家紋。此外將自己的偏諱“輝”字授予了戰國大名毛利輝元、伊達輝宗、上杉輝虎(謙信)，以及足利氏一門的足利輝氏等人(此前名叫“義藤”的時候曾將“藤”字授予細川藤孝、足利藤氏和筒井藤勝)，將足利將軍家的通字“義”字授予了島津義久、武田義信。
《穴太記》對足利義輝的政治手腕給予了很高的評價，許多大名先後承認了將軍的權威，織田信長、上杉謙信等人先後上洛拜見將軍，大友宗麟也向將軍獻上鐵炮。
將軍義輝趁時把握良機，一方面修整武備並開徵新稅籌措軍費以作爲戰爭準備，另一方面則廣交外援向四周各方大名發出御信，敦請他們上洛協助他恢復將軍的地位，先是在永祿二年(1559年)，迎來自越後遠道而來的長尾景虎，翌年與統一尾張一國的織田信長進行會面，又與西國毛利家友好，然後積極地大量任命各地的守護之職，推動守護職輔佐政策以廣樹恩德來換各地大名對他的支持，因此他也努力着手於各大名爭戰的調停，像是永祿元年(1558年)長尾景虎與武田晴信的講和、永祿三年(1560年)大友宗麟、伊東義佑、島津貴久的三方講和以及毛利元就與大友宗麟之間的調停，力圖凝聚各大名分裂的力量於一點突破三好家獨霸近畿的情況。永祿年間，甲斐國的武田信玄(即武田晴信)勢力進入信濃國北部，同越後的長尾景虎(上杉謙信)發生衝突，引起川中島之戰。足利義輝爲兩者居中調停，武田信玄以得到信濃守護一職爲撤軍的條件。足利義輝同意了他的條件，授予信玄信濃守護之職。但武田信玄得寸進尺，希望上杉謙信的勢力完全退出信濃，因此後來在永祿4年足利義輝命令逃亡在外的前信濃守護小笠原長時歸國。
同時義輝也以學習劍道來增強自己和手下武士的戰力，他在劍道中展露了過人的天份，義輝向冢原卜傳、上泉信綱當代兩大劍術宗師學習新當流、新陰流的劍法，成爲歷代將軍中，空前絕後的無雙好手，被世人譽爲劍豪將軍。
