13世紀，蒙古軍橫掃歐亞各國，可謂戰無不勝，只有南宋成爲了蒙古最強勁的對手，蒙古以一個大汗的生命和帝國分裂爲代價才征服了這個對手。而南宋的抵抗甚至挽救了西方，使其免於完全被蒙古人佔領。不過南宋終究是滅亡了，中華大地第一次完全被異族所統治。回顧雙方大戰將近五十年的歷史，如能從中找出些已經湮沒在歷史中的精神也算是“不虛此行”了。
從聯蒙滅金說起蒙古與南宋兩國早在嘉定11年(1218年)就已互派使者進行接觸。除了聯合滅金的外交來往外，雙方也曾有交手。寶慶三年(1227年)蒙軍抄掠利州路階、鳳、成、和、天水五州。南宋棄守武休、仙人、七方三關，關外五州爲蒙古所佔，史稱“丁亥之變”。紹定四年(1231年)蒙軍爲攻金，強“借”宋境爲道，攻略等四川廣大地區，興元府、果州、天水軍、沔州、等都遭到屠城，南宋軍民傷亡巨大。南宋被迫向蒙古軍供應糧食，並派嚮導引蒙古軍完成對汴梁的戰略包圍。蒙古正式向南宋提出聯合滅金是在紹定五年(1232年)。在金哀宗逃往蔡州後窩闊臺派使者王楫至宋京湖制置使史嵩之處商議夾攻金人。史嵩之奏報朝廷，此時理宗見金已經滅亡在即，便同意聯合滅金。蒙古的崛起使得南宋內部在聯蒙與不聯的問題上產生了爭議，早在嘉定四年(1211年)蒙金戰爭初起時，戶部員外郎餘嶸使金親見金軍潰敗，歸後即說：“今韃靼堅銳，即女真崛起之初。而金人沮喪銷耎，有舊遼滅亡之勢。”真德秀在稍後也上書說：“宣和舊事，可爲殷鑑。”直到金亡前二月權工部尚書趙範仍上書說：“宣和海上之盟，厥初甚堅，迄以取禍，其事不可不鑑。”不少歷史研究者認同這種觀點，認爲南宋決定聯蒙滅金沒有吸取北宋時聯金滅遼的“海上之盟”的教訓，最後同樣招致外敵侵略而亡國。王夫之這樣評價：“借金滅遼失中原，借元滅金失江左。”從表面上看聯蒙滅金就是聯金滅遼的翻版，所以很容易得出宋朝被一塊石頭上絆倒兩次的結論。其實事實並不像表面上這麼簡單，南宋方面並非不知脣亡齒寒的道理，但最終決定滅金則是一種兩害相權取其輕的無奈選擇。從金蒙的力量對比和整個戰局來看，在蒙古軍的不斷打擊下，宣宗時期被迫遷都開封盡失河北之地。到了哀宗時金軍的主力已經悉數被蒙古消滅，金朝的滅亡已成不可逆轉之勢。與金聯和並不能改變大局，只能得罪蒙古使宋蒙之間提前開戰。當時南宋國內民族情緒甚濃，開禧北伐失敗後南宋上演了一初宮廷政變的好戲，最後竟然獻上韓侂冑的腦袋向金人求和，“宰相傳首級千里”這對南宋來講無疑是奇恥大辱。“靖康恥，猶爲雪。”南宋軍民一直視中原爲故土，此時提到滅金，沒有道理去反對出兵，也幾乎沒有人敢反對出兵。援金並不能挽救金的滅亡，是不是袖手旁觀就能免於蒙古的南侵呢?顯然不可能。蒙古軍既然能遠征俄羅斯又怎麼會放過離自己更近，更加富庶的南宋?蒙古侵宋是歷史的必然，聯蒙滅金除延緩宋蒙之戰的爆發時間外還可以拓展土地，也不失爲一種積極防禦的姿態。所以說南宋聯蒙滅金的決策和北宋聯金滅遼的海上之盟有本質上的區別，海上之盟完全是董貫在河湟小勝西夏後，北宋當權者錯誤的估計三國力量對比自我感覺良好的產物，而南宋聯蒙滅金無疑是客觀分析了當前的局勢而做出的一種最佳選擇，因此不能簡單將兩者一概而論。早在金宣宗時期，金人不顧北方蒙古的侵略和西夏的趁火打劫冒然侵宋，使得南宋朝野上下仇金的民族主義情緒空前高漲，此後再難與金達成攻守同盟。