北元(1368年-1389年)是蒙古族在蒙古草原建立的政權。1368年元惠宗遷都灤京，仍以"大元"爲國號，因地處塞北，故稱"北元"。共傳二位皇帝，享國二十一年。
1368年中原局勢徹底失控，元惠宗出逃大都，坐鎮蒙古繼續指揮各路元軍鎮壓民亂。 此後北元幾度南征都未能重佔大都，到1389年在藍玉率領的明軍進攻下滅亡。
北元雖偏安於蒙古高原，卻是蒙古族歷史上經濟文化繁榮、科技進步、對外開放程度較高的時期。
至正二十八年(1368年)七月，明將徐達等率軍攻佔大都，孛兒只斤·妥歡帖睦爾北奔上都。除元惠宗坐鎮蒙古故地以外，山西、甘肅的擴廓帖木兒;遼東的納哈出;雲南的把匝剌瓦爾密，都在各自的管轄之地策應着大元皇帝的軍事行動。 此外，北元與高麗、畏兀兒仍舊保持着政治上、經濟上的聯繫。
至正二十八年(1368年)冬，元惠宗命大將擴廓帖木兒從山西出兵奪回大都，軍行途中，明太祖命大將徐達襲擊他的後方太原。元軍回師救援，正中計謀，被明軍襲破大營。折兵四萬，僅率十八騎逃入甘肅。山西被明佔據。 至正二十九年(1369年)春夏，中書右丞相也速幾次進攻通州，均被明軍擊退。明軍乘勢北進。惠宗從上都退往應昌，宗王慶生、平章鼎住被明軍追及擒殺，一萬將士被俘。 上都陷落。蒙古貴族留戀故元，一直圖謀恢復其在全國的統治，不斷嚮明朝統治地區發動進攻，明朝對此深以爲患。
至正二十九年(1369年)常遇春、李文忠攻佔上都，惠宗北走應昌。同年，徐達和擴廓帖木兒大戰沈兒峪，最終徐達大破擴廓帖木兒。擒郯王、文濟王及國公、平章以下文武僚屬千八百六十餘人，將士八萬四千五百餘人，馬駝雜畜以鉅萬計。擴廓帖木兒僅挾妻子數人奔和林。左副將軍李文忠等率東路出居庸關，直克應昌，惠宗之孫買的裏八刺及后妃、諸王、官吏等多人被俘，解往京師。時元惠宗已卒，太子孛兒只斤·愛猷識理答臘僅以數十騎敗走和林，會合敗於陝甘的擴廓帖木兒，在和林即皇帝位，稱必力克圖汗，年號宣光，以明年爲宣光元年。
宣光元年(1371年)，明軍十五萬兵分三路，出擊漠北。中路徐達出雁門趨和林，東路李文忠由居庸出應昌，西路馮勝由金蘭趨甘肅。中路軍由徐達統率，在土刺河打敗擴廓帖木兒的軍隊，隨後擴廓貼木兒與元將賀宗哲合軍，向徐達的主力發起進攻，徐達被擊敗，其所率明軍遭到毀滅性打擊，明軍死亡數萬人。李文忠所率東路軍與北元兵在克魯倫河、土剌河、鄂爾渾河一線受挫。馮勝所率之西路軍，在甘肅永昌、掃林山等地擊敗元軍。出蘭州，由亦集乃路至瓜州、沙洲，取得了一定的勝利。這一次明對元的戰爭，西路軍勝利，中路軍失敗，東路軍失敗，整體以失敗告終。明軍在短時期內不敢再深入草原作戰，北元則爭取了喘息時間，雙方在邊境地區不斷髮生拉據式的衝突。此後，朱元璋吸取此役受挫的教訓，採用尺進寸取，專事經營沿邊地區的方針，向遼東和青海方向延伸，得地後隨即設衛，避免孤軍深入漠北，北元諸王將士相繼歸附。
宣光五年(1375年)，擴廓帖木兒病死漠北。這一年納哈出進攻遼東州城，屢被擊敗。
明朝在屢徵元朝的同時，對主動投降和戰爭中被俘的大批北元貴族、官吏和軍民，都給予優厚的待遇並予安置。明朝希望藉此招引更多的北元人馬。明初幾十年間，確實有大量的蒙古人和漢人從北方跑到內地，成爲明朝的臣民。當然，明朝的最終目的是招降北元皇帝。朱元璋曾封昭宗孛兒只斤·愛猷識理答臘之子孛兒只斤·脫古思帖木兒爲崇禮侯，不久將他送還漠北，並幾次遣使給昭宗送信，勸他及早歸降。
