喬治·華盛頓的離職引發了一場激烈的、圍繞他的繼任者的黨派競爭。在第一場競爭性的總統選舉中，兩套選票鮮明地表明瞭立場：約翰·亞當斯與副總統候選人南卡羅來納州的托馬斯·平克尼(ThomasPinckney)一起代表聯邦黨人，托馬斯·傑斐遜與紐約州的艾倫·伯爾(AaronBurr)一起代表共和黨人。16個州(佛蒙特、肯塔基和田納西在華盛頓任職期內加入了原始的13州)中的大多數仍由州立法機構來挑選總統選舉人。但在總統選舉人由人民直接選舉產生的6個州里出現了緊張激烈的競選活動。亞當斯得到了71張總統選舉人票，傑斐遜得到了68張。由於聯邦黨人內部的派別鬥爭，平克尼只得到了59張總統選舉人票，所以作爲反對黨領袖的傑斐遜成爲了副總統。選舉幾乎是以區域爲界進行的：亞當斯贏得了新英格蘭、紐約和新澤西，傑斐遜贏得了整個南部，並贏得了賓夕法尼亞州。
1797年，亞當斯就任這個分裂國家的領袖。他是一個聰明過人但又嚴肅刻板、固執己見並自命不凡的人，甚至一些讚賞他爲獨立作出長期貢獻的人也並不喜歡他。他的政府可謂是危機連連。
在國際事務方面，美國幾乎走到了被捲入連綿不斷的歐洲戰爭的邊緣。作爲一箇中立國家，美國聲稱有權與英國和法國進行非軍事商品的貿易，但英法兩國卻都以懲罰爲由沒收美國商船。1797年，美國派出特使前往巴黎，希望與法國談判，獲得一個新條約來取代1778年建立的舊盟約，但法國官員卻在談判開始前，向美國人提出了賄賂的要求。亞當斯公佈了美國特使送回的報告，將要求行賄的法國官員的名字用英文字母表的最後三個字母來表示。這樁"XZY事件"顯然毒化了美國與它舊時盟友的關係。1798年，美國與法國在公海上捲入了一場"半戰爭狀態"，法國船隻在加勒比海抓捕美國船隻，而新擴大的美國海軍則對法國船隻不斷進行騷擾。美國實際上變成了英國的軍事盟友。儘管漢密爾頓向政府施壓，希望美國對法宣戰，但亞當斯在1800年與法國卻達成了和平協定。
在國內事務方面，亞當斯就不顯得這樣謹慎了。社會動盪仍然在許多鄉村地區出現。1799年賓夕法尼亞東南部的農場主抵制國會的一項土地和房屋徵稅，這項稅收是用來擴充美國的陸軍和海軍。約翰·弗賴斯(JohnFrise)帶領的一羣人將被逮捕的人從監獄中釋放出來，但亞當斯很快派出軍隊前往鬧事的地區。軍隊以叛國罪的名義抓捕了弗賴斯，並對他的支持者施壓恐嚇和鎮壓，拔掉了他們豎立的自由杆，並嚴懲了共和黨報紙的編輯。1800年，亞當斯特赦了弗賴斯，但這個曾在1796年支持他當選的地區在後來的選舉中再也沒有支持過聯邦黨人。
