荷蘭侵略軍聽說鄭成功要進攻臺灣，十分驚恐。他們把軍隊集中在臺灣(今臺灣東平地區)、赤嵌(今臺南)兩座城堡，還在港口沉破船阻止鄭成功船隊登岸。鄭軍乘海水漲潮將船隊駛進鹿耳門內海，主力從禾寮港登陸，從側背進攻赤嵌城，並切斷了與臺灣城的聯繫。
巧渡鹿耳門
荷軍的據點臺灣城、赤嵌城位於臺南市。這裏海岸曲折，兩城之間有一個內港，叫做臺江。臺江西南面有七座山嶼相連，叫做七鯤(魚+身)。每座山嶼相距1裏多，彼此“毗連環護”。一鯤(魚+身)北面隔海有北線尾小島，其間海面叫大員港(又稱安平港)。北線尾北側爲鹿耳門港。荷蘭人修築的城堡臺灣城在臺江西側的一鯤(魚+身)，赤嵌城在臺江的東側，互爲犄角。
從外海進入臺江有兩條航路：一條是大員港，叫南航道，在北線尾與一鯤(魚+身)之間;一條是北航道，在北線尾與鹿耳門嶼之間，即“鹿耳門航道”。南航道口寬水深，船容易駛入，但港口有敵艦防守，陸上有重炮瞰制，必須經過戰鬥才能通過。北航道水淺道窄，只能通過小舟，大船必須在漲潮時才能通過。
1627年荷軍曾在北線尾島北端建有熱堡，1656年在一次颱風中倒塌後便不再派軍防守。荷軍認爲，憑此“天險”，只要用艦船封鎖南航道海口，與臺灣城、赤嵌城的炮臺相配合，就可阻止鄭軍登陸。
鄭成功之所以選擇在鹿耳門港突入，一是掌握了該地的潮汛規律，即每月初一、十六兩日大潮時，水位要比平時高五六尺，大小船隻均可駛入。鄭成功從澎湖冒風浪而進，正是爲了在初一大潮時渡鹿耳門，二是鄭成功早已探測了從鹿耳門到赤嵌城的港路。所以，鄭成功實施登陸作戰的路線、地點的確都是正確的。
四月初一中午，鹿耳門海潮果然大漲，鄭成功命令衆將士按圖迂迴而進。鄭軍大小戰艦順利通過鹿耳門後，立即兵分兩路：一路登上北線尾，一路駛入臺江，準備在禾寮港(今臺南市禾寮港街)登陸。
臺灣城上的荷軍原以爲中國船隊必從南航道駛入，忙於用大炮攔截，未料到鄭成功卻躲開了火力，船隊從鹿耳門駛入臺江，在大炮射程之外。荷蘭侵略者面對浩浩蕩蕩的鄭軍船隊，“駭爲兵自天降”，頓時束手無策。鄭軍船隊沿着預先測度好的港路魚貫而人，切斷了臺灣城與赤嵌城荷軍的聯繫，迅速於禾寮港登陸，並立即在臺江沿岸建立起灘頭陣地，準備從側背進攻赤嵌城。在北線尾登陸的一支鄭軍，駐紮於鹿耳門，以牽制荷蘭侵略軍兵船，兼防北線尾。
臺灣的漢族和高山族人民見祖國的大軍到達，爭先恐後地“出來迎接他們，用貨車和其他工具幫助他們登陸”。
根據荷蘭方面記載，鄭成功的登陸行動得到中國居民中2.5萬名壯士的幫助。南北路土社高山族羣衆聞訊接踵而至，表現了臺灣人民熱烈歡迎祖國軍隊收復臺灣的愛國熱情。正是由於臺灣人民的大力支援，鄭軍不但順利登陸，而且爲分隔包圍盤踞臺灣的荷軍創造了條件。
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