1378年孛兒只斤·愛猷識理答臘死去，廟號昭宗。其子孛兒只斤·脫古思帖木兒繼任爲北元皇帝，稱烏薩哈爾汗，年號天元(1379-1388)。繼續保持對明朝兩立的立場。其丞相驢兒、蠻子、哈剌章和國公脫火赤等集軍於應昌、和林扣掠塞下。明朝多次召降不成，於天元二年(1380年)派沐英率師出討，戰於亦集乃路，俘獲其國公脫火赤、樞密知院愛足、平章完者不花等，其餘衆多降。與此同時，明廷又開始對雲南及遼東的經略，以翦除北元在此兩地的勢力。據守雲南的樑王把匝剌瓦爾密爲元世祖忽必烈第五子忽哥赤的後裔，明兵取大都後與北元遙相呼應，執臣節如故，又兩次殺害明廷的勸降使節。朱元璋遂決定用兵。
天元二年(1381年)七月，朱元璋命傅友德爲徵南將軍，藍玉、沐英爲副將軍，遠征雲南。明軍在曲靖擊敗司徒平章達裏麻所將領精兵十餘萬，俘二萬，後直取昆明。樑王見大勢已去帶着妻、子一同投滇池自殺。左丞達的、右丞驢兒均自殺。與漠北蒙古貴族逐相呼應的這支力量被消滅了。藍玉、沐英相繼攻取大理等地，平定雲南。
天元二年(1381年)，納哈出率二十萬元軍駐紮金山(吉林雙遼縣)一帶，始終沒有受到很大的軍事衝擊。這支強大的勢力，是明朝攻打北元時的掣肘之患。
天元九年(1387年)，朱元璋以馮勝爲大將軍，與傅友德、藍玉等率兵二十萬出征東北，明軍步步爲營，修築寬河(河北寬城縣)、會州、富峪(河北平泉縣境)、大寧(今內蒙古寧城縣)四座城，用以存積糧草。隨後大軍直趨金山。明軍壓境，納哈出深感不安。這時明軍派來了使者，勸他投降，不久納哈出的部將全國公觀童嚮明稱臣。經過一番猶豫動搖，最後納哈出投降了，二十萬部衆除一些逃散的之外，都作了俘虜，其中僅官員將校就有三千三百多人。納哈出被朱元璋封爲海西侯。 自此遼東盡屬明有，漠北與高麗的聯繫亦被阻絕。
納哈出率部投降，使形勢發生了巨大的變化。朱元璋立即命藍玉爲大將軍，征討下一個更主要的目標--元昭宗愛猷識理達臘的之子脫古思帖木兒。他認爲"肅清沙漠，在此一舉"，因此要求藍玉勿失時機，必取成功。
天元十年(1388年)三月，藍玉率師十五萬北進。四月，到捕魚兒海(今貝爾湖)，距離脫古思帖木兒營地不過百餘里路程。脫古思帖木兒以爲明軍與納哈出作戰不久，糧草匱乏，不會深入北方再戰，沒有作迎敵的準備。而明軍前鋒奔襲他的大營之時，恰好風沙彌天，幾十步外不見人。明朝兵馬突然出現，脫古思帖木兒根本不能作有效的抵抗，太尉蠻子倉促上陣，很快戰敗被殺。脫古思帖木兒帶着太子天保奴、知院捏怯來、丞相失烈門等數十人逃往和林方向，行至土剌河一帶，爲其部將也速迭兒所縊殺，捏怯來、失烈門南下，投降明朝。 經此一役，烏薩哈爾汗的次子地保奴、嬪妃公主一百二十三人、官員三千餘、人口七萬七千多、馬駝牛羊十五萬多頭，以及大量印章、圖書、兵器、車輛，都被明軍俘獲。
這次的失敗使黃金家族--忽必烈家族的大元政權喪失了在蒙古人中至高無上的中央汗國的地位，大多數蒙古部落宣佈脫離它而獨立。布里牙特·烏格齊於1402年殺元昭宗愛猷識理達臘的兒子尼古埒蘇克齊汗孛兒只斤·額勒伯克。而後，布里牙特·烏格齊立尼古埒蘇克齊汗之子孛兒只斤·坤帖木兒繼位。
1402年，布里牙特·烏格齊殺掍特穆爾汗後稱汗。1408年，蒙古太師阿魯臺殺布里牙特·烏格齊，迎立孛兒只斤·本雅失裏爲汗。1412年，瓦剌首領綽羅斯·馬哈木殺完者圖汗，嚮明朝稱臣。1412年-1415年大汗空位。1415年，瓦剌綽羅斯·馬哈木擁立孛兒只斤·答裏巴爲大汗，自任太師。1415年，阿魯臺再次攻打瓦剌，大汗孛兒只斤·答裏巴、太師馬哈木先後戰死。綽羅斯·馬哈木的兒子綽羅斯·脫歡擁立布里牙特·額色庫爲汗。1425年，阿魯臺擁立東蒙古科爾沁部首領哈薩爾七世孫孛兒只斤·阿岱爲蒙古大汗。1438年，衛拉特首領綽羅斯·脫歡殺大汗孛兒只斤·阿岱和阿魯臺。
