《萬國公報》是晚清時期教會創辦的報紙中最具有影響的，也是存在時間最長的。它由美國傳教士林樂知創辦，對於晚清知識分子的思想啓蒙產生了重要作用。
林樂知是美國監理會的傳教士，他在1860年來到上海，先後供職於上海廣方言館、江南製造局等，主要進行教育和文化工作。1868年，林樂知在上海創辦了一份報紙《教會新報》，該報每週一期，內容主要是傳播教義，但發行量很小，並不是很成功。1874年，《教會新報》被改名爲《萬國公報》，仍然是每週一期。改名之後，林樂知將多數版面用於報導新聞，希望將《萬國公報》的受衆擴大到社會的各個階層。《萬國公報》主要包括時政新聞、宗教宣傳、自然科學知識等內容，但銷量仍然不佳，讀者僅限於少數基督教徒。1883年，林樂知因爲將主要精力放在了他自己創辦的中西書院的經營上，因而無暇抽身辦報，導致《萬國公報》不得不暫時停辦。
1887年，英國傳教士韋廉臣在上海創辦了文化機構同文書會(後改名爲廣學會)，林樂知也加入其中。次年同文書會決議重新發行《萬國公報》。1889年，《萬國公報》重新開始發行，林樂知負責主持，但此時《萬國公報》已經成爲同文書會(廣學會)的機關報紙，改爲每月出版一期。新的《萬國公報》主要的目標讀者是官僚士大夫，期望通過《萬國公報》影響中國的統治階層。與此前相比，《萬國公報》既包括新聞、自然科學知識等，又增加了時評。
中日甲午戰爭以後，中國的官僚士大夫終於開始覺醒，《萬國公報》的撰稿人趁此時機積極報導和評論甲午戰爭，引導中國士大夫向西方學習進行變法改革。《萬國公報》在甲午戰爭後逐漸受到士大夫們的青睞，發行量逐年增加，《萬國公報》發展到它的頂峯。1907年，隨着林樂知去世，《萬國公報》也不再發行。
《萬國公報》在19世紀的最後十年影響力很大，從光緒皇帝到李鴻章等封疆大吏，再到康有爲、梁啓超等維新派都是其讀者。《萬國公報》不僅傳播了西方自然科學知識，也對於戊戌變法及清末新政等晚清的變法改革起到了重要的推動作用。
