清光緒二十四年(1898年)七月(下指農曆)，已存在249年的廣東巡撫正式撤銷。經過幾復幾廢，光緒三十一年(1905年)十一月，由兩廣總督兼管廣東巡撫事。
最早提出要廢除廣東巡撫的，是時任廣東巡撫的郭嵩燾。郭嵩燾的理由是：兩廣總督和廣東巡撫同駐廣州城，權力界限太混亂，影響辦事效率。
全國共有四例總督與巡撫同駐一城，還有湖廣總督與湖北巡撫同駐武昌(武漢)、閩浙總督與福州巡撫同駐福州，雲貴總督與雲南巡撫同駐昆明。
郭嵩燾認爲督撫同駐一城，就如同兩個縣令共管一個縣，豈有不亂之理?郭嵩燾上疏是在同治五年，也就是1866年，此時的他已當了四年的廣東巡撫。
郭嵩燾爲什麼會要求撤銷廣東巡撫?因爲他和時任兩廣總督的瑞麟嚴重不對付，齟齬不斷。瑞麟對郭嵩燾頤氣指使，學貫中西的郭嵩燾自然不服。朝廷讓左宗棠查明實情後，對瑞麟和郭嵩燾臭罵一頓。郭嵩燾一怒之下，辭職回了長沙老家辦學去了。但接替郭嵩燾任巡撫的蔣益澧又和總督瑞麟鬥來鬥去，弄得廣州城烏煙瘴氣。朝廷沒辦法，又把二人各打五十大板。
同城督撫鬥氣，這讓朝廷更進一步認識到，督撫同城太麻煩。但是，當時朝廷剛平定太平天國，兩廣形勢還太穩定，暫時不具備撤銷廣東巡撫的條件。
又過了24年，光緒十六年，1890年，外交家薛福成再上折請撤廣東巡撫折。薛福成的理由和郭嵩燾差不多，認爲同城不應該同時存在總督和巡撫。二人雖然互相監視，可保朝廷直接控制，但互相爭老大，弊端太多。
由於廣東巡撫在級別上要低於兩廣總督，所以郭嵩燾和薛福成都認爲應該省巡撫而留總督。
有清一代，上述四個總督與同城的巡撫關係向來比較麻煩。同城督撫互相絆馬腿的事多到數不過來，這確實成了朝廷重點考慮的大問題。
慈禧在變法後的1898年，下了懿旨，詢問大臣：撤掉廣東巡撫(同時還有湖北巡撫、雲南巡撫)，是否會對各省造成不利影響，你們趕緊商量。
禮親王世鐸等人則認爲巡撫不可撤，說總督管軍事，巡撫管民政，各不相干。互有矛盾完全是督撫兩個人之間的問題，並非督撫同城所致。另外，粵、鄂、滇三省地形、人情複雜，總督管不過來，由巡撫管理比較合適。
慈禧採納了世鐸的意見，放棄了撤銷三省巡撫的計劃。
世鐸爲什麼反對撤銷三省巡撫?很簡單，撤了這些人的官，他們怎麼發財?反對變法的多是守舊派，他們自然不想丟掉鐵飯碗。而慈禧是守舊派的總頭子，當然要站在守舊派官僚一邊。
光緒三十年，1904年，清廷已入膏肓，必須改變纔有活路，慈禧也要做點表面文章。
慈禧同意了撤銷雲南巡撫和湖北巡撫，但廣東巡撫暫時保留。何之?因爲廣東“盜賊”遍地，而兩廣總督岑春煊在廣西有事回不來。所以，先留廣東巡撫張人駿，暫代總督，在廣東“剿匪”。
撤銷廣東巡撫，也有一層派系上的原因。三點：一、有時兩廣總督是淮軍系，而廣東巡撫則是湘軍系，兩派明爭暗鬥。二、有時兩廣總督是滿臣，廣東巡撫則是漢臣，雙方又是檯面上下一番亂鬥。三、清末朝廷對地方上的控制力越來越弱，朝廷撤銷幾省巡撫，就是要試探自己的遠程控制力還有多少。
一年後的六月，張人駿調到山西任巡撫，廣東巡撫就空缺了下來。撤銷廣東巡撫本就是定好的事情，只不過當時有情況，暫時保留而已。張人駿離任廣東巡撫，就沒必要再任新巡撫了。但從岑春煊的態度看，他似乎不是特別贊成撤銷巡撫。沒有了巡撫，岑春煊就要軍事(總督)、民政(巡撫)一肩挑了，連喘息的空都沒有，太累了。
不但是岑制軍累了，他所效忠的大清也累了。幾年後的1912年，累倒的大清成爲歷史。