誠然，基於嘉定和議的立場，南宋單方面停止歲供理虧在先。但宣宗不知輕重緩急，同時對蒙古、西夏和南宋三面用兵，可見其毫無戰略眼光，以至徒耗國力更加劇了滅亡的步伐。金哀宗即位後也沒有表達出同宋聯盟的誠意，在背地裏甚至還在打南宋川蜀的主意。紹定六年(1233年)八月，金哀宗命秦州元帥粘哥完展在九月中會師饒風關，攻取興元府，向四川拓展生存空間。同時在唐、鄧的金將武仙也攻打南宋的光化，以便爲哀宗入蜀開路。當時駐軍棗陽的西京兵馬都監孟珙在光化、順陽等地大敗武仙軍，孟珙收降其部衆七萬餘人，並乘勝攻克唐、鄧等州，粉碎了哀宗入蜀的計劃。此時的金朝已經幾乎到了山窮水盡的地步，哀宗終於派使者入南宋約和：“蒙古滅國四十，以及西夏，夏亡必及於我。我亡必乃於宋。脣亡齒寒，自然之理。若與我連和，所以爲我者亦爲彼也。”哀宗這番話有理有據，但已經太晚了。面對金朝欲佔領川蜀的圖謀再聯繫到宋金兩國的歷史積怨，南宋也就只剩下聯蒙滅金的這一種選擇。紹定六年九月，蒙古軍以塔察兒爲統帥圍攻蔡州，滅金戰役正式打響。十一月，宋將孟珙帶兵兩萬、米三十萬擔至蔡州城下與蒙軍會合，宋軍受到蒙古主將塔察兒的歡迎，雙方約定由宋軍攻南、蒙軍攻北，互不侵犯，同時相互配合攻城。蔡州之戰進行得相當慘烈，從蒙古圍城起至破城的三月間城中糧食用盡，城內軍民百姓竟以人骨和菜泥爲食，哀宗殺御馬二百匹作爲軍士的食物。馬是重要的作戰工具，哀宗殺馬爲食可見已經是山窮水盡了。端平元年(1234年)正月十日，哀宗傳位給東面元帥完顏宗麟，希望他能殺出蔡州以圖恢復。就在宗麟即位受百官朝賀之時，南宋攻破南門，隨後蒙古軍也從西城殺入，哀宗聞此消息遂自縊身亡。守將完顏仲德率精兵一千與宋蒙聯軍展開激烈的巷戰，後聽說哀宗自縊而死，仲德也投汝水而亡。末帝承麟被亂軍所殺。金朝自太祖阿骨打建國，傳六世九君，一百二十年，至此爲宋蒙聯軍所滅。
端平入洛
金朝滅亡了，孟珙率軍隊載着金哀宗的遺骨和諸多戰利品回到臨安。南宋上下欣喜若狂，朝中更是舉行了一系列的慶祝活動。
四川盆地中南宋抗擊蒙古的古堡
由於宋蒙聯手滅金時對河南的歸屬沒有做出明確的規定，在蒙古軍北撤後河南成了無人佔領區。此時趙範、趙葵兄弟提出了“踞關守河”的建議，即趁機收復包括三京在內的中原故土，西守潼關、北依黃河與蒙古對峙。這一建議得到了剛代替史彌遠出任相位的鄭清之支持。但以主持滅金之戰的兵部尚書史嵩之爲首，包括參知政事喬行簡、剛得理宗重用的真德秀、樞密副都承吳淵、淮西總領吳潛等多數大臣均持持反對意見。反對派認爲：首先，河南在金朝和蒙古的交戰中遭到巨大破壞，一旦軍隊進入無法從當地得到補給，自己運糧費時費力得不償失。其次，南宋軍隊戰鬥力有限，不具備在漫長的黃河防線上展開防禦的能力。第三，蒙古人很可能以此爲藉口正式向南宋宣戰。第一條和第二條是有道理的，拿下河南之地不是問題，如何防守纔是關鍵所在。但第三條理由佔不住腳，因爲蒙古軍想要南下總能找到藉口。儘管反對派頗有道理，但從理宗在滅金後的四個月內三次派出使者到河南拜謁祖宗“八陵”的舉動來看，他早有奪回祖宗基業的意思，因此在理宗的主導下收復三京的計劃最終拍板。
