隆熙三年(1909年)6月14日，伊藤博文辭去統監職務，副統監曾禰荒助升任統監。伊藤博文的去職，標誌着朝鮮統監政治時期的結束，進入合併時期。在合併時期，主要是具體實施吞併朝鮮半島的方案和取得國際上帝國主義的支持。隆熙三年(1909年)10月，伊藤博文到中國東北活動，計劃與俄國財政部長科科夫佐夫密談，一則密謀進一步掠奪中國東北權益，二則事先徵得沙俄對日本吞併韓國諒解。同年10月26日，韓國愛國志士安重根在哈爾濱車站擊斃了伊藤博文。12月22日，李在明伏擊了賣國賊李完用，使李完用身負重傷，險些喪命。
伊藤博文被刺大大震驚了日本帝國主義。日本政府趁機煽動復仇情緒，爲吞併韓國製造輿論。軍政首腦山縣有朋、大隈重信、寺內正毅等勸說桂太郎內閣立即吞併韓國，有的公開發表聲明、談話，敦促政府採取果斷措施。御用報刊也推波助瀾。“朝鮮問題同志會”、“偕樂園”等組織紛紛出籠，四處演說，鼓吹吞併韓國。隆熙四年(1910年)初，在日本第26屆議會上，在野黨議員組織“中央俱樂部”，向首相提出質詢，要求追究“推動合併不力”的現任統監曾禰荒助的責任。隆熙四年(1910年)春，曾禰荒助回東京治病，日本政府遂將其解職。5月30日，任命陸軍大將、前陸軍大臣寺內正毅出任統監。6月3日，日本內閣通過了《對韓國施政方針》。按照這一方針，吞併韓國後，設立總督府，“總督直接隸屬於天皇”，在朝鮮半島“有統轄一切政務之權限”，“委總督以大權，有發佈有關法律事項、命令之權限”等。
寺內正毅又據此擬訂《日韓合併條約》，方案包括改“韓國”國號爲“朝鮮”等22項條款。隆熙四年(1910年)8月22日，漢城的日本軍、憲、警全部出動，警戒全城，城門、要衝、大臣住宅和皇宮更是戒備森嚴。下午1時，召開了御前會議，總理大臣李完用說明與統監府交涉經過，強調“韓日合邦”不可避免，並宣稱全體大臣一致贊成合邦。下午4時，李完用和農商工部大臣趙重應到統監府，提交了純宗皇帝授予簽約的委任狀。李完用和寺內正毅在《日韓合併條約》上正式簽字。8月29日，《日韓合併條約》生效，韓國滅亡。
《日韓合併條約》共計八條，第一條規定：“韓國皇帝陛下將韓國之一切統治權，完全永久地讓與日本皇帝陛下”。第二條規定，“日本皇帝陛下接受前條所舉之讓與，且允許將韓國全部合併於日本帝國”，等等。同年9月30日，日本公佈朝鮮總督府官制，任命寺內正毅爲第一任總督，10月1日起成立總督府。總督府在朝鮮半島推行了以“皇化”(奴化)爲目的的“日韓一體”的同化政策，以毀滅韓民族。在日本軍人總督手下，對朝鮮半島實行軍人武斷統治，由憲兵司令官擔任警務總長，禁止朝鮮半島結社、集會，取消了言論和新聞自由。此外還頒佈《朝鮮教育令》，對朝鮮半島進行奴化教育，強迫高麗人以日語爲“國語”，強制各級學校用日語教學。日本對朝鮮半島的經濟命脈也進行全面的控制。在吞併朝鮮半島後10年內，日本殖民者從朝鮮半島農民手中奪取了一半以上的土地，僅東洋拓殖會社就霸佔10多萬公頃的土地。朝鮮半島75%的農民由於失去土地而淪爲佃農、半佃農。在吞併朝鮮的頭4年中，殖民者將租稅提高了4～5倍。日本殖民者還不斷增加朝鮮半島糧食和原料的輸出。從1910年-1919年，按價值計算，大米輸出增加了17倍，大豆增加了3倍多，棉花增加了26倍。爲鞏固其殖民統治，日本政府還不斷向朝鮮半島移民。從此，有數千年悠久歷史的朝鮮半島，淪爲日本直接統治的殖民地。李坧則被降爲“昌德宮李王”，太上皇李熙被降爲“德壽宮李太王”，軟禁在這座五百年曆史的悠久宮苑中，成了自己國家土地上的異國囚徒。大韓帝國曆時13年，傳2帝。
