葉爾羌汗國的創建者薩亦德汗,爲東察合臺汗國東部統治者阿黑麻汗的第三子。他14歲時,隨父親去塔什干支援伯父馬合木汗抗擊月即別(烏茲別克)的昔班尼汗。東察合臺汗國軍隊被打敗,潰退時薩亦德速檀(sultan,在東察合臺汗國和葉爾羌汗國時代意爲“王子”)受傷,被棄於戰場,後被投進監獄。一年後昔班尼汗再次進兵費爾幹,把他從監獄中釋放出來,“待之如己出”。薩亦德速檀隨昔班尼汗出征喜撒兒和昏都思,然後返回撒馬爾罕。他趁昔班尼汗出征花剌子模,逃回東察合臺汗國,供職於伯父馬合木汗的政府。薩亦德速檀是一位精明強幹和雄才大略的人,看不慣伯父的懶散和疏忽,又逃離開伯父,進入弟弟哈里勒速檀任監治官的吉利吉思人中間。過了4年,其兄滿速兒汗又進攻他們。薩亦德速檀德戰敗,逃出東察合臺汗國,流浪中亞,再次入獄,僥偉獲釋,潛逃至喀布爾,受到莫臥爾帝國創建者巴布爾大帝的厚遇,因爲巴布爾大帝的母親是羽奴思汗的女兒,薩亦德速檀與他是姑表兄弟。在這裏薩亦德速檀度過了“一生中最無憂無慮、最快活的”三年。
1510年冬,昔班尼汗在馬魯被伊朗薩法維王朝沙·亦思馬因擊敗,死亡。朵豁剌惕部異密賽亦德·馬黑府趁機趕走烏茲別克人,佔領費爾乾地區,向巴布爾大帝派出信使,希望得到支持。巴布爾大帝派薩亦德帶領一些擁護他的蒙古異密前往。薩亦德受到當異地密的歡迎,並表示臣服。薩亦德先擊退了烏茲別克速檀的進攻,又粉碎了葉爾羌統治者阿巴軋乞兒的進犯。1514年春，烏茲別克速檀又組織大規模的進攻。薩亦德考慮到費爾乾地區爲四戰之區,經常受到幾方面的侵襲,且地域狹小,糧賦難以供給一支強大的軍隊,不能建立一個足以控制中亞的政權。爲前途計,他決定在烏茲別克大軍到來之前主動撤離這一地區。1514年夏,薩亦德的隊伍到達阿圖什。他把家屬、輜重留在這裏,率領4700名戰士前攻喀什噶爾,雖獲小勝,但攻城不下,於是決定直取阿巴眈乞兒的首府葉爾羌。但是在進軍途中一部分軍官畏懼險難,企圖逃離開薩亦德,軍心動搖。薩亦德決定先取英吉沙爾,以穩定軍心,鼓舞士氣,經過五晝夜的強攻,守將投降。這時阿巴扎乞兒正在葉爾羌城外檢閱新徵集的軍隊,聽說英吉沙爾陷落和喀什噶爾守將棄城逃跑,又看到這支新徵集的軍隊素質太差,便返回城中收拾細軟,命兒子賈罕傑兒留守,自己向和田方向逃跑。賈罕傑兒聽說薩亦德的軍隊就要到,下令人人可以帶走弄到手的任何財物,帶不走的就燒掉,葉爾羌城又遭到一次浩劫。薩亦德的軍隊未受到任何阻擋就開進了葉爾羌城。他們在拉達克追上了阿巴禮乞兒,就地處死。賈罕傑兒投降,被安置在英吉沙爾,不久被人暗殺。
1514年9月3日,薩亦德在衆異密的擁戴下登上汗位,定都於葉爾羌,史稱葉爾羌汗國。薩亦德汗主動向滿速兒汗派出使臣求和,並表示臣服。滿速兒汗正怕薩亦德汗報復,接到使臣帶來的書信,十分高興。公元1516年,兩兄弟在各自實際控制的領地的交界處一阿克蘇和庫車之間舉行了會晤。這次會晤,不僅在形式上恢復了東察合臺汗國的統一,而且創造了一個和平的社會環境。1517年,吉利吉思人入襲費爾乾地區,搶劫居民,薩亦德汗出兵收復了這一地區。1522年,薩亦德汗領兵進入蒙古斯坦,趕走佔領這一地區的吉利吉斯人和哈薩克人,派長子拉失德帶領一些蒙古人駐守這裏。但是不久哈薩克人又涌進這一地區,拉失德無力抵抗,退回喀什噶爾。薩亦德汗於1519年和1530年兩次進攻巴達克山,將其一半領土併入葉爾羌汗國的版圖。 是一位伊斯蘭教徒,因此對異教徒也不斷地進行所謂“聖戰”。克什米爾、拉達克和西藏都遭到過他的軍隊的劫掠。他本人也是在進行這種“聖戰”中,因高原反應,死於拉達克,時爲公元1533年。