應該說收復三京的計劃在戰略上是可取的，趁蒙古滅金後北撤的機會增加縱深領土加大防禦縱深，爲即將到來的宋蒙之戰做積極的準備，收復的河南土地只要能延緩蒙古南下的步伐，爲南宋強化秦嶺到淮河一線的的防禦爭取時間就已經達到效果了。值得說明的是，無論贊成收復三京計劃的大臣還是反對派都不是完全出自爲國家整體戰略考慮的目的，其中攙雜了太多的個人利益的成分。這就爲以後南宋軍隊在收復三京行動中互不協調、各自爲戰，而損失慘重埋下了伏筆。
端平元年六月，儘管四川制置使趙彥吶拒不發兵配合，收復三京的計劃仍然開始實施了。時任廬州知州的全子才率淮西兵萬餘人在六月收復南京歸德府(商丘)，七月上旬進入汴梁。半月後，趙葵率兵五萬由泗州抵達汴梁與全子纔會合。這兩支部隊一路上收復的都是空廢之城，所以進軍如此的迅速。趙葵在到達汴梁後便責問全子才爲何不向洛陽進軍而在此滯留半個月貽誤戰機，得到的回答竟是“糧餉未集，無法進兵。”原來，京湖方面在史嵩之的暗中支持下遲遲不供應糧餉。儘管宋軍面臨缺乏補給的窘境，但趙葵還是命令徐敏子率一萬三千人先行，楊誼率一萬五千人爲接應，開赴洛陽。兩軍各帶了五天的口糧就匆匆上路了。
七月末，當徐敏子進入洛陽後才發現，偌大一個洛陽城僅剩下三百餘戶。就在南宋完成收復三京的壯舉第二天，負責接應的楊誼就在洛陽城東遭蒙古軍的伏擊，楊誼部幾乎全軍覆沒。蒙古軍趁勢進攻洛陽，宋蒙兩軍在洛陽城下混戰一場，誰也沒能佔得便宜。八月初，洛陽城內宋軍在斷糧四日的情況下被迫撤軍。蒙古軍趁機追擊，宋軍損傷十之八九。
趙葵與全子纔在汴梁本就糧餉不濟，在得知入洛部隊慘敗的消息後，也被迫撤出汴梁。蒙古軍又掘開黃河水淹宋軍，宋軍狼狽敗退。理宗轟轟烈烈的收復三京計劃就這樣鬧劇般的收場了。歷史上稱宋軍的這次行動爲“端平入洛”，“端平入洛”之後宋蒙之間的關係揭開了新的篇章。
就在宋軍收復三京計劃實施的同時，滅亡了建國以來最大敵人的蒙古在答蘭答巴思(鄂爾渾河上游)召開了規模巨大的諸王大會。大會的目的是爲蒙古重新制定戰略目標，因此極其重要。窩闊臺甚至頒發條令：“凡當會不赴而私宴者，斬。”在大會上窩闊臺對木華黎的孫子塔思說“先皇帝肇開大業，垂四十年。今中原、西夏、高麗、回鶻諸國皆已臣附，惟東南一隅，尚阻聲教。朕欲躬行天討，卿等以爲何如?”塔思回答道臣家累世受恩，圖報萬一，正在今日。臣雖駑鈍，願仗天威，掃清淮、浙，何勞大駕親臨不測之地哉!”被說中了心思的窩闊臺大喜當即下令塔思隨王子闊出南征。此次大會召開的時間也是端平元年七月，蒙古方面還不知道南宋軍隊北上的消息。儘管在蒙古軍南下前夕窩闊臺派使者指責南宋背盟，但“端平入洛”並不是蒙古南侵的真正原因，無論南宋軍隊是否北進，宋蒙在端平年間開戰都是不可避免的。
端平二年，蒙古在東侵朝鮮西征歐洲的同時，分兵三路入侵南宋。東路由口溫不花率領攻兩淮，中路由窩闊臺三子闊出率領攻荊襄，西路由窩闊臺二子闊端率領攻四川，南宋與蒙古終於展開戰了。
東路蒙古軍進入淮西后從光州長驅直入，一度打到真州(江蘇儀徵)城下，由於真州是長江的門戶，蒙軍多次進攻均未成功，只好撤退。嘉熙元年(1237年)蒙軍轉攻安豐軍(安徽壽縣)，南宋安豐守將是老將杜杲，他在安豐期間挖壕築城早就做好了戰鬥的準備。蒙軍圍城期間以炮攻城，城牆多被洞穿，杜杲組織宋軍隨毀隨補。蒙軍又以戴金屬面具、穿牛皮甲冑的敢死隊攻城，杜杲組織善射之士以小箭專射其目，再次挫敗敵人的進攻。時逢呂文德前來救援，與杜杲裏應外合大敗蒙古軍。蒙軍在安豐城下損兵一萬七千餘人，杜杲因功升任淮西安撫使，廬州知州(安徽合肥)。嘉熙二年，蒙將察罕大軍攻廬州，被杜杲擊敗於城下，宋軍乘勝追擊，斃敵兩萬六千餘。理宗加封杜杲爲淮西制置使，負責兩淮防務，東線戰事告一段落。
