據有關文獻記載，位於獨龍阜下的明孝陵玄宮內埋葬着朱元璋本人及馬皇后和成穆貴妃孫氏。關於朱元璋的地下宮殿建築，由於史書失載，又缺乏必要的工程檔案資料，加之在民間還有朱元璋葬於南京朝天宮或北京萬歲山以及下葬時13個城門出殯等歷史記載和傳說，所以，幾百年來，一直成爲人們心目中的一個謎。
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長久以來，民間還流傳着一個說法，明孝陵的地下玄宮被盜了。一時間，各種猜測紛紜。探測工作是從1998年12月開始的，採用的就是無破壞性的精密磁測技術，並配合地面調查研究，查明瞭明孝陵地下玄宮的位置，確認朱元璋就葬在獨龍阜下數十米處，而且這座地下宮殿保存完好，排除了過去流傳的地宮被盜之說。
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古代帝王生前居住的地方叫皇宮，而死後安息的地方叫陵宮，也叫神宮。神宮監，明朝管理神宮的中央專設機構，規定必須靠近神宮但又不能在神宮內。600多年的風雨飄搖，神宮監早已被塵土湮沒。在洪武皇帝的玄宮昭然於世以後，探尋神宮監的具體方位成了又一重頭戲。據透露，在近幾年對神宮監的鑽探研究中，文物工作者們發現了兩處疑似神宮監的遺址。
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由於該處遺蹟是當時發現的靠近神宮的惟一建築，所以文物工作者猜測該建築很有可能就是神宮監的所在。然而，到了2000年春，研究人員又在神宮的西南角發現一片建築遺蹟，邊寬一米左右的石柱礎和少量的綠琉璃構件，這些綠琉璃跟孝陵裏發現的一樣。距這片遺蹟20米左右處，他們也發現了一口明代的水井。都有生活設施水井，而且靠近神宮，兩處神宮監，到底誰是誰非?
皇家陵墓歷來是盜墓賊們覬覦的目標，然而令人奇怪的是，明朝滅亡以後，明孝陵地面建築在歷次戰火中毀壞殆盡，龐大的孝陵地宮卻仍然保存完好，排除了被盜之說。
