"傑斐遜與自由"變成了響亮的共和黨競選口號。此刻，共和黨人已經發展出一套有效的動員選民的戰術和技術，如印刷傳單、手冊和報紙，爲宣傳自己的事業舉行羣衆集會等。而聯邦黨人還仍然把政治視爲是少數精英分子的事業，他們因此無法在動員羣衆方面與對手一拼高低。儘管如此，他們仍然在新英格蘭地區佔有絕對優勢，在大西洋中部各州也有數量繁多的支持者。傑斐遜最終以73票總統選舉人票擊敗亞當斯的65票而獲勝。
就任之前，傑斐遜被迫面臨了一個不同尋常的憲政危機。兩黨對總統選舉都做了安排，要求其中的一名總統選舉人在投票選舉總統時少投一票，這樣本黨的總統候選人將多得一票，從而勝出(本黨的)副總統候選人。然而指定的共和黨總統選舉人沒有按照這種設計來做。結果，傑斐遜和他的競選夥伴艾倫·伯爾同時得到了73張總統選舉人選票。在沒有候選人獲得多數的情況下，選舉結果將由國會衆議院來裁決，當屆國會是在1798年選舉的，聯邦黨人在其中佔有微弱的多數。在前35輪的投票中，兩人沒有一人得到衆議院的多數票。最終，漢密爾頓進行了干預。他不喜歡傑斐遜，但他相信傑斐遜具有政治家的眼光，不會在上臺後肢解聯邦黨人建立的財政體系。伯爾在他的眼中，是一個權慾薰心的人，"一個處於胚胎狀態的凱撒"。
漢密爾頓對傑斐遜的支持改變了兩黨對峙的平衡。爲了避免危機的重複發生，國會和各州迅速接受了憲法第十二條修正案，要求總統選舉人對總統和副總統分開投票。1800年的總統選舉也開啓了一連串的其他事件，這些事件在此後四年的累積發展導致了漢密爾頓與伯爾決鬥的發生。伯爾似乎隨後又捲入了一場陰謀，要在西部地區與美國和西班牙帝國相分離的領土上組織建立一個新的國家。1807年，他從叛國罪審判中獲得無罪釋放，隨後他以自我流放的方式去了歐洲，最終回到紐約開業當律師，直到1836年去世。
18世紀90年代的事件表明，大多數美國人相信普通美國人有權積極參與政治，自由地表達他們的意見，以及對他們政府的政策提出質疑。康涅狄格的著名聯邦黨人領袖塞繆爾·古德里奇(SamuelGoodrich)寫到，他的黨之所以被推翻，是因爲民主已經變成"人民黨的口號"了。應該給聯邦黨人加分的是，他們從未拒絕接受選舉的結果。亞當斯坦然接受失敗，開創了政治權力從一個落選的政黨向自己的繼任者和平轉移的重要先例。