中路蒙古軍從河南入侵，唐州的全子才棄城而逃。趙範坐鎮襄陽荒疏軍政，朝夕飲宴。以駐守襄陽的北方軍隊爲心腹，排擠南方軍隊，使得襄陽南北兩軍勢同水火。南方軍將士屢屢上書朝廷，使得北方軍將領王旻等深感不安，竟然焚城降蒙。南方軍將領李虎等人不救火，不平叛，反而趁火打劫，揚長而去。襄陽自岳飛從僞齊手中收復以來，一百三十年間一直是南宋的邊防重鎮，如今毀於一旦。蒙古軍因此突破京湖防線佔領襄陽。雖然闊出在佔領襄陽後不久死於軍中，但蒙古仍繼續進攻。隨、郢二州及荊門軍失守，端平三年蒙古軍直逼江陵，飲馬長江了。
南宋對抗蒙古鐵騎的火器
孟珙奉命馳援江陵，他以疑兵計迷惑敵人，命部隊易旌旗服色，循環往來，夜間列火炬照江達數十里。趁蒙古軍遲疑之際接連攻破二十四寨，奪回被掠民衆二萬人，遏止住了中路蒙古軍的攻勢。江陵保衛戰後，理宗將京湖戰場的防務交給孟珙，於是孟珙開始着手收復荊襄。嘉熙二年，張俊收復郢州、賀順收復荊門軍。十二月，劉金在冢頭、樊城、郎神山擊敗蒙古軍。嘉熙三年，信陽軍、樊城、襄陽、光華軍、蔡州也相繼收復。這是宋蒙戰爭以來南宋第一次有計劃的收復失地，對於保衛南宋有重大的意義。襄陽收復後孟珙還多次主動派兵深入河南作戰，在孟珙鎮守襄陽期間，蒙古軍也不敢輕易南侵。西線闊端軍先破沔州(陝西勉縣)後圍青野原，南宋利州路統制曹友聞率軍支援，擊退了蒙古軍，然後他又在大安(陝西寧強)擊敗蒙古軍先鋒汪世顯部。端平三年，蒙古軍加強了攻勢，闊端接連攻克武休、興原府、入陽平關。曹友聞認爲應該拒險設伏擊敵，但趙彥吶不聽，命曹友聞去無險可守的大安拒敵。友聞無奈，只好決定夜間突襲殲滅敵人薄弱一部，或可冒險取勝。不巧遇見大雨，耽誤了行軍速度，曹友聞與其弟友萬戰死，宋軍大敗。曹友聞是北宋名將曹彬的十二世孫，友聞死後四川再無可以抵抗的良將，利州、成都、潼川三路五十四州縣相繼陷落，直到闊端在得到闊出病死的消息後擄掠一番，從成都退軍。這是四川第一次遭受蒙古的洗劫。
由於蒙古軍的戰略重點放在西征，所以蒙古第一次南侵未盡全力，同樣南宋方面也沒有做好全面防禦的準備。宋蒙之間真正慘烈的戰爭纔剛剛拉開序幕。
紹定六年(1233年)權相史彌遠病故，理宗旋即改元爲端平。在沉默了近十年之後，理宗終於開始親政了。史彌遠專政二十五年南宋“如人垂老而得疾，故其療之難爲功”。面對南宋日益加深的社會矛盾，理宗決心整頓朝政，改變南宋日漸衰落的頹勢，於是就有了“端平更化”。
端平更化首要的內容就是罷免史黨，理宗任用洪諮夔等人做監察御史，將臺諫的任免權牢牢的控制在自己手裏。利用他們對史黨的彈劾流放了時稱“三兇”的樑成大、李知孝、莫澤，袁韶、趙善湘等史黨也遭罷免，被史彌遠排斥於朝廷之外的真德秀、魏了翁則被理宗召入朝內。這一舉措深得民心，真德秀入朝時百姓自發的夾道歡迎，這一情景讓人聯想起北宋元豐年間司馬光入朝時的往事。
