早期歷史
從法理上說，普魯士這塊地方並不屬於德意志神聖羅馬帝國的疆界範圍，只是因爲後來勃蘭登堡藩侯合併普魯士公國，勃蘭登堡-普魯士作爲整體才成爲德意志第一帝國的一部分。
在中世紀早期，普魯士這塊地方是蠻荒之地，古代的居民爲古普魯士人，所使用的普魯士語屬於波羅的語族，與拉脫維亞人和立陶宛人屬於同一種族。928年，勃蘭登堡就已經由薩克森公爵獅子亨利建城，此後在不同的家族之間繼承和易手。
12世紀時，德意志人的殖民運動開始進入波羅的海東岸地區。
1170年，波美拉尼亞的索比斯勞公爵在普魯士地區建立了第一個殖民地，即但澤附近的奧利瓦修道院，1224年該修道院被古普魯士人焚燬。
1226年，波蘭王國國王之子、馬佐維亞公國首領康拉德公爵(條頓騎士團成員)的領地也遭到古普魯士人襲擊，以此爲契機，條頓騎士團在普魯士地區發動了爲時近200年的東征運動，先後建立託倫、馬林堡、庫爾姆、埃爾平等要塞，征服了普魯士人居住的地區，普魯士成了條頓騎士團的地盤，德意志人、波蘭人、立陶宛人和歐洲其他種族紛紛前來移民。條頓騎士團迫使其皈依基督教，使用德語。
16世紀後，普魯士人同化於德意志人，所使用的普魯士語也逐漸消失。
條頓騎士團統治下的普魯士地區在名義上屬於教皇領地，但教皇只享有名義上的宗主權。爲了吸引定居者，條頓騎士團依據漢薩同盟法律，在其領土上興建了一系列自由市。
1379年條頓騎士團加入漢薩同盟。
1370年波蘭王室絕嗣，1386年波蘭國王的女兒海德維希嫁給立陶宛大公，波蘭與立陶宛聯合，此後對扼守其出海口的條頓騎士團發動了一連串的進攻。
在1410年7月15日的坦能堡會戰中，條頓騎士團敗於波蘭和立陶宛聯軍，被迫簽訂第一次託倫和約，除賠款600萬格羅申外，還將但澤城置於波蘭主權之下。
1466年條頓騎士團再度戰敗，在第二次託倫和約中被迫割讓包括但澤和馬林堡在內的西普魯士。這些地區被稱爲“王室普魯士”(Royal Prussia)。條頓騎士團保留普魯士的殘餘領土，但被迫效忠波蘭國王，成爲波蘭的附庸國。
1512年，來自勃蘭登堡的阿爾伯特當選爲條頓騎士團總團長。1525年他宣佈改信路德宗教，從而切斷了與騎士團名義宗主羅馬梵蒂岡的聯繫，隨後宣佈將條頓騎士團世俗化，改爲普魯士公國(Dukal Prussia)，阿爾伯特自任普魯士公爵，成爲臣服於波蘭最高權力之下的世俗君主。
阿爾伯特之子阿爾伯特·腓特烈死後無子，普魯士公國遂由其長女之夫、勃蘭登堡公國的約翰·西吉斯蒙德(屬霍亨索倫家族)繼承，建立了勃蘭登堡-普魯士公國。此舉爲霍亨索倫王朝日後發展奠定了基礎。
1660年的瑞典-波蘭戰爭中，勃蘭登堡大選帝侯腓特烈·威廉通過《奧利瓦條約》取消了波蘭對普魯士的宗主權，獲得了瑞典、波蘭等國對普魯士公國主權的承認，並且壓制國內的等級會議，建立起中央集權的政治制度。
建國
1701年，勃蘭登堡大選帝侯腓特烈三世(Friedrich III，腓特烈·威廉之子)支持奧地利哈布斯堡王朝向法國波旁王朝宣戰，藉以換取國王稱號。1月18日，腓特烈三世在柯尼斯堡加冕成爲普魯士國王腓特烈一世(Friedrich I)，並從此展開了普魯士王國200多年的顯赫歷史。
