明朝的歷史到了萬曆年間，進入了一個轉折點。一場接一場的內部鬥爭逐漸拉開了帷幕，在每場戰爭中，都是所謂的正邪之爭，其實在正邪的背後是一場巨大的陰謀……
萬曆前10年，張居政專政時期和萬曆親政的前四年，朝政還算是比較清明。士大夫的表現也沒有什麼可提的。
但從萬曆十五年開始，酒色財氣都佔了的明神宗開始怠政，開始20多年不理朝政的漫長歲月，也就是在此時，晚明的黨爭形式逐漸開始醞釀。
萬曆朝後期開始的黨爭有三個特點：一是黨同伐異，將本黨的好惡變成判斷是非的主要標準;二是對立的兩個派別在分野之後，各自一直保持其基本陣容，直至明朝滅亡;三是融合了統治階級內部的各種鬥爭。
簡單總結一句，萬曆朝代的黨爭是以所謂的正邪之爭開始的。
首先是爭國本，因爲明朝年間萬曆十分寵愛鄭貴妃，在沒有嫡子的情況下遲遲不立自己的庶長子朱常洛爲太子。因此朝臣們據理力爭，經過長達15年的時間，明神宗最後被迫立朱常洛爲太子。
國本之爭的勝利，在士大夫中醞釀了正氣。隨後的幾次京官考察和楚宗案，都是正邪之間的交手，爭得內容呢也主要是以爭奪首輔和朝中的官員任命爲主。
萬曆四十三年(公元1615年)五月，有一男子，手持木棍，闖進太子朱常洛居住的慈慶宮，擊傷守門的太監，太子內侍聞訊趕到，在前殿逮捕了這一男子。
在提審過程中，得知這一男子名叫張差，他說話顛三倒四，常提到“吃齋討封”等語，刑部提牢主王之寀認爲事有蹊蹺，覺得張差決不像瘋癲之人。
於是，東林黨主張繼續追查張差是否是真瘋癲，而浙黨爲保全鄭貴妃的地位，不主張繼續追查。在這次鬥爭中，東林黨的王之寀利用威逼利誘，套得張差口供。
終於知道張差是受鄭貴妃手下兩個太監劉成，龐保指使的。但張差和兩個太監都被處死，調查也就此止住。史稱：梃擊案，這場鬥爭，東林黨獲得了勝利。在隨後的京察中，五黨大爲得勢，將東林黨人大肆排擠出去。一直到萬曆死前，五黨都是在朝廷中大佔上風的。
隨着明神宗的去世，光宗即位。東林黨的勢力重新擡頭，因爲東林黨在爭國本和梃擊案中對光宗的幫助很大，所以明光宗大力起用了東林黨人。
但光宗僅僅即位一月，就因爲食紅丸而死。隨着光宗的死，移宮案和紅丸案又給東林黨人提供了表現的機會。
移宮案是在光宗死後的第二天，以左光斗，楊璉等人爲首，他們讓既不是光宗正宮，也不是熹宗生母的李選侍移出乾清宮，不准他和熹宗一起居住乾清宮。
因爲司禮太監王安在東宮時就和李選侍不和，所以在移宮一事上王安也支持東林。《明史》中爲了替東林說話，說李選侍和客、魏是一黨，這是不正確的。
從當時的情況看，李和客、魏並沒有合作的基礎。在大臣宮外的促請下，熹宗和王安在宮內催逼下，李選侍被迫移宮。雖然《明史》中說，李選侍不肯移宮是想以擁皇太子以自重，但東林逼李選侍移宮也是擔心會出現武則天垂簾那樣的事情。
從後面的歷史情景來看，東林這些書呆子們輸得很慘，因爲光宗的皇后早亡，李選侍移宮後，後宮沒有女主主持。熹宗因爲年幼，所以只能依靠乳母客氏，客氏成了皇太后，魏忠賢成了監國。
移宮這件事上，東林黨鼠目寸光，只顧眼前的利益導致後面自己集團的毀滅。
移宮後，東林黨人又繼續清算紅丸案。本來光宗的死因很難斷定就是因爲紅丸致命，但刑部主事王之採更直指光宗之死與鄭氏、光宗寵妃李氏等陰謀奪權有關。
天啓二年(公元1622年)，明廷將崔文升發遣南京，李可灼遣戍邊疆。“紅丸”一案由於各派的爭鬥總算草草了結，但其中的疑點並沒有弄清楚。後人爲此曾進行過一系列的考證和爭論，但最後也都沒有結果。
因爲在移宮案中熹宗對東林有好感，所以從天啓元年到天啓四年，明朝朝政處在東林黨的掌控之下。東林黨繼續打擊浙，楚等五黨，將朝中的“邪派”多數清除……
東林黨與羣小及其皇帝后臺之間的鬥爭，全部圍繞“公”、“私”二字。東林黨用“公”字衡量一切，只要不合於“公”，即便面對皇帝，亦不妥協。
顯然，這是一個有着共同政治倫理的士大夫集團，雖然還談不上有意識的、成形的組織化，但這樣的政治家羣體，在中國歷史上是頭一個。