官冗是一直困擾兩宋的問題之一，在朝內往往是多個候補官員等待一個官缺。國家要拿出錢去養那些閒官，而這些候補官員爲了能儘快得到任用往往會去行賄，從而造成吏治敗壞。因此理宗通過控制取士人數和嚴格升遷制度的方法來加以控制。從端平元年開始，平均每次科考的取士人數爲四百五十人，而在此之前，平均每次考試的取士人數達六百人。在嚴格升遷制度方面，理宗規定無論朝官還是在外官都不得徇私舉薦官員，沒有擔任過州縣官員不能入朝做郎官，已經當上郎官的必須外放，補上州縣這一任。理宗的這些舉措在一定程度上緩解了官員冗餘的問題，但由於改革力度不夠，沒有觸及到問題的實質，因此還是治標不治本。
理學做爲正統官學的面貌出現正是從理宗一朝開始的。爲了確立理學的歷史地位，兩宋理學大師周敦頤、程顥、程頤、張載、朱熹紛紛入祀孔廟。理宗早在寶慶三年(1227年)就封朱熹爲信國公，淳祐元年(1241年)他又分別加封周敦頤爲汝南伯、程顥爲河南伯、程頤爲伊陽伯、張載爲郿伯。到了景定二年(1261年)理宗最終排定了兩宋入祀孔廟的名單，他們是：司馬光、周敦頤、程顥、程頤、張載、朱熹、邵雍、張拭、呂祖謙。這份名單中除司馬光外，剩下的都是理學代表人物，理學的官學正統地位正式宣告確立。
在擡高理學大師的同時，理宗還開始重用理學之士。真德秀、魏了翁入朝就是這一舉措的表現。真德秀和魏了翁不但是當時的理學領袖，也是有出色政績的地方官，召他們入朝並不是單純爲了確立理學的正統地位，理宗同時還希望在他們的主導下能改善南宋混亂的財政狀況。
理宗親政時面臨物價飛漲的問題，當時會子的發行量超過三億貫，貶值嚴重。南宋朝廷在停止發行新幣、回收部分舊幣、嚴厲打擊僞幣的同時，動用庫存黃金十萬兩、白銀數百萬兩平抑物價。在物價整頓的初期收到了比較好的效果，但由於蒙古人的入侵使南宋軍費開支上升、端平末年又逢特大災荒，南宋不得不大量發行交子以緩解府的財政壓力。經受了一系列打擊，南宋的經濟整頓計劃徹底失敗了。經濟改革連連受挫使民衆大爲失望，當時有一首民謠廣爲流傳：“若欲百物踐，直待真值院。吃了西湖水，打了一鍋麪。”平心而論，這首民謠把矛頭對準真德秀是不對的。因爲真德秀在升任參知政事後兩個月就去世了，與他一同入朝的魏了翁也屢遭排擠，而自求罷歸故里。
端平更化的各項政策一直持續到純祐年間，此時理宗已步入晚年，當初的一腔熱情早已煙消雲散。1253年理宗改元寶佑，後宮的閻婉容晉封爲貴妃。閻貴妃恃寵干政，宦官董宋臣因巴結閻貴妃而大受理宗恩寵。理宗命董宋臣管辦祐聖觀，董宋臣趁機大興土木，建梅堂、芙蓉閣，改造香蘭亭，擅奪民田，假公濟私，搞得民怨沸騰。人們都稱他爲“董閻羅”董宋臣見理宗好色，就引許多娼妓藝人入宮，討好理宗，使之縱情聲色。
蕭山縣尉丁大全因娶外戚家婢女爲妻，也搭上了閻貴妃這條線。他極力巴結閻董二人，因此得到了重用，很快丁大全就被升爲右司諫。丁大全與正言陳大方、侍御史胡大昌同爲諫官，但他們卻緘默不言，無一諫劾。於是人們在他們名字中的大字旁加點，戲稱他們爲“三不吠犬”。
保佑三年，理宗任命董槐爲右相兼樞密使。董槐向理宗進言，以爲當前有三種行爲危害政綱：一是皇親國戚不守法，二是執政大臣擅做威福，三是皇城司不約束士兵。皇親國戚不守法則法令行動虛設，導致朝廷喪失權威;執政大臣擅做威福則正邪不分，導致奸邪肆虐，正直的人不願出仕;軍紀鬆弛則士兵驕橫，容易生變。這三種行爲不革除，政令難以貫徹。理宗聽得將信將疑，在理宗身邊的小人們就已經坐不住了。
