1128年金人攻打南宋，東京留守杜充開決黃河大堤，以水爲兵，阻擋金軍騎兵南下。這導致了黃河在今天河南、山東、安徽、江蘇境內分多支南流，然後奪淮河入黃海，這是黃河非常重要的一次變遷。這次黃河南派一直持續了700多年，在一開始的時候，南派的黃河並沒有形成穩定的河道，分股奪河南、山東、安徽、江蘇境內泗、汴、睢、渦、潁等河流的河道，主流最後奪淮河的河道流入黃海，漫淹沿線地區，爲禍非常嚴重。直到明朝嘉靖、萬曆年間，經過幾任河臣的治理，尤其是在萬曆年間經潘季馴治河後，黃河從河南東南流至江蘇徐州由泗奪淮的主河道才基本穩定下來。
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到了明清鼎革之際，潘季馴留下的修防工程已經年久失修，所以河患又再度嚴重。到康熙前期，主要的河患都集中在黃河下游地區。
康熙前後任用了幾任河臣，其中真正對黃河河患治理起到決定性作用的，是康熙十六年到二十六年在任的著名河臣靳輔。他對黃河的治理主要集中在兩個地方，第一是在黃河與運河交匯的江蘇淮安清口地區，主要問題是解除黃河對運河的淤灌和干擾;第二就是黃河尾閭段，即高郵、寶應附近，這個區域被稱作“裏下河”，這裏地勢低窪，雨水比較豐沛，黃河、洪澤湖和運河排泄出來的水難以排泄，容易堰塞，是河患最爲集中的區域和靳輔治理的重點。