崛起與擴張
由於繼承了條頓騎士團的軍事專制傳統，普魯士的軍隊向來以紀律嚴明、教育素質高着稱，尤其是腓特烈二世(即腓特烈大帝)以驍勇善戰著稱。他在1740年繼承王位，即位7個月之後即進攻西里西亞，從而引發奧地利王位繼承戰爭。
通過戰爭，普魯士獲得了奧地利富庶的工業區西里西亞。腓特烈二世樹立了“軍事天才”的個人榮譽，並將普魯士變爲一個軍事國家。腓特烈二世同時還從伏爾泰那裏接受了啓蒙主義思想，改進司法和教育制度，鼓勵宗教信仰自由，並扶植科學和藝術的發展。
到1786年腓特烈二世去世時，普魯士已經成爲歐洲強國之一，其行政機構的高效率和廉潔爲歐洲之首。
腓特烈二世的侄子腓特烈·威廉二世繼承王位後，直接購買了安斯巴赫侯國和拜羅伊特侯國，並對波蘭進行了第二次和第三次瓜分。
法國大革命爆發後，普魯士參加反法同盟，但敗於法軍，被迫在1795年同意法國兼併萊茵河以西的普魯士領土。其子腓特烈·威廉三世(1797年即位)於1806年10月參加反法戰爭，隨即在耶拿敗於拿破崙，被迫逃往柯尼斯堡。
1807年普魯士和法國在涅曼河的提爾西特締結和約，普魯士割讓16萬平方公里土地，包括普屬波蘭的絕大部分領土(第二次、第三次瓜分波蘭所得，以及第一次瓜分波蘭所得領土的南半部)，以及易北河以西的全部領土，並賠款1.3億法郎。
1806年慘敗後，普魯士首相卡爾·施泰因開始推行改革，其措施包括讓公民參與政治以喚醒其民族主義情感;釋放農奴;實行地方自治;改組中央政府機構等。
1809年在柏林創辦了腓特烈·威廉大學(柏林大學)，同時格哈德·馮·沙恩霍斯特開始對普魯士軍隊進行改革。此後普魯士的愛國主義情緒高漲。
1812年冬，拿破崙軍隊自俄國敗退，普魯士遂於次年再度參加反法同盟，於1813年3月17日對法國宣戰，10月24日，普、奧、俄三國聯軍在布呂歇爾和格奈森瑙指揮下在萊比錫大敗法軍。
1815年普軍在滑鐵盧再度擊敗法軍。
根據維也納會議的領土調整，普魯士疆域自默麥爾河延至萊茵河，成爲德意志邦聯內德語居民佔優勢的唯一強國，以及歐洲列強之一。
1834年普魯士在德意志地區建立了德意志關稅同盟，除奧地利和漢堡外，全部德意志邦國都加入該同盟。
1848年歐洲革命期間，普王腓特烈·威廉四世(Friedrich Wilhelm IV)宣佈成立“自由派政府”。召開制憲會議，並拒絕接受德意志邦聯議會奉上的“德意志皇帝”稱號。但1848年歐洲革命結束後，腓特烈·威廉四世即迴歸專制統治。
1857年腓特烈·威廉四世患上精神病，以其弟威廉擔任攝政王。
1861年腓特烈·威廉四世逝世，攝政王即位，稱威廉一世。
1862年9月22日，威廉一世任命俾斯麥擔任首相。俾斯麥上臺後，即着手策劃德意志統一大業。俾斯麥主張建立將奧地利排除在外的“小德意志”。
普魯士在1864年擊敗丹麥，奪取石勒蘇益格-荷爾斯泰因。1866年普奧戰爭打敗奧地利並使其退出德意志。普魯士吞併了漢諾威、法蘭克福等地，並在1867年建立北德意志邦聯。1871年普法戰爭打敗法國，統一德意志，建立德意志帝國，普魯士作爲帝國中地位舉足輕重的一個大邦繼續存在。
