在王保保北逃到和林的時候，與當時的元昭宗孛兒只斤·愛猷識理答臘見面，雖然在兩人曾經鬧過矛盾，但如今卻擁有相同的遭遇，和共同的敵人，一個敗軍之將，一個流亡之君，兩人就此捐棄前嫌，重歸於好。
王保保依舊受到元廷的重視，授予他重任，使得他的權勢又日益膨脹起來，這讓南方的明王朝爲此十分憂慮。
在洪武五年正月二十二號這一天，太祖皇帝朱元璋召集了諸多將領，一起商討邊境的事宜，主要是如何去對付北方的殘元和王保保。
對此，徐達主動站出來，表示願意率軍直搗和林，永清蒙古大漠，並且自己還只需要十萬兵馬即可。
永清蒙古大漠可不是一件簡單的事件，即便是巔峯時期的漢朝和唐朝，也無法做到這一點，更何況一個新興的大明王朝。徐達想要十萬兵馬就徹底擊敗北元勢力，這無疑有點異想天開，可能是他自己勝仗打了太多了，而且王保保本人多次在自己手中大敗，難免會因此低估了敵人，又高估了自己。
朱元璋相比之下稍微理智一點，覺得十萬太少，便直接給了他十五萬大軍，分三路征討北元，徐達就是這三路軍的總帥。
此次嶺北之戰的作戰策略大體爲，將十五萬大軍，分成三路每一路各五萬，其中以中路爲正，東、西兩路爲奇，奇正並用，三路合擊和林。
徐達大將軍所率領的是中路軍，由雁門關出發，緩慢進攻和林，以便誘使北元軍南下決戰;
而東路軍則由曹國公李文忠率領，從居庸關出發，經應昌府攻和林，如果元軍敢南下同徐達軍作戰的話，李文忠則可以順帶包抄到後面，形成前後夾擊;
西路軍，則由宋國公馮勝由金蘭出發攻打甘肅一帶，等甘肅一帶的殘元勢力被消滅之後，還可以越過大漠與徐達和李文忠在和林會師，這一路其實主要是用來做疑兵使用的，用於分散北元的兵力。
徐達的中路軍在二月二十九號便進入了山西，隨後便派遣先鋒藍玉出兵雁門關，到了三月二十號，在野馬川一帶和土刺河一帶成功兩度擊敗了王保保的部隊。
此兩場作戰勝利，使得徐達的中路軍高估了自己的實力，背棄了原先緩慢行軍的計劃，開始急速追進，進而使得自己陷入了孤軍深入的窘迫境地之中。
到了五月初六的時候，王保保與北元將領賀宗哲聯手，與徐達對壘。而徐達部由於接連作戰，將士疲憊，且取勝後將士們產生了輕敵的情況，結果在激戰中敗北，明軍一下子就折損了一萬多人，被迫南逃。這是王保保有史以來第一次在正面痛擊了徐達，也成爲了徐達軍事生涯中少有的敗績。
而李文忠的東路軍在土剌河、阿魯渾河一帶將北元軍隊擊敗，俘虜了上萬人馬，但自己的損失也很多。但李文忠依舊堅持繼續追擊，結果在稱海一帶受挫，便立即撤退，使得自己沒有遭受過大的損失，所以李文忠這一路也算是有勝有負，功過相抵的。
唯一取得勝利的是馮勝的西路軍，在阿魯溫河一帶，大敗敵軍，俘獲了數以萬計的兵馬，但後來在撤軍途中由於迷失了道路，將士因爲飢渴難耐，也折損了不少兵馬。但最終還是順利班師回朝。
此次嶺北之戰，明王朝以失敗告終，完全成功完全肅清蒙古大漠的戰略意圖，北元政權得以繼續苟安下去。