寶佑四年是南宋政治上的多事之秋。首先是丁大全派門客向董槐行賄，希望能結交董槐，但遭嚴辭拒絕。丁大全見董槐不買他的帳就懷恨在心，伺機報復。還沒等丁大全下手董槐就丁大全企圖賄賂自己的事報告理宗。董槐認爲丁大全奸佞不能信任，但理宗不聽，反而認爲董槐多疑。也許董槐爲賭一口氣，也許董槐想迫使理宗罷免丁大全，他以自己與丁大全不能同朝爲由上了辭呈。找到了機會的丁大全趁機彈劾董槐。讓董槐沒想到的是，理宗站在了丁大全這邊。不過，理宗的詔書還沒有下，丁大全居然用御史臺的臺檄調動士兵百餘人，手持利刃包圍董槐的府第，脅迫他去大理寺。一行人走到北關，士兵們便呼囂着散去，留下了董槐一個人，等董槐慢慢走到大理寺時免去他宰相的詔書纔剛到。擅自派兵脅迫宰相，這是在兩宋歷史上絕無僅有的事。丁大全此舉震驚朝野，一時間輿論大譁。丁大全並未因此獲罪，反而當上了諫議大夫。太學生陳宗、劉黼、黃鏞、曾唯、陳宜中、林則祖等六人，伏闕上書斥責丁大全專擅不法，反被其爪牙誣陷，將這六人削去學籍、編管遠州，時人稱這六人爲“寶佑六君子”。宋廷又在三學(太學、武學、宗學)立碑，禁止學生妄議國事。不久後丁大全又籤樞密院事，當上了執政。兩年後丁又做了右相。
與丁大全同時當上執政的還有馬天驥，丁馬二人都是巴結閻貴妃起家的，於是他們相互勾結專擅朝政。有人在朝門上寫了八個大字：“閻馬丁當，國勢將亡”指則閻貴妃、丁大全、馬天驥三人亂政，南宋將亡。理宗得知後心中不悅，但這種事也無從查起，只能不了了之。在當時有人作《釘詩》一首諷刺朝政：
餘玠決定在此基礎上逐步清除跋扈的大將，以統一四川的軍政。他乘到嘉定府之機，首先將當時也在嘉定的利州路都統制王夔處死，但移駐雲頂山的利州都統制司，卻自行推舉統制姚世安接任都統制之職。餘玠率部至雲頂山下，派金某上山任職，但遭到姚世安的抵制。姚世安又通過避居雲頂山現任宰相謝方叔的侄子，向謝方叔誣陷餘玠，謝方叔便在理宗面前參了餘玠一本。
四川遠離南宋政治中心，理宗唯恐四川生變，所以對餘玠也起了猜疑之心。於是在寶祐元年下詔召餘玠回京，改任資政殿學士。餘玠得詔後抑鬱不樂，不願進京，遂服藥自殺。餘玠死後，繼續受到攻擊，還受到追削資政殿學士職名的處分，直至寶祐六年餘玠才得以平反。餘玠之死是南宋的一大損失，此舉無異於自毀長城。
釣魚城
北方的蒙古自窩闊臺死後各派系繞着汗位繼承的問題展開了一系列的明爭暗鬥。淳祐十一年，蒙哥在拔都的支持下即位，他將蒙古的戰略目標轉向南宋。爲了完成滅亡南宋的計劃，蒙哥在寶祐元年派其弟忽必烈進攻雲南，次年滅大理國。寶佑五年，蒙軍入侵安南，最終完成了對南宋的戰略包圍。
寶祐六年，蒙哥決定親率主力攻打四川，然後順江東進，塔察兒從荊襄南下，兀良臺合從安南北上，三路大軍會師鄂州後東進臨安。蒙古軍第二次南侵開始了。
蒙哥於寶祐六年春從六盤山出發，由利州直取劍門。劍門關由苦竹隘、長寧山城、鵝頂堡三座關口組成，蒙軍過嘉陵江後首先到達苦竹隘前。苦竹隘守將楊立憑藉天險屢多擊退蒙軍進攻，蒙軍被阻於關下達三個月之久。後由於叛徒打開城門投降，蒙軍才攻入城內，楊立率軍民巷戰而死。隨後蒙軍又攻破長寧山，守將王佐戰死，鵝頂堡守將不戰而降。蒙古軍突破劍門後沿嘉陵江而下，轉戰兩個月後抵達釣魚城下。釣魚城守將王堅原是孟珙的部將，時任興元路都統制兼知合州，他到任後就調集當地軍民繼續修繕釣魚城。
