在帝制時代，皇位的交接異常重要，稍有不慎，就有可能引發強烈的政治動盪，甚至大規模的軍事戰爭。有鑑於此，一般都會早立儲君，斷絕人們對於皇位的覬覦。因爲立儲關於國脈，所以儲君又被視爲國本。
明神宗大婚後一直無子，萬曆九年的一天，神宗在慈寧宮私幸了一個宮女王氏，卻陰差陽錯地讓她有了身孕。起初，神宗死活不認，直到太后命人取出《內起居注》覈實，才被迫承認。在太后的干預下，王氏被進封爲恭妃，隨後產下了皇長子朱常洛。但是萬曆與王氏雲雨並非出於喜歡，而是一時性起，他真正寵愛的是德妃鄭氏。萬曆十一年，鄭氏生下皇二女，次年就進封爲貴妃，萬曆十四年生下皇三子朱常洵後，旋即被進封爲皇貴妃。這種進封速度使得“中外籍籍，疑上將立愛”，即神宗有可能撇下長子常洛而冊封三子常洵爲太子。但是依據“有嫡立嫡，無嫡立長”的皇位繼承原則，廢長立幼是有悖常理的，無法得到廷臣的認可，於是他們紛紛上疏，想讓神宗儘快立常洛爲太子，以免夜長夢多。
萬曆十四年二月，首輔申時行首先上疏，請求早立儲君，神宗批示說長子還太年幼，再過個兩三年吧。神宗的敷衍引發了臣下的不安，於是戶科給事中姜應麟首先上疏抗爭，言辭激烈，引得神宗大怒，將其貶爲廣昌典吏。御史孫維城、楊紹程，給事中胡時麟等人又接連疏請，均被神宗懲處。接二連三的責罰沒能嚇退言官，都給事中王三餘，御史何倬等又各自疏請，最後，神宗乾脆不表態了，將所有奏疏留中不發，來個以靜制動，大臣卻也沒轍了。到了萬曆十六年，已經迫近神宗所說的再過兩三年的期限，大臣們又紛紛請求早立太子，神宗不爲所動，只是批示“候旨行”，就這樣一直拖到了萬曆十八年。
十八年伊始，閣臣申時行等人被神宗召見時，再次提出早定儲位，但神宗卻閃爍其詞，不予正面迴應。於是閣臣以集體請職力爭，在這樣的壓力面前，神宗被迫妥協，傳旨說只要廷臣不再奏請了，就會在後年冊立皇太子。言下之意只要有人再鬧，這道旨意就不作數了。廷臣爲了冊立的順利進行，保持了緘默，但是眼見快要到期，卻不見任何冊封的跡象。按捺不住的工部主事張有德請神宗早做準備。這一奏正是神宗所期望的，於是傳諭將冊封推延至二十一年再舉行。其實明眼人都知道，這只不過是神宗不想冊立常洛爲太子的藉口。
二十一年正月，神宗傳旨說要在今年春天舉行冊封，廷臣鑑於張有德的教訓，都沒有再行疏請。但隨後神宗卻突然提出，皇后年齡尚小，還有產子的可能，要等待嫡子的出生，準備先將常洛等人封王。此時的內閣首輔王錫爵左右爲難，於是他“擬兩旨以進，一爲冊立定期。一則雲中宮年少，且待數年後，有嫡立嫡，無嫡立長，以遵祖制，今且並封三王以俟之”。但神宗並沒有考慮第一種方案，而是直接向禮部下達了“三王並封”的旨意。苦苦等待卻換來如此結果，廷臣自然不肯罷休，紛紛上疏要求如期冊立。首輔王錫爵倍感輿論壓力，也力請按原定時間立儲。面對舉朝反對，神宗也只好作罷，再次擺出拖延的姿態，下令要再等兩三年。八月，王錫爵再次奏請冊立太子，並請皇長子出閣講學。神宗雖然答應了此請求，但卻提出要皇三子常洵也一起出閣。在明代，出閣讀書的權力爲皇太子獨享，一旦出閣，也就意味着皇太子地位的初步確認。神宗想讓常洵一起出閣讀書，表明二者皆有當選太子的可能。這一無理要求被內閣封還。最終，朱常洛於二十二年二月出閣讀書，對此，明人沈德符評論說“雖未正儲皇之位，而人心遂大定矣”。