對於明朝皇帝來說，成吉思汗的黃金家族的元朝已經完結了，草原的這些新君主是一支沒有顯赫歷史的民族，他們在帝國的歷史上既不顯赫也不重要，他們不可能如黃金家族那樣具有無上的威望和號召力。那麼，元對於明的威脅就應該自此結束了。
但衛拉特人並沒有忘記他們繼承的是蒙古帝國的汗位，雖然在表面上，他們把自己和其他蒙古人尤其是黃金家族的距離拉得很遠，但他們無時無刻不在想着恢復蒙古帝國原來的疆域。
在明朝還比較強的時候，衛拉特人是不會隨便捋虎鬚的，他們還記得祖上馬哈木的教訓。因此，恢復帝國的第一刀他們向西南地區的察合臺汗國砍去。布里牙特·額森擊敗了東察合臺汗國的衛思汗，強娶了他的妹妹哈尼木公主，因爲衛思汗是黃金家族，所以這一政治聯姻，使得衛拉特人有了足以號召所有蒙古人的血統。
布里牙特·額森繼承其父綽羅斯·脫歡的王位時，蒙古帝國的疆域從巴爾喀什湖延伸到貝加爾湖，又延伸到長城附近。並以明朝拒絕貿易之名進攻明朝。明正統十四年(1449年)在土木堡之戰中，打敗明軍，俘虜了朱祁鎮。因不善圍攻戰，瓦剌大軍無法攻陷大同和宣化，於是布里牙特·額森帶着朱祁鎮返回蒙古草原。
三個月後，布里牙特·額森土重來，進軍至北京西北郊，遭遇明朝名將於謙的抵抗，發動的各次進攻均被擊退，不久明朝的各路援軍趕來。由於受到優勢兵力的威脅，沿居庸關撤退。1450年，布里牙特·額森決定釋放明英宗，並於1453年與明議和，並宣佈自己是明的屬臣，這一行動表明他拋棄了大蒙古國的宗主權，把自己看成是一個獨立的可汗。這樣做無疑並不明智，原本已經臣服於他的各黃金家族的部落和汗國又重新自立。明景泰四年(1453年)，布里牙特·額森在擊敗岱總汗孛兒只斤·脫脫不花後僭稱"大元天聖大可汗"，建年號"天元"，遭到黃金家族的不滿和反抗。
1455年，布里牙特·額森被暗殺。布里牙特·額森之子阿馬桑赤臺吉繼其父汗位，在1456年進攻東察合臺汗國，在伊犁河附近大敗羽奴思汗。而在這時，皇后哈尼木(衛思汗之妹)在後方製造混亂，她的兒子亦不刺忻和也裏牙思兩兄弟對阿馬桑赤發動叛亂，卻沒有成功。但經過這次內亂，衛拉特的實力嚴重的被削弱了。
在衛拉特人實力削弱的時候，成吉思汗後裔們並未立即組織反攻，因爲他們正在家族戰爭中互相殘殺。
1467年，成吉思汗的第27代繼承人孛兒只斤·滿都魯在討伐他的侄孫和繼承人博勒呼濟農孛兒只斤·巴彥蒙克的一次戰爭中去世。而博勒呼濟農在他能夠稱汗之前的1470年也被暗殺。一度人丁興旺的黃金家族中，僅剩下博勒呼濟農之子孛兒只斤·巴圖孟克。
孛兒只斤·巴圖孟克的命運及其不幸，據權威學術史料《蒙古黃金史》記載，達延汗巴彥蒙克乃是北元必裏克圖汗，即元昭宗愛猷識理達臘的直系子孫，家族的長輩都在內訌中死去，小小的孩子孤苦無依，連他的母親都拋下他改嫁了，這簡直比成吉思汗年幼時的遭遇還要悲涼。所幸，孛兒只斤·滿都魯的年輕遺孀滿都海賽音可敦把他置於自己的保護之下。滿都海賽音可敦在1470年宣佈孛兒只斤·巴圖孟克繼承蒙古大汗，尊號達延汗。滿都海賽音可敦率領軍隊打敗了衛拉特人，將他們徹底趕出了蒙古中東部地區。爲達延汗日後的統治奠定了基礎。
