王小波曾經評價說這本書是“不新的《萬曆十五年》”，確實，萬曆十五年，也就是1587年，可以說發生了很多決定性的事情，但是也可以說這一年平淡無奇，甚至沒有任何可談之處，但它恰恰是中國封建王朝發展的一個十分重要的階段。
過去關於明史的敘述，幾乎都有“稅重民窮”的說法，但是黃仁宇認爲，“民窮”的根本原因不在國家的賦稅過重，而在法律的腐敗和政府的低能。中國兩千年來，以道德代替法制的情況，到明代到達了極點，而他寫作《萬曆十五年》的目的，也重在說明這一看法。
明朝萬曆年間的重臣，張居正、戚繼光、申時行、海瑞……無一不以悲劇收場。甚至萬曆自己，在這種文官集團體制之下，也只能無爲而治。由此可以看到一種強大體制慣性所帶來的悲哀。他們每個人都各有特點，亮光閃閃，也試圖做出改革，但最終失敗，大部分人還落得個革職、入獄、自殺的下場。一羣文官爲了整個集團的平衡，國家的武備、科技的革新、商業的發展都陷於停滯。文官集團的統治讓他們對這個國家來說，無疑是一場不幸的開始，文官與宦官集團的奪權更是使大明王朝殘破不堪。
在歷史上，萬曆十五年實爲平平淡淡的一年，只是這一年裏明朝廷上發生了若干歷史學家容易忽視的事件，而這些事件看來雖似末段小節，但實質上卻是以前發生大事的癥結，也是將在以後掀起波瀾的機緣。它們之間的關係因果，恰恰是歷史的重點。《萬曆十五年》中通過對明朝幾個關鍵性人物的描述，看到了這個沒落王朝的悲劇命運，歷史，最終讓這些帝王將相所泯滅。
雖然對中國以道德代替法律，黃仁宇在《萬曆十五年》裏已經批評得很透徹——道德非萬能，不能代替技術，尤不可代替法律。他認爲，明朝的特徵在於“依靠意識形態作爲統治手段;意識形態充斥了帝國的各個方面，無論從強度還是廣度來說，都是空前未有的。
萬曆十五年，那一刻開始，中國和西方的差距，越來越大了!西方的帝國正在崛起，東方的帝國開始沉淪!
