明萬曆47年(公元1619年)正月，努爾哈赤再次親率大軍進攻葉赫部，這一次給了葉赫部以沉重的打擊。葉赫部趕緊嚮明朝求援。明帝國在努爾哈赤攻陷撫順、清河以後，已任命兵部左侍郎楊鎬爲遼東經略，起用山海關總兵杜鬆、遼東總兵李如柏等大舉討伐努爾哈赤。接到葉赫部被討伐的消息，明朝便日夜催促楊鎬等起兵，還命令福建、浙江、陝西、四川、甘肅等省發兵馳遼，“期滅此奴(努爾哈赤)，以雪敗亡之恥”。於是，一場你死我活的戰役——薩爾滸之戰，就這樣拉開了序幕。
楊鎬等明朝諸將誓師後，商議兵分四路，分進合擊，直搗赫圖阿拉。楊鎬作鎮瀋陽，指揮全局。計劃的四路中，東路由遼陽總督劉綎率明軍1萬人和朝鮮援軍1萬人出寬甸;南路由遼東總兵李如柏率25000人，由清河出鴉鶻關;西路由山海關總兵杜鬆率領3萬人由瀋陽出撫順關，入蘇子河谷;北路由開原總兵馬林率領明軍及葉赫軍2萬餘人，從開原出三岔口(今遼東開原南)。四路兵馬，以西路爲主力，齊向赫圖阿拉逼近。這本來是一個十分精妙的計劃，可惜在明軍出動前就被努爾哈赤探知了。
努爾哈赤得知明軍四路進擊的軍事部署後，並沒有分兵迎擊，而是採取“憑爾幾路來，我只一路去”的作戰策略，集中優勢兵力逐一擊破。於是，努爾哈赤親率6萬八旗兵，迎擊來勢洶洶的明軍。
萬曆四十七年三月初一，東路的劉綎軍從寬甸出發向西開進;北路的馬林軍從開原出發，葉赫軍還沒開始行動;南路的李如柏雖然已從清河堡出發，但行動也是相當遲緩;只有西路主力杜鬆部儼然一股大無畏的陣勢，浩浩蕩蕩地前往赫圖阿拉。不過這位杜鬆將軍雖然“勇鍵絕倫”，卻是個有勇無謀之人，他爲了強立頭功，竟不顧將令，擅自先行。待杜鬆趕至渾河時，努爾哈赤早已在山林深處埋下精兵，並派人堵住渾河的上游，給杜鬆製造河水很淺的假象。杜鬆哪會料到這一舉措，見水很淺便率軍渡河，不料等杜鬆軍一下水，後金軍便決堤放水，此時河水驟漲，淹沒肩頭，明軍被河水衝散的就有幾千人。還沒開戰，努爾哈赤已經取得一次小小的勝利，後金軍士氣大漲。
杜鬆帶領剩餘的軍隊到達薩爾滸之後，得知後金正在加緊趕修“形勢險要，扼鎖陽之咽喉”的界凡城以阻擋明軍東進，便決定迅速進攻界凡城。界凡城北臨渾河東岸的吉林崖，爲界凡第一險要之處;南連扎喀關，爲界凡第二險要之處;西隔蘇子河和薩爾滸山相望，兩地相距十餘里;東至後金都城赫圖阿拉100餘里，而且道路平坦。就是說攻下界凡城，後金國都城赫圖阿拉就近在眼前了，因此這裏成爲兩軍必爭之地。杜鬆將兵力一分爲二，以一部在薩爾滸山下結營駐守，他親率另一部渡過界凡渡口，準備從界凡城下的吉林崖攻入。
努爾哈赤認定杜鬆軍是明軍主力，只要破了杜鬆，其餘幾路人馬都不足爲患，因此他只派了500人防守自寬甸來攻的劉綎軍的先頭部隊，而將主力集中來迎戰杜鬆。他派遣大貝勒代善率兩旗兵力增援吉林崖，截擊杜鬆，使得杜鬆兩部不能互援;自己則親率八旗兵衝向薩爾滸，進攻薩爾滸的杜鬆軍主力。明軍戰車陣發射巨炮，炸彈爆發，血肉橫飛。後金鐵甲騎兵奮力衝擊，在吶喊聲中，狂撲明軍薩爾滸大營。鐵騎集中一點，拼死進攻，終於突破戰線，縱橫馳突。經過一場激烈的戰鬥，薩爾滸的明軍被擊潰，傷亡十分慘重。而後，努爾哈赤又馳兵與代善會師，打算擊破進攻吉林崖的杜鬆軍另一部。此時進攻吉林崖的杜鬆軍另一部，聽到薩爾滸大營失陷的消息後，早已軍心動搖，成爲驚弓之鳥，失去戰鬥力。突然遇到從吉林崖山上壓過來的後金軍，士氣更加低落，明軍被殺的丟盔卸甲。杜鬆率官兵奮戰十餘陣，企圖佔據山頭，突然大風揚塵，無法辨認方向，明軍只好打起火把。明軍在明處看不見敵人，銃炮都打到叢林中去了;後金軍卻是從暗處擊明，百發百中。隨後，後金軍以數倍於杜鬆軍的兵力四面圍攻，杜鬆軍左右衝擊，矢盡力竭，大部分明軍戰死，剩下的明兵向北一直潰退到渾河，由於搶着渡河，你推我擠，人馬雜踏，被殺和淹死者不計其數。有些明兵過河後，經營盤逃至碩欽山，被追擊的後金兵全部殲滅。
