遠東軍事法庭東京審判於1946年5月3日開庭，1948年11月12日宣佈對25名被告的判決，隨後閉庭。從審判本身的最初目的來看，其收場方式甚至讓人難於理解，審判方面更讓人感到有見風使舵之嫌疑。未經起訴便釋放一直拘禁着的岸信介 兒玉譽士夫等全體甲級戰犯嫌疑者一事便是如此，不出版審判記錄也是如此。
反觀紐倫堡審判譽1945年11月開始公審，1946年10月宣佈判決，隨後從1947年到1949年，長達13卷的審判記錄相繼出版。爲了使審判的效果不至於轉瞬即逝，出版和公開審判記錄 是必不可少的。
東京審判和紐倫堡的組織和做法很不相同：
1 前者由美國單方面主持，麥克阿瑟可以一個人判決最後結果;
紐倫堡有英美法蘇四國主持。
2 審判官。
遠東委員會(FEC)11個成員國的11名審判官由盟軍最高統帥任命。紐倫堡爲4國派出4名審判官，然後由各國分別任命一名預備審判官。
3 法定人數。
東京審判只需要半數以上的審判官出席，紐倫堡4人全部出席，缺席的審判官由預備審判官代替出席。
4 審判長。
遠東由盟軍最高統帥任命，而紐倫堡的原則是審判官互相推選輪流擔任，每次審判均更換。
5 檢察官。
遠東爲盟軍最高統帥任命，然後由運動委員會各成員國分別任命1名陪席檢察官，輔助首席。
由此可見，遠東軍事法庭並不是根據參加審判的11國共同協定成立的，而是有盟軍最高統帥麥克阿瑟單方面宣佈成立的，那麼法庭的焦點就在麥克阿瑟身上了。
麥克阿瑟在二戰結束前和日本方面達成了協議，即不對日本天皇進行訴訟換取幾萬美軍的性命，因爲美軍在沖繩 硫磺等地遭受了巨大的損失。美國以最快的速度佔領了日本，從而達到了排斥蘇聯的目的，從而形成了柏林和東京戰後盟國統治的不同格局。
在麥克阿瑟的排斥下，遠東法庭首席檢察官基南被撇在了一邊，而莫羅對中國遭受細菌化學武器的調查報告也被封存，如果不是當時蘇聯的強烈抗議，731可能難有得見天日得一天，但是即使是這樣，蘇聯仍然沒有得到審訊731部隊得機會，731部隊成員被美國單獨保護起來，沒有受到戰敗後得追責，這是中國方面遠東法庭得一個相當大得遺憾，731部隊返回日本後，迅速佔領醫學界，他們得很多科研成果都可以說是踩着中國人得屍體走出來得。當然這歸咎於麥克阿瑟得功勞。
1945年10月2日，華盛頓的方針在國務院 陸軍 海軍 三方調整委員會回憶上作爲國家政策確定下來，即肯定紐倫堡的審判模式，但是堅持由邁科阿瑟決定。但是麥克阿瑟否定了紐倫堡的審判，他強烈的想把戰犯交由美國軍事法庭單獨審問，而且把側重點放在珍珠港由誰策劃的審判意見上來。12月7日，麥克阿瑟和基南的協商中，麥克阿瑟就國際審判強調了三點：1 必須儘快進行審判2將起訴日本戰犯的理由簡單化，可集中到屠殺美國人民這一點上來3希望審判不要觸及事後法則。可以看出此次法庭的審判中心不是受難最深的中國而是美國，麥克阿瑟的想法就是爲珍珠港死難的幾千官兵復仇，而不是遵守國際協定公正的審判。從美國遞交的戰犯名單上可以看出美國的意圖，在名單的開頭便是偷襲珍珠港時11名內閣成員的名單。
由於麥克阿瑟單方面的自做主張，很多罪行累累的戰犯被無罪釋放，當時威洛比的請求很容易就得到了麥克阿瑟的批准。
我們國人最爲關心的南京大屠殺問題在遠東軍事法庭裏顯得微不足道，當時對日本方面華中總指揮鬆井石根簡單而隱祕，然而在美國的干預下，鬆井雖然被處以死刑，但是更多的南京大屠殺戰犯被保存下來，比如朝香宮等人。
我國在遠東軍事法庭裏所起到的地位甚微，和我國所受災難明顯不符我國派出了一名檢察官和兩名助理檢察官，然而我國對戰犯的審判結果沒有起到實質性作用，很多在中國犯下罪行的戰犯根本沒有被麥克阿瑟列入名單。我國在遠東軍事法庭的失利，和我國當時的國際地位時分不開的。
檢察團本來是負責控告被告的，而在遠東法庭裏卻起草了審判之法，從一般的審判常識來講時頗爲奇怪的。在紐倫堡審判裏，國際軍事法庭憲章時根據英美蘇法四國協定簽訂的，而東京審判的憲章卻是由麥克阿瑟一個人公佈的，雖然各國組成的檢察團構成了法庭的檢察隊伍，但卻從屬於麥克阿瑟手下的一個局，在公佈的憲章裏的第八條檢察官一條特別規定了首席檢察官除了有控告被告的職責外，還要給麥克阿瑟以適當的法律上的幫助。麥克阿瑟自己決定了5～9名檢察官，同時取消了紐倫堡的預備檢察官制度，遠東軍事法庭實際上成了麥克阿瑟自己後院的法庭。
查閱資料的時候發現，在遠東軍事法庭裏有着太多的不公正不徹底的裁決，我國在這次法庭裏吃的虧相當的多，可以從戰後11國商定的賠償款配比中看出，美國單方面要求要佔用百分之四十的賠款，而中國只有很少的一部分。而這次法庭的判決結果，也給了今天日本抵賴罪行的藉口，當年的那場裁判就是一次交易的成功：日本和美國的媾和。
而中國，由於一些當時美國爲料及的政治變故，使得在遠東軍事法庭裏，擔當了受氣包這個角色，承受了這次不公正不徹底的審判的苦果。