威廉一世於1871年1月18日，即普魯士王國成立170週年紀念日，在法國凡爾賽宮鏡廳登基，成爲德意志帝國的皇帝，宣佈建立以普魯士王國爲首的德意志帝國(Deutsches Kaiserreich)，即所謂的德意志第二帝國(Das Zweite Reich)。
1888年，威廉一世之子腓特烈三世在位99天后去世，其孫威廉二世登基，成爲德意志帝國的第三代皇帝。其統治以德國在第一次世界大戰的失敗而告終。
1918年11月7日，巴伐利亞發生革命，其國王退位。柏林旋即爆發革命，要求德皇退位。其時威廉二世在比利時斯巴的德軍大本營親自指揮作戰，得知發生革命後，試圖僅放棄德意志皇帝頭銜，而保留普魯士國王稱號，但陸軍統帥興登堡勸其徹底退位。
爲避免發生更大變亂，德國總理馬克斯·馮·巴登親王於11月9日午前宣佈德皇已經退位，並於同日將首相職務移交德國社會民主黨領袖弗里德里希·艾伯特。威廉二世流亡荷蘭，德意志帝國及普魯士王國滅亡。11月11日，德國向協約國投降。
1919年至1947年的普魯士
由於柏林發生斯巴達克團與社會民主黨臨時政府之間的內戰，1919年，艾伯特在魏瑪召開國民議會，於2月10日通過《德意志共和國臨時約法》，即魏瑪憲法。根據魏瑪憲法，普魯士成爲德國的一個邦，即“普魯士自由邦”(Freistaat Preussisch;)，實行地方自治，其領土即原普魯士王國的疆域。
1920年代，普魯士自由邦政府多由德國社會民主黨和天主教中央黨領導。1932年，納粹黨在德國國會和普魯士邦選舉中取得優勢，赫爾曼·戈林成爲德國國會議長以及普魯士邦議長，並掌握了普魯士內政部和警察。1933年1月30日納粹黨上臺執政，隨後廢除德國的地方自治制度，普魯士憲法被廢除，邦議會和立法機構被解散，僅保留行政單位。
第二次世界大戰中，同盟國和蘇聯的領導人經過多次會議，達成共識，即普魯士是德國軍國主義的發源地、德國軍官團和容克貴族的大本營，是德國專制思想及侵略思想的策源地，必須予以消滅。美國總統羅斯福在德黑蘭會議上曾表示“普魯士要讓其儘可能地縮小和削弱”，丘吉爾則認爲“普魯士——這個德國軍國主義的罪惡核心必須同德國的其餘部分分離開來”。雅爾塔會議和波茨坦會議確立了將東普魯士併入波蘭和蘇聯，以及在戰後的德國廢除普魯士建制的原則性意見。
1947年2月25日，同盟國對德軍事管制最高委員會(Allied Kontrol Kouncil)正式下令廢除普魯士建制。(法令46號)原普魯士邦領土分別被併入波蘭和蘇聯，以及英、法、美、蘇四國佔領區。原普魯士邦政府的財產由盟國和蘇聯共同瓜分。
1949年德意志民主共和國成立後，在其境內的原普魯士領土上建立了勃蘭登堡、薩克森-安哈特兩個州，以及梅克倫堡-西波美拉尼亞州的東半部(1952年民主德國廢除州級建制，改設專區)。在德意志聯邦共和國，在原普魯士領土上成立的州包括北萊茵-威斯特法倫州和石勒蘇益格-荷爾斯泰因州。此外，下薩克森州、萊茵蘭-普法爾茨州、黑森州、巴登-符滕堡州和薩爾州內都有原普魯士王國和普魯士邦領土。在被併入波蘭和蘇聯的普魯士領土上，德意志族居民已經基本被全部遷出。