釣魚城周長十餘里，山頂處地勢平曠開闊，上面有充足的水源和良田。釣魚山高四百米，南、北、西三面臨江，王堅在山腰築起兩道二三丈高的城牆，又築一字城直達嘉陵江岸邊，可與外界保持聯繫。當時釣魚城內有軍民十幾萬人，是四川的軍事重鎮之一。
蒙哥派降將晉國寶入城招降王堅，王堅不願投降，命部將將晉國寶押赴校武場，當着全體官兵的面將其斬首，並誓死守城。蒙哥命令降將楊大淵進攻釣魚城，並將釣魚城團團圍住。
此時負責進攻荊襄的塔察兒面對南宋京湖防線一年多時間毫無進展，屢次被宋軍擊退。蒙哥聞報後，用忽必烈代替塔察兒指揮北路軍。從西南包抄的兀良臺合部則從廣西順利攻入湖南。
開慶元年(1529年)二月，蒙古入蜀的部隊在釣魚城下集結完畢。蒙哥首先派兵在長江上建造浮橋，以阻止宋軍從長江中游前來救援。隨後蒙哥親自督軍向釣魚城發動進攻，宋軍在王堅的指揮下據險而守，屢次將蒙古軍擊退。三月，蒙軍在受挫後進行了半個月的休整，從四月起再次向釣魚城發起猛攻。蒙古軍一度攻上外城，但王堅及時率援軍趕到，將蒙古軍擊退。王堅在守城期間還乘夜主動派兵襲擊敵營，雖然被蒙軍擊退，但也使蒙軍被迫加強夜間戒備。
在四川戰事惡化的局勢下，南宋朝廷撤了四川制置使蒲擇之的職，改又呂文德代替。六月，呂文德艦率戰艦千艘，軍隊二萬餘人，逆江而上，經過激戰，衝攻在涪州的浮橋，進入被圍困的重慶城。隨後呂文德率艦隊再沿嘉陵江北上，援救釣魚城。史天澤利用蒙軍佔據上游的有利條件，在釣魚城南的三槽山黑石峽順流攻擊呂文德軍，呂文德被擊敗後只得退守重慶。
釣魚城之戰
在擊退南宋援軍後，蒙哥再派重兵圍攻釣魚城。蒙古前鋒汪德臣組織敢死隊夜襲釣魚堡城外城，王堅率軍來戰，兩軍血戰至黎明方將蒙古軍殺退，汪單騎冒進，對城上的王堅勸降，大吼道：“王堅，我來活你們全城，何不早降!”城上發炮石擊中汪德臣。汪德臣落馬，被蒙軍救回，汪當夜即重傷身亡。當時連續二十多天天降大雨，蒙古軍登城的雲梯屢次折斷，軍中又因天氣炎熱疾疫流行只好停止了攻勢。
蒙古軍連續攻城達五個月，損兵折將卻毫無進展，士氣低落。王堅則命守城宋軍向城下投擲鮮魚和麪餅，並致書說：“北兵可烹魚餅食，再攻十年城，城亦不可得。”蒙哥見釣魚城固若金湯，被迫撤兵。蒙哥在退兵途中身亡，年五十二。蒙哥之死有多種說法，一說病死，一說中飛石而死。一般認爲蒙哥是在釣魚城東瞭望城內時被砲石擊傷，不治而死。據說蒙哥臨時的遺言是“若克此城，當盡屠之。”蒙軍在撤退途中屠殺平民二萬餘人。
蒙哥死後，忽必烈和阿不裏哥爲爭奪汗位而開始內戰。同時，因爲宗主國的內亂，察合臺和窩闊臺兩大汗國聯手反對忽必烈，導致蒙古帝國決定性的分裂。南宋因此推遲滅亡二十年，同樣也保全了西方和阿拉伯世界。可以說釣魚城保衛戰的影響是世界性的。
頑礦非銅鋼樣堅，寒坑才熱便趨炎。
千遍捶打方成器，一得人拈更欲鑽。
不怕斧敲唯要入，全憑鑽引任教嫌。
休言深久難自拔，自有羊蹄與鐵鉗
也許是對朝野上下的不滿有所察覺，理宗在寶佑五年，馬天驥執政八個月後就罷免了他。開慶元年(1259年)，理宗趁有人上書彈劾丁大全的機會將其罷相，並於景定三年(1262年)將他流放海島。丁大全在流放途中被押解官員擠入水中溺死。賈貴妃則在景定元年病死。
理宗晚年任用奸佞，使朝綱大亂，貪官污吏橫行，民衆苦不堪言。就像吳潛在《許國公奏議》中所言：“耕夫無一勺之食，織婦無一縷之絲，生民熬熬，海內洶洶。天下之勢譬如漓膠腐紙粘破壞之器，而置之几案，稍觸之，則應手墮地而碎耳。”而就在南宋日漸衰敗之際，北方大漠上的馬蹄聲再一次響起了。
