1789 年法國大革命的爆發徹底改變了醫院騎士團的命運。新成立的法國國民議會(National Assembly)強力推行宗教改革。通過《教士的公民組織法》等系列法案，主教的權力受到限制，教士改由人民選舉產生，教會的財產被收歸國有，神職人員需向法國國王效忠—最終的目的是切斷羅馬教廷對法國教會的控制，實現教會的獨立自主及世俗化。以上種種舉措對天主教世界的衝擊可想而知。
1792 年9 月19 日，騎士團在法國的全部財產被沒收(價值高達1.12 億裏弗爾)，逃離法國的法籍醫院騎士遭到缺席審判，巴黎分部被革命政府改建爲監獄，用於囚禁王室成員。雪上加霜的是，隨着法國軍隊走出國門作戰，他們每到一處便同樣沒收醫院騎士團的財產。騎士團位於意大利和萊茵河左岸的分部因此損失慘重。西班牙、葡萄牙、那不勒斯、西西里等國君主也紛紛落井下石，開始對騎士團徵收10% 的賦稅。與此同時，大批法國難民涌入馬耳他，其中不少是被缺席判處死刑的法籍醫院騎士，他們額外加重了騎士團的負擔。
在法國大革命的亂世中，一位來自科西嘉島的青年軍官拿破崙•波拿巴已脫穎而出。1798 年拿破崙提出遠征埃及，以便爲法國打通東方之路。1798 年4月，拿破崙•波拿巴被任命爲新組建的“東方軍團”的司令官，布呂埃斯海軍中將任艦隊司令，其中，拿破崙麾下的陸軍人數達2.9 萬餘人。而若要橫渡地中海進攻埃及，馬耳他是一座無法繞開的橋頭堡。
拿破崙很早便意識到馬耳他的戰略價值，1797 年11 月，拿破崙派遣一位密使艾蒂安•普西耶爾格登上了馬耳他島。他手握一份長長的名單，上面是所有可能同情、支持法國革命政府的騎士團成員。而著名的騎士團法籍地質學家德奧達•德•多洛米厄已經被拿破崙策反，他積極活動，拉攏團友倒戈。拿破崙的祕密戰取得了碩果： 70—80 名騎士團成員最終選擇了“棄暗投明”，其中便包括改革派領袖、羅昂曾經的重要幕僚讓•德•博斯勒東•蘭西亞(時任騎士團財務官)。具有諷刺意味的是，這些騎士團叛徒中，法國人並不多。200 餘名從法國出逃馬耳他的騎士經歷了喪失家園之痛，大部分屬於堅定的主戰派(普西耶爾格的報告顯示，只有15 位法國騎士是可能被收買的)。
1798 年5 月，拿破崙率部抵達土倫。5月19 日，陣容龐大的法國東方軍團正式開拔。此時馬耳他共有10.4 萬名居民(馬耳他本島9 萬人)、332 名騎士(其中282 人可作戰)和約6000 名守軍，還有4000 名民兵可動員。此外騎士團總共儲備了4 個月的糧食和750 噸火藥。以守軍的實力，尚能與法軍一戰，至少可固守待援，但大團長依舊將希望寄託於俄國、英國的干預上，遲遲不願發起總動員。的確，英國艦隊正在霍雷肖•納爾遜的率領下一路跟蹤法國艦隊，但惡劣的天氣延誤了他們的行動，直到6月20 日馬耳他已淪陷後，納爾遜才收到洪佩施的求援。
6 月4 日，斐迪南•馮•洪佩施收到了一封來自德國分團的密信，信中表示，有確切情報證明，從土倫出發的法國艦隊的目標不僅僅是埃及，還包括馬耳他島。匪夷所思的是，大團長竟無動於衷。“讓我們向上帝祈禱馬耳他不會受到攻擊。”他輕描淡寫地說。直到6 月6 日，法國先遣艦隊已出現在馬耳他外海，洪佩施才意識到危險臨近，倉促地動員備戰。在緊急召開的戰前會議上，他坦誠自己對軍事一竅不通，將指揮權拱手交予11 位高官組成的軍事參謀團。洪佩施確有自知之明，也試圖表現出用人不疑的姿態，但他本應細細甄別部下的忠誠度—11 人中，竟有4 人早已暗中投靠了拿破崙•波拿巴。除了蘭西亞之外，還包括城防司令、炮兵總監和工兵總監。特洛伊木馬已經蓄勢待發。騎士團大元帥洛拉斯對團長忠心耿耿，他組織了3 艘戰艦試圖攔截法國艦隊。這無異於以卵擊石，計劃失敗後大元帥的威望也隨之跌到了谷底，於是騎士團的指揮官們就開始各自爲政了。
