洪武三十一年(公元1398年)，明朝開國皇帝朱元璋去世，享年71歲。奇怪的是，在出殯當日，應天府(今南京)十三個城門同時打開，十三隊皇家車馬同時出城。繼而就有傳言說，朱元璋晚年偏好誅殺，死在其手上的無辜之人高達十萬餘人，由於害怕自己被人盜墓，故在生命的最後關頭下了這樣一道密旨。
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因此後世常常懷疑朱元璋是否真的葬在孝陵裏面。有傳言稱朱元璋葬在皇城萬歲殿下，也有人說葬在城西朝天宮三清殿下。但這些畢竟只是傳說，與三國時曹操的72座疑冢一樣，如今很難加以證實。不過從1997年起，歷史學家及考古工作者利用精密磁測等手段對明孝陵開展長達6年的勘探和研究，最終取得了一定成果。
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歷史學家認爲，朱元璋的屍骸極可能被安葬在明孝陵，因爲這不但是朱元璋花了數十年心血、耗費大量人力物力所修建而成的萬年之地，更是其一生摯愛馬皇后的安眠之所。更令專家們欣喜不已的是，明孝陵雖歷經600餘年風雨，但其規模宏大的地宮並未遭到破壞。歷史專家介紹稱這是由明孝陵特殊防盜措施、地理位置等原因而共同決定的。
首先，明孝陵在設計之初就沒有采用常見的墓道樣式，而是故意將墓道弄的彎彎曲曲，很難弄清楚真正的墓道方向。即使有盜墓賊僥倖進入地宮，這種反常規的設計也會讓其無功而返。其次，明孝陵高高的封土堆下面還鋪有一層厚厚的鵝卵石，當盜墓賊打開盜洞時，圓潤的鵝卵石就會從寶頂傾瀉而下，將盜墓賊與洞穴一同掩埋。
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最後，歷史學家還發現明孝陵並不是從上而下建造的，而是橫向鑿入山體，在其內部掏出地宮。此方法雖說工程量巨大，但卻十分保險。加上堅硬的巖體也有效阻止了盜墓賊從山頂打盜洞，因而使墓道成爲進入地宮的唯一通道。雖說這些防護都不能抵擋現代炸藥，但由於明孝陵離南京城近在咫尺，民國時期的孫殿英等人因害怕引起南京市民警覺，故不敢對其下手。一切因緣巧合最終造就瞭如今的明孝陵，不得不令人感慨萬分。
