在這天的戰鬥中，羅曼努斯違背了“智者”利奧在《戰術學》中規定的與突厥人作戰的原則，因而註定要失敗。誠然，羅曼努斯盡力按第一個原則，即要儘快從正面與敵交戰的原則去做了，然而，未等羅曼努斯趕到，塞爾柱人早已乘快騎撤退到幾英里以外。與此同時，他們以騷擾戰術猛擊羅曼努斯的兩翼。由於羅曼努斯的大部分步兵已被塔查尼奧茨帶走，因此他的兩翼失去了保護。苦苦拚殺的騎兵被冰雹似的箭矢激怒了，他們紛紛追趕敵軍，結果大部分陷入了敵軍的伏擊圈。
拜占庭軍的大部分人馬逐步越過蘇丹遺棄的軍營，朝着崎嶇的山地逼近。毫無疑問，在那裏等待着他們的是和兩翼部隊同樣的命運。羅曼努斯一心想抓住這股敵軍，直到天黑他才意識到，如果不趕快撤回，他那堆滿糧草但卻無重兵把守的軍營將被洗劫一空。他別無選擇，只好下令撤退。就整體而言，拜軍的進攻組織得井然有序，然而撤退卻是另一回事了!撤退從來就是很難組織的行動，如果指揮控制不當，撤退的目的很容易被曲解。由於與側翼部隊缺乏配合，拜占庭軍陣營開始出現裂痕。這正是突厥人所期待的時機!他們的輕騎兵飛快地衝入拜占庭軍，使其亂成一團。羅曼努斯急令部隊轉身迎敵。這一招本來可能挽回局勢，但是，後衛部隊指揮官安德羅尼卡·杜卡斯卻拒不服從命令，反而帶着部隊向營地退去，從而使拜占庭軍的殿後部隊遭到敵騎兵的瘋狂砍殺。
當夜幕降臨時，失去希望和凝聚力的拜占庭軍兩翼部隊開始崩潰瓦解。中軍陷入孤立無援的境地。但是，羅曼努斯仍在竭盡全力勇敢地拚殺，直到胯下的戰馬倒下，他本人受傷被俘。這是突厥人在歷史上第一次俘獲拜占庭皇帝!這場屠殺一直持續到深夜，皇帝的軍營被洗劫一空。次日，整個拜占庭大軍已潰不成軍了。
羅曼努斯被帶到蘇丹面前，蘇丹對他非常寬宏大度。讓這位威信喪失殆盡的皇帝保住皇冠，完全符合蘇丹的利益。於是，拜突雙方簽訂了和約，內容有：拜占庭交付鉅額贖金，雙方簽訂互不侵犯條約，將拜占庭佔領的某些重要地區歸還突厥人。此後，蘇丹釋放了羅曼努斯。爲了表示尊重，蘇丹還派一支小部隊護送他回去。
但是，拜占庭帝國決不會允許一位蒙受了象曼齊刻爾特慘敗這樣恥辱的皇帝繼續留在帝位上。趁羅曼努斯外出之際，杜卡斯一夥兒把歐多西亞皇后貶到修道院，並宣佈懦弱無能的邁克爾七世爲唯一的合法皇帝。羅曼努斯設法重新糾集了一支軍隊。1071年秋，他踏上前往君士坦丁堡的道路，試圖奪回王位，結果卻在多西亞被君士坦丁·杜卡斯擊敗。羅曼努斯從戰場上悄悄溜出，向東面的西利西亞逃去。隨後，他再次糾集起一支軍隊出征，結果又遭失敗。這次他是被叛將安德羅尼卡·杜卡斯打敗的，並不幸被俘。不久，他遭到當時常見的一種酷刑，被人用拇指挖去雙眼，悲慘地死去。
塞爾柱人逐漸主宰了安納托利亞高原的大部分地區，他們的帳篷和羊羣取代了拜占庭帝國的農舍。雖然那裏的許多城鎮以後仍存在了一段時間，但是那些曾向拜占庭提供過最佳兵源的省份已不復存在，拜占庭軍隊從此再也不能暢通無阻地穿過安納托利亞了。雖然後來拜占庭皇帝阿歷克塞斯一世收復了部分失地，但是曼齊刻爾特會戰的結局卻預示了基督教在小亞細亞統治的終結。隨着十字軍的長年征戰，拜占庭帝國終於迅速地沒落了。儘管曼齊刻爾特會戰進行了不過幾個小時，但它對歐洲的影響卻持續了許多年。
在曼齊刻爾特會戰中，曾經不可一世的拜占庭軍隊遭到幾乎令人難以置信的慘敗。有四個重大因素對這場災難產生了直接影響：羅曼努斯即位時拜占庭軍隊的狀況，11世紀後半葉亞美尼亞地區的喪失，會戰中對敵情的一無所知以及將軍們的叛變。