達延汗在位時間37年，從1470年到1517年。在1481年親政之後，達延汗鎮壓了右翼的土默特人、兀良哈人的叛亂。並從1497年到1505年間，他對從遼東到甘肅的明朝邊境地區進行了一系列卓有成效的攻擊，使得明朝無法與衛拉特人聯繫。
1543年達延汗去世，達延汗之孫孛兒只斤·博迪繼承了汗位，尊號阿剌克汗。雖然廣大的領土被達延汗的衆多子孫瓜分，但從1544年到1634年蒙古帝國的汗位一直穩固的在達延汗的長支後裔察哈爾部中傳承，歷經阿剌克汗(1544-1548年)、庫登汗(1548-1557年)、札薩克圖汗(1557-1593年)、徹辰汗(1593-1604年)和呼圖克圖汗(1604-1634年)。
雖然達延汗的長期統治穩定了蒙古帝國汗位傳承，但並沒有克服蒙古民族的最大弱點-實行瓜分家族遺產的習慣法。當帝國的創建者死後，帝國便成了一種類似聯邦式的家族國家，國內的各級首領，都是兄弟或堂兄弟，他們雖然承認察哈爾部的最高權力，但處於半獨立狀態。
隨着時間的流逝，察哈爾部的汗位繼承者們逐漸失去了足以統治整個蒙古的力量，西方的衛拉特人和東方興起的女真人都是他們可怕的敵人。但這個時候，衛拉特人正在對付哈薩克汗國、沙皇俄國以及內部的綽羅斯家族與和碩特家族的權力爭奪，因此，結束蒙古帝國歷史的，只能是女真人建立的後金了。
1604年，孛兒只斤·林丹巴圖爾繼承汗位，接受黃教沙爾巴呼圖克圖的灌頂戒教，稱庫圖克圖汗。庫圖克圖汗並不是一個昏庸無能的大汗，他早已看出後金對於蒙古的野心，因此上從繼位始，便開始重新統一各部，自稱"統領四十萬衆蒙古國巴圖魯青吉斯汗"。1627年派兵收服右翼鄂爾多斯、喀喇沁、土默特等部，與喀爾喀部卻圖汗結爲聯盟，聲威大振，所轄地域東起遼東，西至甘肅。但是，次年，朵顏兀良哈的蘇布臺、喀喇沁的達來臺吉、土默特和布石圖汗、額爾多斯的額仁沁濟農以及永謝布、阿蘇惕、阿巴嘎、喀爾喀等部聯合組成大軍十萬，在土默特的召城一戰中，消耗了庫圖克圖汗精銳兵力四萬餘人，這使得庫圖克圖汗的實力大爲削弱，而他的敵人是綜合了蒙古人的彪悍和漢人的謀略的後金大汗努爾哈赤和皇太極，這就註定有勇猛少計謀，統治着的已經衰微的蒙古帝國的他只能失敗。
愛新覺羅·努爾哈赤時期，科爾沁部、扎魯特部便在聯姻之下歸附了後金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部爲了避免庫圖克圖汗的報復，
也投奔了後金。1625年，庫圖克圖汗出兵嫩江，攻打科爾沁部。後金出兵援助科爾沁，庫圖克圖汗退走。愛新覺羅·皇太極即位後，把庫圖克圖汗做爲主要的敵人。1628年，派遣貝勒愛新覺羅·阿濟格與老哈河上游受孛兒只斤·林丹巴圖爾統治的喀喇沁部會盟，共擊庫圖克圖汗。9月，愛新覺羅·皇太極親率大兵至綽洛郭爾，宴會察哈爾部控制下的敖漢、奈曼、喀爾喀、札魯特和喀喇沁等部領兵前來的諸首領。庫圖克圖汗有大汗之名，但已經陷入了孤立，被迫退出西拉木倫河流域，至歸化城(今呼和浩特)固守。
1632年4月，愛新覺羅·皇太極再率大軍西進，愛新覺羅·多爾袞從徵。至西拉木倫河畔，會集蒙古諸部兵，共擊孛兒只斤·林丹巴圖爾。面對勢力遠勝自己的敵軍，庫圖克圖汗無奈自歸化城驅人畜十萬渡黃河西逃。但面對已經大勢已去的局勢，部衆十之七八在途中散去。庫圖克圖汗逃奔青海，兩年後在青海打草灘病死。
1635年，愛新覺羅·多爾袞與愛新覺羅·嶽託等領兵萬人渡河，招降了庫圖克圖汗剩下的部衆，之後孛兒只斤·額爾孔果洛額哲獻傳國玉璽出降，整個漠南蒙古完全納入了後金的版圖，大蒙古國的汗位至此斷絕，而蒙古帝國，也永遠的消失了。
