商鞅從公元前356年至前350年，大規模地推行過兩次變法。商鞅第一次變法在公元前356年，而不是公元前359年，楊寬《戰國史》185頁有這樣一段說明：“《史記秦本紀》說：秦孝公三年‘衛鞅說孝公變法修刑……孝公善之。甘龍、杜摯等弗然，相與爭之，卒用鞅法，百姓苦之。居三年，百姓便之，乃拜爲左庶長。’據此，秦孝公三年已‘用鞅法’，六年因‘百姓便之’，提升衛鞅爲左庶長。但是《史記商君列傳》說：孝公‘以衛鞅爲左庶長，卒定變法之令’。據此則下令變法，應在秦孝公六年衛鞅任左庶長之後。兩說相較，當以後說爲是。《戰國策秦策》一說：‘商君治秦，法令至行……孝公行之十八年，疾且不起，欲傳商君，辭不受。’《韓非子和氏篇》又說：商君之法，‘孝公行之，主以尊安，國以富強，八年而薨，商君車裂於秦。’王先謙《集解》認爲‘八’上脫‘十’字，是對的。從秦孝公六年(即公元前356年)衛鞅‘爲左庶長，卒定變法之令’以後，到二十四年孝公去世，首尾19年，以整年來計，正是18年。”據此，商鞅第一次變法應在公元前356年。
公元前340年，衛鞅設計生擒魏將公子昂，大破魏軍，迫使魏國交還過去奪走的西河地。魏惠王說：“寡人恨不用公叔痤之言也。”商鞅因此大功，受封於商(今陝西商縣東南商洛鎮)15個邑，號爲商君。
公元前338年，秦孝公去世，太子即位，即秦惠王。公子虔等人告發商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至邊關，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，見他未帶憑證，告以商君之法，留宿無憑證的客人是要治罪的。商鞅想到魏國去，但魏國因他生擒公子昂，拒絕他入境。他回到自己的封邑，舉兵抵抗，結果失敗，被車裂而死。
公元前350年，商鞅又實行了第二次改革，改革的主要內容是：
一、廢井田，開阡陌(阡陌就是田間的大路)。秦國把這些寬闊的阡陌剷平，也種上莊稼，還把以前作爲劃分疆界用的土堆、荒地、樹林、溝地等，也開墾起來。誰開墾荒地，就歸誰所有。土地可以買賣。
二、建立縣的組織，把市鎮和鄉村合併起來，組織成縣，由國家派官吏直接管理。這樣，中央政權的權力更集中了。
三、遷都咸陽。爲了便於向東發展，把國都從原來的雍城(今陝西鳳翔縣)遷移到渭河北面的咸陽(今陝西咸陽市東北)。
這樣大規模的改革，當然要引起激烈的鬥爭。許多貴族、大臣都反對新法。有一次，秦國的太子犯了法。商鞅對秦孝公說：“國家的法令必須上下一律遵守。要是上頭的人不能遵守，下面的人就不信任朝廷了。太子犯法，他的師傅應當受罰。”
結果，商鞅把太子的兩個師傅公子虛和公孫賈都辦了罪，一個割掉了鼻子，一個在臉上刺上字。這一來，一些貴族、大臣都不敢觸犯新法了。
這樣過了十年，秦國果然越來越富強，周天子打發使者送祭肉來給秦孝公，封他爲“方伯”(一方諸侯的首領)，中原的諸侯國也紛紛向秦國道賀。魏國不得不割讓河西土地，把國都遷到大梁(今河南開封)。