拉失德汗於公元1533年繼承父位。他面臨的局勢同東察合臺汗國的第二代君主也裏牙思火者差不多,要麼消滅朵豁剌惕部異密,做一個真正有實權的汗,要麼做朵豁剌惕部異密的傀儡,甚至被殺而取代。但是拉失德汗與也裏牙思火者汗不同,是一位經過殘醋的戰爭鍛鍊、具有雄才大略的年青有爲的君主。他一登上汗垃立即對朵豁剌惕部異密進行了果斷而徹底的鎮壓。朵豁剌惕部異密家族作爲中央政權的一種對立勢力,是造成東察合臺汗國經常政局不穩和封建混戰的主要根源,被拉失德汗徹底消滅了。滿速兒汗聽說薩亦德汗去世,率軍進攻阿克蘇;拉失德汗也率軍迎戰。滿速兒汗無功而還。滿速兒汗不死心,又組織了一次進攻;拉失德汗再次率軍迎戰。這次滿速兒汗失敗;拉失德汗俘獲頗多,勝利而歸。 拉失德汗同烏茲別克昔班尼王朝結成同盟,然後出兵攻打哈薩克人,恢復了在蒙古斯坦中部地區的統治。以後他又出兵攻打過吐魯番和安集延。1559年，拉失德汗外出巡視,死於和田效區。拉失德汗是葉爾羌汗國史上一位有作爲的君主。在他統治時期,汗權鞏固,社會安定,領土進一步擴大;蒙古部族在城市和農業地區定居下來,開始同當地居民融合。
拉失德汗死後,長子早亡,次子阿卜都哈林繼位。七子虎來失(和田總督)反叛,以後進入吐魯番地區。阿卜都哈林汗兄弟馬黑麻(阿克蘇總督)、瑣非(喀什噶爾總督)、阿卜撒因(新任和田總督)前往鎮壓。虎來失戰敗,被流放到印度。吐魯番和哈密地區進入葉爾羌汗國的版圖。自東察合臺汗國中期以來,天山以南分爲東西兩部的局面結束,統一的政權出現了。它有利於經濟文化的發展和交流,有利於近代維吾爾族的形成,這是一種歷史的進步。 阿卜都哈林汗死於1592年,弟馬黑麻繼位，他對待平民比較寬厚,壓制高利貸者,注意發展經濟。他在任吐魯番總督時就嚮明朝派遣過使臣,登上汗位後再次嚮明朝派出使臣。葉爾羌汗國同明朝保持着密切的貿易關係,他們視之爲“金路”,一旦誰妨礙其揚通,就會遭到汗國的普遍反對。在馬黑麻汗統治時期葉爾羌汗國達到了鼎盛階段。馬黑麻汗死後,兒子阿黑麻續位。吉利吉思人聽說馬黑麻汗去世,出兵攻打阿克蘇。阿黑麻調遣軍隊擊退了吉利吉思人的進攻,但是並未沏底打敗他們。從此吉利吉思人成爲葉爾羌汗國的嚴重威脅。同時汗國內部也不穩定:舍剌甫丁速檀(拉失德汗之孫、羽奴思速檀之子)在一些異密的擁護下,在喀什噶巴稱汗。阿黑麻派出大軍才把叛立者鎮壓下去。吐魯番總督阿卜剌因(拉失德汗之幼子)在實際途制了察力失以後,向阿克蘇進軍。阿黑麻汗親自率軍迎戰,才遏制住他的勢力向西繼續發展。但是,從此以後阿卜剌因也自稱爲汗,其子一直統治着汗國的東部地區。不久,連阿黑麻汗自己的女婿、阿克蘇總督伊思坎達爾也叛立,葉爾羌汗王朝費了很大的力量才慎壓下去。但就是在這種局勢下,耽於遊樂的阿黑麻汗還經常外出狩獵。
