“史書“說
“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍於火中“。
(在燕兵攻陷京師後，朱允炆)“遂闔宮自已焚燃。上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白上，上哭曰，果然，若是癡呆耶!“
朱棣登位後在給朝鮮國王的詔書上亦曰：“不期建文爲權奸逼脅，闔宮自己焚燃“(《明實錄·太宗實錄》。
“棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍，越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。“
“上入宮，忽火發，皇后馬氏暴崩，程濟奉上變僧服遁去。燕王遂入宮。因指燼中後骨以爲上!“。
“出家爲僧“說
(一)湖南新田大觀堡說
湖南永州新田縣發現明代遺址大觀堡，該古城堡工程規模宏大，建築面積7000平方米，石頭壘成的堡壘周長346米，城牆殘高4米左右，疑爲建文帝避難行宮。後經部分文物和史學專家多方求證，認爲建文帝極有可能避難新田，中國明史學會會長商傳認爲“建文帝蹤跡永州(新田)說出來最晚，但材料最硬”，““在全國多處出現的建文帝‘下落說’中，有的是傳說，有的只有族譜，而只有新田縣有相關碑刻”,“使建文帝研究向前推進了一大步”，“成爲關於建文下落的一種很重要的說法”.
該說主要的證據有(不完全統計)：
1、龍池寺遺址碑刻記載“夫山曰安曇寺曰龍池”、“自大明皇朝先師鐵峯悟真流亡”、“剃本靖爲僧‘燕師’”等;梅木塘碑刻記載“聖帝之壽誕，爲同人之嘉節，首士齊集虔誠致祭……誓詞惟皇上御極之年歲次月日等謹以……二帝神位前曰，惟二帝職司陰鑑”等。
2、大觀堡遺址
3、其他文物：象牙朝笏;道教神仙人物長卷畫;
4、《史氏族譜》記載
(二)東明寺說
萬曆《錢塘縣誌·紀制》記載：“東明寺在安溪大遮山前，建文君爲僧至此，有遺像“。(《杭縣誌稿》卷八)“相傳朱允炆遁跡至此，時旭日始旦，題曰東明。自歸國後，方知爲帝。今範其遺像。有手植牡丹，色白如銀“。明代嘉靖年間《留青日札摘抄》、清代康熙年間《湖堧雜記》中也都有記載。
據2010年12月7日，餘杭縣史志辦張炳林先生從上海圖書館發現《東明寺志》，翻開第一頁，上面寫着“東明寺志敘“五個大字。《東明寺志》(三卷)清釋湛潛篡，清康熙十二年(1674年)版本。寺志中是如此記載：“迨壬午金川變作，啓篋得楊應能度牒及披剃具，佛知運數巳定，乃僧服出遜，由吳興至錢塘遁棲東明山，親灸旵祖座下，凡六載，跡漸彰乃辭去。“由此可見，朱允炆到東明寺出家爲僧不是空穴來風，是確有其人其事。
當年衆僧們皆尊稱朱允炆爲“應能問道老佛“，寺志中還特地將“應能問道老佛“排列在祖師堂的第二位置，僅次於東明禪寺的開法祖師慧旵，明白無疑確定了東明禪寺與朱允炆之間的密切。其中還披露了二個重要信息：所謂“靜室“一是當年東明寺開法禪師慧旵禪師的閉關之處，二是朱允炆在東明禪寺出家爲僧的居所，這是初聞。
東明寺大雄寶殿內右側有朱允炆塑像，殿柱上刻有如下對聯：僧爲帝，帝亦爲僧，一再傳，衣鉢相授，留偈而化;叔負侄，侄不負叔，三百載，江山依舊，到老皆空。
朱允炆親手植之桂花，經過日寇焚燒，僅剩樹幹。但大難不死，第二年又綻新枝，現枝高葉茂，秋季花開，香溢四野，且金銀雙色各半，傳爲奇談佳話。
孟將殿，原有座小廟現已毀，不知是否屬實?民間稱之“罵將殿“。相傳明成祖派一位朱允炆當朝時的武狀元出身將軍追殺朱允炆。追至東明山，朱允炆痛斥其助紂爲虐。他進退兩難：遜帝有恩，今上難違。回京又無顏覆命，終而自殺。因該將軍姓孟，後人建孟將軍廟以資紀念。
