名的畫家也變成了那不勒斯最富盛名的畫家。他與科隆納家族的關係帶來了接二連三的教會重要委託，包括《聖母玫瑰經》和《仁慈七行》。
儘管在那不勒斯獲得成功，卡拉瓦喬還是僅僅在幾個月後就離開前往馬耳他——馬耳他騎士團的總部所在地，估計他希望得到騎士團首領阿羅夫·德·維格納科特的庇護，使他殺死托馬索尼的罪行得到赦免。德·維格納科特非常喜歡這個著名的藝術家，讓他當騎士團的官方畫家，還吸納他當騎士。早期的傳記作家貝洛裏記載說卡拉瓦喬對自己獲得的成功很高興。在馬耳他時期，他的主要作品包括巨幅的《正被砍頭的施洗聖約翰》(他唯一簽名的作品)和《阿羅夫·德·維格納科特及侍從的畫像》以及其它騎士團首領的畫像。
儘管如此，1608年8月末他還是被捕入獄。很久以來，這次突然變故有多種猜測，但最近的研究顯示，這是另一番爭鬥的結果，在這次爭鬥中，一所房子的門被毀掉，一個騎士受了重傷。到12月的時候，他被作爲「一個可憎的墮落的團員」驅逐出了騎士團。
僅僅在西西里島9個月後，卡拉瓦喬回到了那不勒斯。依照卡拉瓦喬最早的傳記作家的說法，在西西里島的時候卡拉瓦喬被仇敵追蹤，因此他覺得還是在科隆納家族的保護下最安全，除非獲得教皇保羅五世的赦免他才能回到羅馬。在那不勒斯，他畫了《聖彼得的否認》，最後一幅《施洗約翰》以及他的最後一幅畫《聖烏爾蘇拉殉難》。他的風格在繼續演進，《聖烏爾蘇拉殉難》描繪了最具動感和戲劇性的一幕——匈奴王的箭射中了她的胸，與之前的繪畫不同，這幅畫沒有擺固定姿勢的模特。此種畫法更加自由而令人印象深刻。如果卡拉瓦喬當時活了下來，會出一些新東西。
在那不勒斯，一羣不明來歷的人襲擊了他。最初，羅馬傳聞「最著名的藝術家」卡拉瓦喬喪生，但後來又獲悉他還活着，但面部受了重傷。他畫了一幅《帶着施洗約翰頭顱的莎樂美》，畫中的大盤子里正是卡拉瓦喬自己的頭，畫被送給德·維格納科特乞求寬恕。可能同時他還畫了《手提歌利亞頭顱的戴維》，畫中年輕的戴維以奇怪的悲傷神情注視巨人的帶傷的頭顱，這顆頭顱依舊是卡拉瓦喬的頭。這幅畫他可能送給紅衣主教的侄子希皮奧內·博爾蓋塞，這個狂熱的藝術愛好者掌握着赦免大權。
1610年夏天，卡拉瓦喬乘船朝北接受赦免狀，赦免狀似乎歸功於他那些有權勢的羅馬朋友。此行他帶了給紅衣主教希皮奧內作禮物的最後三幅畫。接下來發生的一切衆說紛紜，莫衷一是。不加渲染的事實是，7月28日一份從羅馬發到烏爾比諾的公爵宅邸的匿名私人新聞說卡拉瓦喬死了。三天以後另一份私人新聞說他死於熱病。這些是最早的死亡簡報，後來有更加詳細的報道。但一直沒有發現屍體。卡拉瓦喬的一個詩人朋友把7月18日當作他的忌日，最近有研究者聲稱發現了一個訃告，訃告顯示卡拉瓦喬那一天在托斯卡尼區格羅塞圖附近的埃爾科萊港死於熱病。
