最初朱允玟的軍隊擁有很大優勢，但是朱允玟用人不當，李景隆的指揮失誤，所以一連敗退，最後兵力渙散被打的屁滾尿流。但是燕軍的兵力不足，打下一座城市之後，不能留下兵力守城，只有打一個棄一個，所以很快，雙方開始拉鋸戰。這個時候大明軍隊涌現了很多英雄，他們拼死鬥爭，重創朱棣。但是朱允炆的軟弱不堪，一道聖旨，“我要活的叔父”，很多次能殺掉朱棣的機會都錯過了，對對手的仁慈，就是對自己的殘忍，所以朱允玟的的亡敗知自己作死的結果。
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建文帝原本以爲自己已經準備好了天羅地網，擒拿朱棣只是早晚的事，但他明顯低估了燕王的能力。戰爭開始之前，建文帝以防邊爲名，調走了燕王的護衛士兵，又派張昺(bǐnɡ) 、謝貴到北平監視燕王的一舉一動，宋忠統兵3萬駐軍開平，另在山海關、臨清皆有軍隊協防，將燕王緊緊包圍起來。只是建文帝沒有想到，朱棣有統兵作戰的經驗，臨危不亂，先後蕩平了周圍的軍隊。八月，建文帝命耿炳文將兵13萬伐燕，兵敗退守真定。九月，命李景隆將兵50萬出征。
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李景隆只會紙上談兵，沒有實際作戰經驗，失敗在所難免。建文帝知道李景隆的平庸後，啓用保衛濟南的功臣盛庸爲將，取得了東昌之役的勝利，但這也無法改變燕王勢力逐漸增強的事實。建文三年十二月，燕王朱棣反守爲攻，率軍直趨南京。六月十三日，李景隆和谷王打開金川門迎降，朱棣取得了“靖難之役”的最終勝利。
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削藩是一個很不明智的做法。當年他一直視燕王朱棣爲最大的威脅，然而他並沒有果斷地直指燕王而是先削了其他五藩，給了朱棣充分的準備時間。還有你一當皇帝，馬上磨刀霍霍有計劃的、大規模的欲逐個捕儘自己衆位叔父。在這種背景下，諸王不造反可能嗎?你這就等於不給擁有重權的親戚們活路，不要忘了如果你把周圍的人都得罪了，那麼就真成了孤家寡人，憑藉自己孤寡之力去鬥爭衆人合抱之力，怎麼會不輸?朱允玟的強硬做法註定了自己被取代的命運，其實你要是強硬到底也行，本身性格軟弱，就不要選擇這種道路，換一種迂迴戰術，沒準效果要逼着好得多，硬碰硬就算能贏，那也是自我損傷，當皇帝也要動動腦子吧。
