海外弘法
緬甸是南傳的小乘佛教國家，宣揚大乘佛教的中國僧侶爲數不多，仰光唯一的中國寺院是龍華寺，慈航法師到仰光，住在龍華寺內。他在仰光那幾年，龍華寺的住持是萬蕙法師，當家和尚是圓慈，寺中常住是40多人，慈航法師擔任講師，領導常住僧侶，朝暮功課不缺。慈航法師在仰光，聯絡佛教居士丘宏傳、陳宏宣、曾大聰、陳善樂等，於1933年佛誕日，成立了“中國佛學會”，由他任導師，在會中定期演講，並且要會中居士們也輪流演講，衆人的演講詞，後來由佛學會輯爲《仰光中國佛學會通俗演講錄》。
1935年，他由仰光歸國，道經香港、粵東抵達上海，然後再溯江而上，歷無錫、常州、鎮江、南京、桐城、九江、廬山、武漢。所到之處，隨緣弘化，各有演講，這些演講稿，由武昌“世界佛學苑”的釋曙清輯爲一本小冊子。
慈航法師回國年餘，仍回緬甸仰光，以後他活動區域擴大，到新加坡和馬來西亞弘法。1939年，太虛大師在戰時首都重慶，組織“中國佛教國際訪問團”，訪問東南亞各佛教國家，溝通海外文化，聯絡佛教徒感情，並宣揚抗戰國策，揭發敵僞陰謀。11月中，太虛大師偕團員葦舫、譯人陳定謨、侍者王永良等，由昆明出發。預定列爲團員的慈舫和惟幻，則由香港趕到緬甸，和大師一行在仰光會合。以後四、五個月，訪問團一行由仰光而印度，而錫蘭，而新加坡，而吉隆坡等地，先後成立了中緬、中錫、中印等文化協會，完成了一次成功的國民外交。1940年5月，太虛大師一行由星洲乘輪返國，慈航法師仍留在星馬等地弘化。
慈航法師在星馬地區10年有餘，往返各地講經說法，席不暇暖。他先後創辦了星州菩提學院、檳城菩提學院，以及星洲、雪洲、怡保、檳城、馬六甲、吉隆坡各地的佛學會，併發行《中國佛學》月刊，南洋華僑普沾法雨，皈依三寶者日衆，而他也受到當地信衆普遍的尊敬。
赴臺傳法
1948年，慈航法師在馬來亞檳城極樂寺，接了圓瑛法師的法。1948年秋天，慈航法師應中壢圓光寺妙果和尚之請，來臺辦“臺灣佛學院”，佛學院只辦了半年就結束。後來由汐止靜修禪院住持達心、玄光兩位尼師發心，在汐止秀峯山興建“彌勒內院”，迎他去駐錫，並繼續授課。一些大陸來臺的學僧紛紛投止，靜修禪院的尼師和一些社會居士也從而受學。在那段時間，“彌勒內院”成了臺灣的佛學教學中心。
彌勒內院授課採單級制，每日授課6小時，除《楞嚴》、《楞伽》、《法華》、《華嚴》，以及《成唯識論》、《大乘起信論》等大乘經論外，兼及《諦閒大師遺集》、《圓瑛法匯》與《太虛大師全書》等作爲參考。課程由慈航法師一人講授，後來增加國文一科，由胡國偉居士講授。1953年初，道安法師也分擔了一部分課程。在彌勒內院親近慈老的大陸來臺學僧，到後來都是法門龍象、佛教精英。這些學僧，包括了中、自立(乘如)、唯慈(日照)、幻生、淨海、妙峯、能果、果宗、印海、宏慈、戒視、嚴持、浩霖、清霖、以德、寬裕、常證、清月、真華等，後來分別在島內外各地弘化一方，爲佛教貢獻力量。
在那幾年，慈航法師創設了星期唸佛會，每星期日在靜修禪院舉行。他又經常作通俗佛學演講，他說理圓融，喻解詳明，深入淺出，引人入勝，對於接引初機人士，發生了很大的作用。
1953年的舊曆除夕，在各方行化的內院學僧，回到內院過年，慈航法師對弟子們說：“我的舊舍(指色身)已壞，要換新舍，我明年2、3月不走，最遲3、4月就要走。”他並囑咐各人，不要把消息傳出去。果然到翌年舊曆四月初四——即1954年5月6日，以腦溢血示寂。
他寂後坐缸，面目如生，儼然老僧入定;封缸後，安葬在後山基塔。5年之後，在1959年5月19日，弟子們開缸檢視，發現他肉身不壞，袈裟完好，面呈紫色，眼睛發亮，耳鼻口俱全，脣尚軟，並長出稀疏的頭髮和髭鬚，眉毛亦長了許多。後來經裝金後，迎歸於彌勒內院安座供養——成爲臺灣第一尊肉身菩薩。
慈航法師示寂後，弟子們組成“慈航法師永久紀念會”，整理遺稿，印行《慈航法師全集》，計上、中、下3冊，內容共5篇，第一篇是《相宗十講》，第二篇是《大乘起信論講話》，第三篇是《十二門論講話》，第四篇是《成唯識論講話》，第五篇是《菩提心影》，全書130餘萬言。
身後盛譽
檢閱慈航法師的一生，堪稱爲僧者之表率。他念佛不忘救國，在國難當頭之際宣傳抗日國策;他奮力護佑青年僧人，成就了今天台灣佛教的興盛局面;他最早實踐臺灣“人間佛教”思想，光大了佛教思想在臺灣世俗社會的影響;他成爲臺灣歷史上第一尊肉身菩薩，闡釋了“舍利者，是戒定慧之所薰修，甚難可得，最上福田”的佛教理想。
