朱由檢對於內城已經陷落似乎將信將疑，帶領心腹太監王承恩跑到煤山(景山)，四處?望，但見烽火燭天，確信內城陷落無疑，才返回乾清宮佈置應急善後事宜，他要在自己殉國之前，命令家屬先殉國。
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他對周皇后說：大勢已去，你身爲“母儀天下”之人，應該選擇光彩而節烈的死。周皇后傷心地痛哭，說道：妾身跟隨陛下十八年，今日一同死於社稷，死而無憾。兩人淚流滿面，相對無語。
接着，他要左右侍從傳旨給嬪妃和懿安太后(天啓皇后)，命她們自盡，不要壞了皇祖爺的國體。然後吩咐：傳主兒來。所謂“主兒”，就是他的三個兒子??太子及定王、永王。
三個兒子趕來，他叫宮女取來舊衣服，親自給他們換上，繫上衣帶，告誡他們：你們今日是太子、親王，城破以後，就是小民了，各自逃生去吧!不必懷戀我，我必定要爲社稷而死，否則沒有面目見祖宗於地下。
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你們千萬要小心謹慎，如果遇到做官的人，年老的稱呼老爺，年輕的稱呼相公;如果遇到平民，年老的稱呼老爹，年輕的稱呼老兄;文人稱呼先生，軍人稱呼長官。然後交代一句：萬一不死，將來不要忘了報父母之仇，不要忘了我今日的告誡。
這是他作爲一個父親對兒子的臨終囑託，在深宮之中長大，不瞭解外界世俗民情的皇子，如何在這個亂世安身立命。父子親情中流露出無限的感慨，終於在臨別時爆發出來，大聲地嚎叫：你們三人爲何不幸而生在我家!說罷無所顧忌地大哭起來，左右的侍從都被這生離死別的情景感動得失聲痛哭。
周皇后在訣別三個兒子後，痛哭着返回坤寧宮。朱由檢目送太監帶着三個兒子出宮，急忙來到坤寧宮，看到周皇后已經上吊自盡，連聲說：好!好!十六歲的長平公主(朱由檢的長女)在一旁哀傷地哭着。
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這樣一位婷婷玉立的花季少女，落入敵人手裏，後果不堪設想;但是又不忍心叫她自殺，朱由檢只得自己下手，結束她的生命。嘆息着對她說：你爲什麼生在我家?乘她不備，拔劍向她砍去，公主本能地用手臂擋了一下，手臂被砍斷，血流如注，當即昏厥過去。
