康乾時期的君主專制達到歷史頂峯。康熙時着手整頓吏治，恢復京察、大計等考覈制度;派心腹包衣(即家奴)如曹寅、李熙等人打探地方物價、人民收入與官紳不軌之事，並以密摺奏報，此即密摺制度的萌芽，到雍正時期趨於完善。
在中央，由於皇帝推崇乾綱獨斷，導致內閣形同虛設，清初還保留政大臣共同議政的形式。康熙設立南書房，實際上成爲皇帝的機要祕書處。雍正時設軍機處，爲政府最高決策機構，而軍機大臣也是“跪受筆錄”。乾隆時期直接撤銷議政王大臣會議，政治權力全部掌握在皇帝手中，成爲清代中央集權制度的頂峯。明清雖然不設宰相，但是明代內閣大學士就有宰相之實，而清朝只有內閣大學士兼軍機大臣纔有宰相之實，可見清代對大臣的管制之嚴。而三代帝王更是充分利用祕密訪查、祕折上奏等方式以祕治祕、祕密治理力求最大限度的加強社會控制。
地方
清朝在地方每省設巡撫(有的一省或幾省還設總督)，這種制度在雍正時期確立。總督、巡撫的權力很大，手握一省或幾省的軍政大權，但是清代有嚴密的監察體系和措施(包括御史制度和密摺制度)，所以清代地方權力雖大，但是一直是效忠中央。
康乾時期的政治制度一直保持着高效的辦事效率，且沒有出現地方督撫叛亂的情況，即便是遭受列強侵略，國家並無分裂，可以看出康乾制定的政治制度是成效的。
但時，當歐美國家紛紛走上民主政體，消除專制制度時，康乾盛世的三位帝王卻在一步步收緊權力，18世紀，中國的君主制度發展達到頂峯。這種體制缺少約束和監督機制，而過度的中央集權制度嚴重地阻礙着資本主義的發展。此時康乾盛世卻是另一番景象，官吏以權謀私，權錢交易。貪污腐化，賄賂行私層出不窮，最終不僅導致中國傳統社會的發展陷於停滯，而且嚴重阻滯了中國由傳統向現代的變革之路。加以國際大勢劇變，清朝已瀕於西方列強宰割的絕境。從這可以看出康雍乾的政治制度雖卓有成效，但卻不合時宜，大開倒車。
