在對待巴勒斯坦自治政權問題上，“哈馬斯”認爲，以色列之所以同意巴勒斯坦實行自治是要實現其長遠目的，使對巴勒斯坦土地的佔領合法化，巴勒斯坦自治政權實際是掩蓋以色列佔領合法化的保護傘。儘管巴勒斯坦自治政權對巴勒斯坦人民採取了違反人權的行動，對一些巴勒斯坦組織採取了敵對政策，但“哈馬斯”堅持儘量避免與自治政權發生軍事對抗，因爲與自治政權發生軍事對抗只有利於以色列，相信自治政權會以失敗告終。
“哈馬斯”認爲，伊斯蘭教是團結、平等、容忍和自由的宗教，但“哈馬斯”尊重其他宗教信徒的權利，任何宗教都應和平共處的存在，生活在巴勒斯坦土地上的基督教徒是巴勒斯坦人民的一部分，他們也擁有充分的權利和義務。“哈馬斯”反對以色列的佔領，同情和支持世界上的解放事業。