南宋四川戰區自曹友聞戰死後已沒有一支能抗擊蒙古侵略的軍隊，蒙古軍多次深入四川腹地進行劫掠。嘉熙三年(1293年)蒙將塔海率兵進攻四川，成都、重慶等多數州縣均告失守，塔海準備從川東出夔門。一旦讓蒙古軍順江而下，深入南宋後果不堪設想。南宋方面調遣孟珙緊急入川增援，宋軍在歸州(湖北秭歸)、巴東成功阻擊蒙古軍，蒙古軍受挫後不得不退兵而去。
在擊退蒙古軍後，孟珙向朝廷建議在夔州設制置副司，負責涪州(重慶涪陵)、萬州(重慶萬縣)的長江防禦，形成第一道防線;在鼎州(湖南常德)、澧州(湖南醴陵)各屯兵五千做爲第二道防線;在辰州(湖南沅陵)、沅州(湖南芷江)、靖州(湖南靖縣)、郴州(湖南郴州)、桂陽軍(湖南桂陽)構築第三道防線。這三條防線不但能夠防禦從四川進攻的蒙古軍，而且能防禦來自西南的威脅。也許孟珙早就預計到蒙古軍有可能迂迴到大理國向南宋的腹地發起進攻吧。
嘉熙四年，孟珙升任寧武節度使，又兼四川宣撫使和京湖安撫制置使，統一指揮四川、京湖兩大戰區的防務。四川制置使的陳隆之與復使陳大雅不和，孟珙寫信責備，並廉頗、藺相如將相和的事例規勸二人，於是二人重歸於好。孟珙在任時不但整肅貪污、革除地方弊政，而且還招攬流民、興修水利，以恢復生產。此外孟珙還創辦了南陽、竹林兩個書院，招攬因戰亂流亡的知識分子。南宋末年堅守揚州的李庭芝就是在這個時候嶄露頭角的。當時中原歸附的民衆絡繹不絕，連蒙古大將範用吉也祕密同款來降，但南宋朝廷拒絕接納。孟珙因此嘆道：“三十年來收復中原之志，難以克伸了。”淳祐六年(1246年)孟珙在江陵病逝，享年五十二歲。南宋追封他爲吉國公，諡忠襄。《宋史》上如此記載：“是月朔，大星隕於境內，聲如雷。薨之夕，大風發屋折木。”
孟珙出身將門世家，早年抗金，是南宋與蒙古聯合滅金時南宋方面的主將。金亡後又成爲抗擊蒙古的絕對主力，多次挽狂瀾於即倒。在南宋歷史上，孟珙是可以和岳飛、韓世忠等名將並列的人物。
淳祐元年，蒙古軍再次進犯四川。四川制置使陳隆之堅守成都，城破後全家死難。次年，理宗任命餘玠爲四川制置使，置司重慶，全面負責四川防務。得到任命後，餘玠在理宗面前發誓說：“不出十年，當手執全蜀地歸還本朝。”
餘玠入蜀後便以恢復失地爲第一要務，他設招賢館“集衆思，廣忠益”，王堅、張鈺等人才都願意效命。餘玠採納了播州冉連、冉璞兄弟的建議，在合州(重慶合川)釣魚山依山築城。
釣魚山位於嘉陵江、渠江、涪江三江交匯處，下通長江，山勢險峻，易守難攻，不利於蒙古騎兵作戰。釣魚城築成後，餘玠就遷州城於此。
隨後，餘玠又將依山建城的經驗推廣到全蜀。沿嘉陵江、沱江、渠江、長江共建城十餘處，其中著名的有劍門苦竹、金堂雲頂、萬縣奉節、宜賓登高等。以後的繼任者王堅、張鈺又繼續修築山城，其總數共達八十多處。這些沿江的山城構成了一個易守難攻、點線結合、嚴密有序的防禦體系，這一山城防禦體系在其後的抗蒙戰爭中發揮了重大的作用。
餘玠又減賦稅、通商賈、組織軍民屯田，在餘玠的經營下四川抗蒙的形勢出現了轉機。到了淳祐十一年，餘玠已可以率軍在興元府(陝西漢中)與蒙古軍交戰了。這是十幾年來宋軍第一次在蜀地以外作戰。淳祐十二年，餘玠在嘉定府(今四川樂山)擊退犯的蒙古軍，四川出現了自蒙古第一次南侵以來最好的軍事、政治、經濟形勢。
