《明史》中有言，說沈萬三打算自費百萬黃金，一人一兩，幫助皇帝勞軍，但是卻引來朱洪武的龍顏大怒，要將其斬決。在馬皇后的哀求下，沈萬三保全性命，但沈萬三也因無妄之災被充軍雲南。當然這是《明史》所載，可能是清代人爲了刻意抹黑朱明所爲，但是沈萬三的子孫，卻是因爲牽扯到藍玉案而遭到打擊，有一脈子孫因此斷絕。
沈萬三(有說生於1296年，另有兩說1330年和1328年;卒於1394年)，本名沈富，字仲榮，俗稱萬三，吳興南潯(今屬浙江湖州)人。萬三者，萬戶之中(第)三秀，所以又稱萬三秀，作爲鉅富的別號。是一位商人，而且鉅富。
早在20年前，明史學者顧誠教授曾作《沈萬三及其家族事蹟考》一文，詳細考證了沈萬三的身世，否定了他是明初人的說法，認爲他生在元代也死在元代，史籍中有關沈萬三在明初的一切“事蹟”均是訛傳。因此，所謂“朱元璋爲何要將沈萬三滿門抄斬”，自然也就無從談起。
根據元末明初人王行所撰的《沈榮甫墓誌銘》《沈茂卿墓誌銘》等文獻記載，洪武九年(1376年)時，沈萬三之子沈榮甫去世，享年七十一歲。因此，明朝建立時，沈榮甫是六十二歲，沈萬三之孫沈森也有三十九歲，沈萬三如果在世，恐怕也有八十多歲了。然而，明朝攻佔雲南是洪武十四年(1381年)，沈萬三如真像明代野史和《明史》中說的那樣，因築城牆觸怒朱元璋而被髮配至雲南，也是一百多歲時的事情了，這實在是很難讓人想象。
據明朝中期吳江學者、沈家姻親莫旦在《吳江志》中記載，“張士誠據吳會時萬三已死，二子茂、旺祕從海道運米至燕京”。也就是說，沈萬三死於元順帝至正十六年(是年張士誠據吳會)以前;沈萬三家是做糧食生意的，很可能是替元廷包稅。莫旦不僅是沈家的親戚、同鄉，而且出生之際距沈家覆滅之時不過半個世紀，他的記錄可以說是第一手資料。而明太祖要等到十二年後才成爲了洪武皇帝，由此可知沈萬三和明太祖根本沒見過面。也就更無從談及因炫富獲罪而被流放雲南。