1798 年6 月9 日，法國艦隊(包括14 艘戰列艦、30 艘護衛艦、300 艘運輸艦)抵達馬耳他大港區外。拿破崙彬彬有禮地派人通知大團長，希望能夠靠岸補給淡水，休整人員。大團長則依據三十年前與法國簽署的條約，一次只允許4 艘法艦入港，但他同意向法國海員開放馬耳他醫院，以釋放善意。以此爲藉口，第二天拿破崙正式下令法軍發起全面進攻。至10 日中午，已有1.5 萬名法國士兵在馬耳他的11 個不同地點登陸。西班牙王國已與法國正式結盟，騎士團西班牙語區領導人唐•費利佩•德•阿馬特因此禁止部下參與抵抗。於是多數西班牙騎士在他們的會館內以靜坐的形式迎接法國人的到來。當天晚上，人們發現阿馬特在自己海邊的官邸內與法國將軍們把酒言歡。蘭西亞也於拿破崙宣佈入侵時，以不願對抗基督徒爲由，掛冠而去。騎士團面臨分崩離析的窘況，而大團長似乎束手無策。
如果騎士團堅定地依託蒂涅要塞、科託內拉防線據險固守，或許能令拿破崙陷入一場持久戰。這正是後者要竭力避免的，據說法國統帥祕密下令，若戰事久拖不決，影響到遠征埃及，就放棄馬耳他島。但騎士團並無統一的指揮，部分衝動的前線指揮官選擇主動出擊，希望將法國人趕下海。面對拿破崙的精兵，久疏戰陣的騎士團陸軍在野戰中很快潰不成軍，殘部狼狽地撤回了瓦萊塔。目睹初戰失利，弗洛里亞納的守軍竟選擇了不戰而逃。一片混亂中，騎士團的軍旗亦被法軍繳獲。當然，騎士團中仍不乏盡忠職守、堅韌不屈的勇士：蒂涅要塞司令官已經80 歲高齡，依然與部下生死與共，絕不後退半步;喬瓦尼•托馬西以區區400 名民兵死守納沙爾防線(the Naxxar Lines)，對抗法國將軍巴拉傑•迪裏埃的一整個師……可惜個別英雄事蹟無法扭轉馬耳他的局面。至10 日晚，法軍已控制森格勒阿半島，並在蒂涅要塞外架設重炮，馬耳他主要城市均陷入了重圍。
與1565 年的情況迥異，馬耳他人也與騎士團離心離德，在很多百姓看來，法國人佔多數的騎士團與兵臨城下的拿破崙並無本質不同，這只是一場法國人之間的“內鬥”。因此，他們寧可選擇置身事外。11 日凌晨，一批馬耳他貴族代表涌入大團長宮，叫嚷着必須馬上與拿破崙和談。大團長的部下氣憤地威脅要絞死這批叛國者，但洪佩施卻只是平靜地送他們離去。第二天，儘管大元帥雙膝跪地懇求大團長務必堅持到英國艦隊抵達，後者還是決定與拿破崙談判。11 日晚6 點，在多洛米厄的斡旋下，雙方暫時停火。馬耳他騎士團的使節登上了拿破崙的旗艦“東方”號。
平心而論，洪佩施並非準備賣國求榮，他賦予使團的任務是儘可能爲馬耳他爭取有利的條件，而非無條件投降。但他又一次用人失察，使團的三位主要成員中，團長竟是西班牙人唐•費利佩•德•阿馬特，第二位是暗中倒戈的讓•德•博斯勒東•蘭西亞，只有來自意大利語區的騎士弗裏薩里有希望爲騎士團仗義執言。不幸的是，他竟因暈船在交涉過程中幾乎一語未發(他的法語原本就很蹩腳)。在拿破崙發出最後通牒後，使團屈服了，他們幾乎全盤接受了法國人苛刻的協議。
阿馬特等人將這份恥辱的協定帶回大團長宮後，洪佩施目瞪口呆，試圖拒絕簽字，但他也明白，大勢已去，馬耳他的淪陷無可挽回。當騎士團將領圖爾•杜皮恩從前線返回準備向大團長彙報時，他得知了這一噩耗。面色蒼白的洪佩施對他說：“我們失去了一切。”杜皮恩回答說：“一時得失無須掛懷。榮譽永存。”
1798年拿破崙登上馬耳他島，查理·艾蒂安·皮埃爾·莫特(CharlesEtienne Pierre Motte，1785—1836)繪製
離開了馬耳他島之後，耶路撒冷聖約翰醫院騎士團就此失去了領土，但作爲一個組織仍然存在，雖然騎士團在馬耳他島的主權權利透過1802年亞眠條約(Treaty of Amiens)的簽訂而得到英、法等國的承認，但騎士團卻從未被允許回到該島。爾後騎士團於1834年在羅馬重建總部，終於再次穩定下來。騎士團的軍事使命已經完結，此後主要從事慈善事業。
今天，馬耳他騎士團在聯合國享有永久觀察員實體的地位，但馬耳他騎士團並沒有任何領土，它設在羅馬的總部馬耳他宮，是位於羅馬市孔多迪大街68號，佔地1.2萬平方米的大廈。但這並非其領土，該宗土地主權屬於意大利，租借給馬耳他騎士團，同時意大利給予該大樓外交待遇。
本文摘自《醫院騎士團全史》
