酒色的過度，使神宗的身體極爲虛弱。萬曆十四年(1586年)，24歲的神宗傳諭內閣，說自己“一時頭昏眼黑，力乏不興”。禮部主事盧洪春爲此特地上疏，指出“肝虛則頭暈目眩，腎虛則腰痛精泄”。萬曆十八年(1590年)正月初一，神宗自稱“腰痛腳軟，行立不便”。萬曆三十年(1602年)，神宗曾因爲病情加劇，召首輔沈一貫入閣囑託後事。從這些現象看來，神宗的身體狀況實是每況愈下。因此，神宗親政期間，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法是通過諭旨的形式向下面傳遞。萬曆三大徵中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對”形式。在三大徵結束之後，神宗對於大臣們的奏章的批覆，似乎更不感興趣了。所以，神宗荒怠的情形，還真有前後兩個階段：前一階段是不願意上朝聽政;後一階段是連大臣們的奏章也不批覆，直接“留中”不發。
但是，按照明朝的制度，皇帝是政府的惟一決策者。一旦皇帝不願處置但又不輕易授權於太監或大臣，整個文官政府的運轉就可能陷於停頓。到十七世紀初期，由於神宗不理朝政，官員空缺的現象非常嚴重。萬曆三十年(1602年)，南、北兩京共缺尚書3名、侍郎10名;各地缺巡撫3名，布政使、按察使等官66名、知府25名。按正常的編制，南、北二京六部應當有尚書12名，侍郎24名，這時總共缺了近三分之一。到萬曆四十一年(1613年)十一月，南北兩京缺尚書、侍郎14名。
地方的行政管理，有時必須由一個縣的知縣兼任鄰縣的知縣。由這樣的情形，可以想見萬曆後期政府運作的效率。御史袁可立趁雷震景德門之際上了一道奏疏，直接指責神宗：“若郊視不親，朝講久廢，章奏之批答不時，宮府之賞罰互異，敘遷有轉石之艱，征斂有竭澤之怨。是非倒置，賢奸混淆。使忠者含冤 ，直者抱憤，豈應天之實乎? ”
隨後被震怒的神宗罷官爲民。時神宗委頓於上，百官黨爭於下，這就是萬曆朝後期的官場大勢。官僚隊伍中黨派林立，門戶之爭日盛一日，互相傾軋。東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目衆多。正如梁啓超說，明末的黨爭，就好像兩羣冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。這樣的惡果，未嘗不是由神宗的荒怠造成的。
