由於這個稱號歷來是君主的專用，因此塔利班看上去應該是一個政教合一的政權。”拉希德曾幾次列席這樣的會議，他的印象是：大會氣氛往往很熱烈，有時一些毛拉、指揮員甚至普通士兵也被叫來發表意見，然後再由奧馬爾作最後的決定。這種民主氣氛很濃的會議逐漸演化成現在的阿富汗全國伊斯蘭教宗教領袖會議，具有議會性質。但阿富汗全國伊斯蘭教宗教領袖會議只有議事權，並沒有決定權。不過，由於塔利班嚴格信奉伊斯蘭教教義，宗教領袖們的地位很高，因此會議做出的決定很受奧馬爾的重視。
一方面，由於塔利班近年一直在與北部反塔利班聯盟作戰，因此塔利班政權也設有一個由大約10人組成的軍事委員會。雖然奧馬爾本人也是委員會成員之一併擔任總司令職務，但軍事委員會實際上只是一個只能制訂一些戰術決定、沒有戰略決定權的鬆散機構。在行政上，塔利班在首都喀布爾設有一個臨時政府，當地人稱之爲喀布爾委員會，人數在10至20人之間。喀布爾委員會名義上履行政府職能，但實際上只是處理日常事務，很多時候甚至只處理與喀布爾市有關的事務。軍事委員會成員往往也是喀布爾委員會的成員，一旦奧馬爾發現某部長勢力過大，他很可能會將其送至前線，而後者因爲同時擔任軍事委員會成員而沒有理由拒絕。
而塔利班的決策權實際上掌握在設在坎大哈市的最高委員會(又稱坎大哈委員會)手中。坎大哈委員會最初由10人組成。這10個人都是奧馬爾舉事時的得力助手，具有對一切重大問題的決定權，並直接管轄軍事委員會和喀布爾委員會。但後來一些司令員、部落首領和宗教領袖也經常出席委員會的會議，目前坎大哈委員會的規模據說已經擴大到了50人左右，不過核心領導層還是最初的那10名成員。
如今塔利班掌握阿富汗政權已經五年。塔利班的信徒目前在阿富汗只有5萬到6萬人，而其他許多阿富汗人已經對這一軍事政權越來越難以容忍。儘管大部分地區存在着鐵拳統治，在阿富汗還是可以找到一些難以消除的不同政見的跡象。許多塔利班頒發的條令被蔑視或根本不予執行。放風箏的男孩還是可以不時在街邊看到，而這是被塔利班視爲“非穆斯林”的諸多行爲之一。
塔利班的溫和派以外交部長穆塔瓦基爾爲首。穆塔瓦基爾學識淵博、言談風趣，爲塔利班與外界建立聯繫立下了汗馬功勞。而奧馬爾也一度對溫和派採取扶持政策。事實上，奧馬爾在塔利班內部的強硬派和溫和派之間一直扮演着“和事佬”的角色，但在近來的“毀佛行動”上，奧馬爾的態度卻出現了180度的大轉彎。奧馬爾簽署的“毀佛令”與他在1999年頒佈、明確規定對包括巴米揚大佛在內的阿富汗歷史文物進行妥善保護的法令幾乎是背道而馳。奧馬爾所以改變初衷，許多人相信與客居阿富汗的本·拉登有關。
本·拉登與奧馬爾一直私交甚厚，幾乎到了稱兄道弟的地步。有消息稱：拉登去年在坎大哈附近修建了兩座堡壘似的宅院，一座留給自己，另一座則贈送給了奧馬爾。拉登還“贈送”了不少“絕對忠誠”的阿拉伯衛兵保護奧馬爾，而這實際上對奧馬爾形成了監控。不僅如此，拉登還以援助武器和賄賂的手段不斷籠絡塔利班的強硬派人物，將以國防部長毛拉·大杜拉、副國防部長毛拉·法扎爾和高級將領毛拉·比拉德爾爲首的強硬派勢力拉入了自己的聯盟。
迄今爲止，塔利班政府至少在公開場合從未表示出在政策制定上讓步的可能。塔利班的外交部長瓦基爾·艾哈邁德·穆塔瓦基爾在接受西方媒體採訪時甚至也強調：“聽音樂無疑是對法律的侵犯。”他還堅持認爲：“泰坦尼克號”髮型的流行已經過去。不過，在私下裏，即便是塔利班信徒自己也對一些嚴格禁止的行爲敞開了大門。婦女的教育就是其中一例。
