1807年政變而使穆斯塔法四世上臺，也導致了改革終止。馬哈茂德二世登基後重新開始改革，他的統治前十年是蘇丹娜太后娜克希迪爾執政。1817年後他纔開始自己統治。馬哈茂德二世頒佈一條法令，廢除徵收法庭，並移除帕夏許多權力。那些被判流放及死刑的犯人，他們的財產會被充公。第二條法令廢除了土耳其統治者以他們的意願決定他人生死的權力，“他們假定沒有判罰的權力，沒有判處他人死刑的權力，除非得到法官判決的授權和法官的允許”。馬哈茂德二世又創立了上訴機制，如果犯人堅持上訴，蘇丹會作出終審。
馬哈茂德二世在改革的同時，他自身也開始出席底萬及議會，不再隱退後宮不問國事。自底萬在蘇萊曼一世建立以來，蘇丹不參與底萬的行爲被視爲帝國衰落的原因之一。
馬哈茂德二世亦要應付有關瓦剋夫(Waqf，宗教財產)的濫用問題，規管這些收入，但馬哈茂德二世不敢冒險去動用這些資源在行政上。
馬哈茂德二世在位時，帝國的財政陷入危機。某些社會階級受到高稅額的壓迫。爲了解決這些問題，馬哈茂德二世於1834年2月22日發佈一條法令，宣佈禁止官員向穿州過省的民衆收取費用，除了法定的徵稅，其他的收款都屬於濫收。馬哈茂德二世說道：“沒有人會不知道，我有責任去杜絕這些令人憤怒的行爲以回饋臣民的支持，竭力去減輕他們的負擔，以確保和平穩定。這些壓迫的行爲違抗了神的旨意，也違抗了帝國的旨意。”
雖然人頭稅可透過服軍役減免，但這是政府官員長期壓迫斂財的途徑。1834年的法令同時廢除了這種徵稅模式，稅項只能夠由卡迪(法官)、穆斯林政府官員及地區首長組成的委員會收集。除此之外，政府也被簡化及強化，一些閒置的部門被廢，並重新組織皇室，禠奪這些沒有工作的貴族稱號及沒有功能的政府官員。
馬哈茂德二世有效地整頓軍事采邑。這些軍事采邑是爲了供養舊制下的軍事力量，到馬哈茂德二世時，這些軍事采邑已失去作用。馬哈茂德二世將軍事采邑與公衆捐獻連在一起，強化了國家資源，消除了腐敗。他堅決地壓制一些地區的世襲領袖(他們有指定繼承者的權力)，這些世襲領袖是奧斯曼封建制度裏的一大弊病。
馬哈茂德二世順利地削減這些地方封臣，並沒有遇到太大的阻力及發生叛亂，最終僅在塞浦路斯一地仍保有這些世襲領袖。
1826年，馬哈茂德二世廢除了土耳其新軍耶尼塞裏，並建設現代化的軍隊，命名爲新秩序(Nizam-? Cedid)。1827年，奧斯曼帝國在納瓦里諾海戰敗予英法俄聯合艦隊，並失去了希臘。馬哈茂德二世下令要優先重建奧斯曼海軍。奧斯曼帝國海軍在1828年建成第一艘蒸汽船。1829年，馬赫姆迪葉號於伊斯坦布爾金角灣落成，這曾經是世上最大的戰船。這艘62x17x7米的戰列艦在三個甲板上配備128門大炮。
他亦重視傳統，致力振興箭術運動。他又讓箭術學徒穆斯塔法·簡尼記載土耳其弓的歷史、構造及用法，土耳其制弓匠因此而來。
在他的統治時期，昔日地跨歐亞非三洲的封建神權大帝國——奧斯曼帝國開始走向分裂和解體，在馬哈茂德二世統治早期，北非地區的埃及總督穆罕默德·阿里在第一沙特王國(First Saudi State)手上重新徵服奧斯曼帝國屬下的阿拉伯半島地區——聖城麥地那及麥加。巴爾幹半島上的希臘則在1821年發生資產階級革命，1827年，英國、法國及俄國的聯合海軍於納瓦里諾海戰(Battle of Navarino)擊敗奧斯曼帝國和埃及、乃至突尼斯的海軍。在此後的1832年7月，奧斯曼帝國簽訂君士坦丁堡條約，承認希臘的獨立地位。這一事件與1830年法國佔領名義上屬於奧斯曼帝國、但是業已獨立的的阿爾及利亞一起被視爲奧斯曼帝國分崩離析的開端。奧斯曼帝國境內的非土耳其裔人聚居的地區，尤其是歐洲巴爾幹半島，都各自展開獨立運動。
1831年，由於沒有兌現當初要埃及派兵鎮壓希臘起義時的承諾，埃及總督穆罕默德·阿里派他的兒子易卜拉欣帕夏出兵敘利亞，他兩度出兵鎮壓，但陸軍司令戰死，海軍司令投敵，到他死的那個月，帝國處於完全無防務階段。要不是英國外長帕麥斯頓強硬逼迫埃及退兵，奧斯曼帝國完全可能立即崩潰。