努爾哈赤初戰告捷，消滅了西路的明軍主力，便將目標轉移至北路明軍。總兵馬林率領的北路明軍，原計劃從開原出發、出靖安堡，可是臨時改由三岔口進入後金地界。三月初一晚間，馬林率軍到達富勒哈山的尚間崖，在此安營紮寨，命潘宗顏等率一支人馬駐守斐芬山，這樣和因運送輜重退守斡琿鄂模的西路龔念遂部，互爲犄角，可以彼此聲援。
努爾哈赤消滅西路明軍以後，便揮軍北上追敵，因天已昏黑，他率軍宿於巴爾達崗，大貝勒率軍駐於哈克山。其他諸貝勒大臣率軍沿土木河警戒。第二天清晨，代善帶領三百餘騎馳往尚間崖，當時馬林已得到杜鬆部被殲的消息，心頭也有一些害怕。見後金兵到達，便“回兵結營寨，四面向，環營浚壕三匝，列火器，俾習火器者步行立壕外，其外密佈騎兵，又列諸火器，他士卒皆下與結方陣，列於壕內”。於是，代善將偵查情況派人報告努爾哈赤，努爾哈赤便命諸貝勒大臣領兵與代善匯合，他與四貝勒皇太極率領一千人馬進攻。努爾哈赤與皇太極率軍迅速進抵尚間崖，登山瞭望，見明兵已佈陣待戰。他企圖命令後金軍先佔領山巔，然後向下衝擊，正準備揮軍登山，忽見明營內外合兵，正要衝殺。努爾哈赤看到這個情況，立即收回成命，要八旗兵下馬步戰，可是此時明軍已從西邊突至，代善便怒馬迎戰，直入其陣。二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰與諸大臣等，亦率旗衝陣。一陣激戰，明軍再次大敗。同時，尚未參戰的六旗兵，不待佈列行陣，就縱馬飛馳，直衝馬林明軍大營，馬林怯戰，策馬先奔，逃回開原，副將麻巖戰死，餘中大潰，全營皆沒。
努爾哈赤消滅尚間崖明兵後，隨後揮軍東進，攻打駐守斐芬山的明軍潘宗顏部。這時，葉赫貝勒金臺石、布揚古等率軍相助明軍，與潘宗顏部合軍，行至開原中固城，得知尚間崖明軍已敗，於是回軍。努爾哈赤命令後金軍半數下馬步戰，另一半騎馬在後，向山上推進，已成包圍之勢。斐芬山的明軍進行頑強抵抗，不斷髮射火器，但是後金軍仍奮勇衝擊，潘宗顏陣亡，全軍被殲。至此，後金又粉碎了北路的明軍。
奪得尚間崖和斐芬山後，努爾哈赤立即轉兵南下，迎擊東路劉綎軍。劉綎治軍一向嚴整，行則成陣，止則成營，炮車火器齊備，裝備精良，戰鬥力強，努爾哈赤根據劉綎軍的這一特點，採取誘敵速進、設埋伏全部殲滅的打法。當時，劉綎軍並不知道西路、北路已經失守，正向距離赫圖阿拉50裏的阿布達裏崗行軍。努爾哈赤知道阿布達裏崗一帶山路險隘，重巒暖疊嶂，很容易設下埋伏，於是親率4000兵守城，派遣主力埋伏於阿布達裏崗，並命令少數人冒充明朝士兵，拿着杜鬆令箭速去與他匯合。劉綎果然中計，下令輕裝進城，等他們到阿布達裏崗時，劉綎讓兵馬單列行進。後金軍突然衝出，只見伏兵四起、首尾齊擊，劉綎力戰而亡，全軍潰敗。隨後，努爾哈赤又乘勝破降了與劉綎協同作戰的朝鮮軍。
楊鎬作鎮瀋陽，掌握着一隻機動部隊，但是當他聽聞三路喪師，卻沒有作出絲毫的應戰反應，還急令李如柏率領的南路明軍火速撤往清河。李如柏受命撤軍時，沿途聽到山上後金兵的鳴螺聲，還以爲有伏兵或者追兵，明軍驚慌逃命，自相踩踏，死傷千餘人。至此，薩爾滸戰役落下帷幕。
薩爾滸之戰示意圖
薩爾滸戰役是戰爭史上以少勝多的典型戰例，在戰鬥中，努爾哈赤充分顯示了其機動靈活的指揮才能，還有後金將士勇猛戰鬥的作風。五天之內，三個地點進行了三次大戰，戰鬥前部署周密，戰鬥中勇敢頑強，戰鬥結束後迅速脫離戰場，立即投入新的戰鬥。明軍慘敗的消息傳到開原、鐵嶺、瀋陽、遼陽等地，衆人皆懼怕，紛紛逃竄。從此，明朝在遼東的統治動搖，軍事力量一蹶不振，對於後金的威脅只有招架之功，再無還兵之力。
薩爾滸戰役後，明朝的遼河以東基本淪陷，後金則繼續與明朝爭奪遼西地區。最終努爾哈赤連奪遼寧、瀋陽、廣寧等地，達到了40年戎馬生涯的頂峯。