1619年,阿黑麻汗在巴楚圍獵時被叛亂的異密殺死。叛軍擁立忽剌亦思(拉失德汗之孫、羽奴思速檀之子)爲汗,佔據了葉爾羌。喀什噶爾的異密們擁立阿黑麻汗的次子阿卜都拉提甫爲汗,並向葉爾羌進軍,經過激戰消滅了叛軍。在這一系列的封建割據混戰和爭奪汗位鬥爭中,交戰各方都是力爭境外勢力(如吉利吉思、哈薩克或瓦剌)和境內和卓家族勢力的支持;而境外勢力和和卓家族也通過交戰各方擴大自己在汗國的影響,以至把他們變爲自己的傀儡。 阿卜都拉提甫汗統治期間,吉利吉思是最大的外患,曾進犯過汗國。阿卜都拉提甫汗名義上是汗國的最高統治者,但實際統治地區僅東起庫車,西到與巴達克山交界的地方。阿卜達拉赫汗統治時期,瓦剌勢力進一步發展,多次入襲葉爾羌汗國,前鋒直達和田。庫車也在瓦剌的策動下公開叛立,阿卜達拉赫親自率領軍隊去鎮壓了這次叛亂。接着他又乘勝出兵博洛爾和巴達赫山,經過三個月的征戰,降服了這兩個地區,使它們重入葉爾羌汗國的版圖。在阿卜達拉赫汗統治湖間,中原地區發生了巨大的政治變動:滿族建立的清朝取代了漢族建立的明朝。1656年通過吐魯番向清朝遣使“進議’。順治皇帝“敕諭”,“勞賜”。於是葉爾羌汗國同清朝開始了政治經濟往來。 尤勒巴爾斯要求父親給予更大的權力,父子開始不和。實質上這是喀什噶爾的白山派和卓要求控制中央政權的黑山派和卓讓出更多的權力。白山派和卓極力向葉爾羌的統治集團滲透,這引起阿卜達拉赫汗的不安、猜忌、殘殺。結果人心惶惶,許多異密轉移到他兒子方面。在衆叛親離的情況下,公元1667年阿卜達拉赫汗只好以“最體面”的方式放棄汗位一去阿拉伯朝聖。
當阿卜達拉赫汗放棄汗位出走的同時,黑山派和卓穆罕默德·阿卜達拉赫(和卓沙迪之子)率領全體生徒和大部分異密也離開葉爾羌前往阿克蘇。阿克蘇的異密同這一集團聯合,隨後,和田的異密也加入進來。爲名正言順,他們派人去瓦剌首領阿勒坦臺吉那裏要來伊斯梅爾(阿卜剌因汗之子,阿卜達拉赫汗之弟),宣佈爲汗,並決定向葉爾羌進軍。阿勒坦臺吉也派瓦剌軍隊來支援。雙方在離葉爾羌城不遠的地方澎遇,展開激戰。尤勒巴爾斯戰敗,搶先退進城中。伊斯梅爾圍攻不下,退回阿克蘇。 1678年,尤勒巴爾斯在白山派和卓支持下登上汗位。他們對跟隨黑山派和卓去阿克蘇的生徒和異密的家屬大肆殺戮,並派出軍隊進攻阿克蘇。
1670年4月2日伊斯梅爾汗和黑山派和卓穆罕默德·阿卜達拉赫一起進入葉爾羌城。伊斯梅爾舉行傳統的登基儀式,宣佈爲全國的君主。他派和卓葉爾和異密基亞斯伯克去喀什噶爾,他們在那裏處死尤勒巴爾斯汗的兒子們,對白山派進行了血腥的鎮壓。 白山派首領阿帕克和卓逃出喀什噶爾,潛入克什米爾,從這裏又進入西藏。他晉見了達賴喇嘛五世,博得了這位佛教首領的歡心,遂派他攜帶書信去見準噶爾的渾臺吉噶爾丹。公元1680年,噶爾丹派出12萬瓦剌騎兵,翻越天山,經阿克蘇、烏什、喀什噶爾,到達葉爾羌。噶爾丹的軍隊,在白山派和卓生徒的全力配合下,經過激烈的戰鬥,攻下了葉爾羌城。守將伊瓦茲伯克戰死,伊斯梅爾汗及汗室成員被俘,送往伊犁。在此前,吐魯番地區已被瓦剌佔領。至此,整個葉爾羌汗國滅亡,天山以南的廣大地區進入準噶爾汗國的版圖。