以出閣讀書換取對於皇長子太子身份的承諾只是一種權宜之計，隨着皇長子常洛慢慢長大，冊立還是勢在必行。神宗感受到了來自大臣的壓力，於是在二十六年底傳諭將冊立太子與分封諸王一起舉行，但只有傳諭，並不見落實。廷臣依舊前赴後繼地奏請，神宗不勝其煩，傳旨說冊立已經有了日期，不許再上奏叨擾了。二十八年七月，神宗又以常洛身體比較虛弱爲由，推遲冊封大典。十月再次傳諭說要在明年春天舉行，總之就是一拖再拖。到了二十九年年底，神宗態度來了個一百八十度的轉變，連夜下詔舉行冊立，據說是因爲鄭貴妃藏匿玉碗一事，惹怒了神宗。但這畢竟是在氣頭上作出的決定，平息後的神宗又欲更改期限，閣臣沈一貫等寧死不從，冊立太子一事總算是定了下來。
按說太子已經冊立，國本之爭算是結束了，可事實並不是這樣的。在冊立之後，朱常洛的待遇並沒有因此得到改善，地位也沒有因此而提升，處境依然很危險，萬曆三十一年的“妖書案”就是一個很好的證明。“妖書”的大意是說神宗立朱常洛爲東宮只是迫不得已，以後必定會改立常洵。類似的“妖書”早在萬曆二十六年就曾出現過，名《憂危竑議》，此書假託朱東吉之口揭露了鄭氏的奪嫡之念，但由於神宗的壓制，此案未起波瀾。“妖書”在太子冊立後再次出現提醒廷臣，太子的位置依然不穩固。而且，“妖書”的出現也不是空穴來風，它與福王朱常洵之國的問題密切相關。爲什麼這麼說呢?按照明代的定製，福王成年後就應該到他的封地去，謂之“之國”，但鄭氏對於立儲並沒有徹底死心，還是把福王留在京師不讓他就藩，而神宗也是三番兩次地故意拖延，這實際上就釋放出一個信號，那就是雖然太子已立，但隨時都有可能被福王取代。於是廷臣爭相奏請福王之國。對此，神宗先以福王府邸未成爲藉口;四十年冬，福王府邸落成，首輔葉向高奏請福王之國，神宗傳諭說福王將於明春之國;到了第二年春天，並不見福王有之國的跡象，於是兵部尚書王象乾又奏催福王之國，對此，神宗說親王之國的時間是在春天，現在已經快過了，明年再去吧。對於神宗的推延政策，大臣早就洞悉，不斷上疏力爭。不久，神宗又傳旨說要想讓福王之國，必須要爲他準備四萬頃莊田。對於這一苛刻條件，首輔葉向高表示不可能辦到，但神宗仍堅持四萬傾之說，並不退讓，欲以此繼續拖延時間。後又傳諭內閣，欲以爲太后祝壽爲藉口拖延之國日期，但此議爲葉向高封還，他本人也以辭退力爭。後來在李太后的幫助下，福王終於四十二年三月就藩。至此，前後延續了近三十年的國本之爭才最終落下帷幕。
國本之爭中，神宗其實是傾向於立寵妃鄭氏之子爲太子的，這種意向較爲明顯。若非大臣前赴後繼地疏請、力爭，朱常洛最終能否當上太子，就很難說了。如果說明代的大臣都是唯唯諾諾地聽命於皇權，他們爲什麼敢如此勇敢地勸諫甚至頂撞君主呢。如果說皇權是至高無上的，那麼爲朱常洵爲何未能如願以償地被冊封爲太子呢?所以說明清時代遠不是人們想象的那樣，皇帝的意志統領一切，一切都是專制的。皇帝的行爲如果不符合禮法、規則(比如國本之爭中，皇帝一意想立朱常洛爲太子的行爲並不符合中國傳統社會立儲時“有嫡立嫡、無嫡立長”的原則)，也會遭到官員們的反對，從而在壓力下放棄自己的不合理行爲。更進一步說，中國傳統政治文化中是存在約束皇權的力量的，只不過這種約束並非來源於制度性的強硬規定，而是官員對於政治合法性的理性堅守，以勸諫、力爭甚至請辭等各種方式表達出來。當然，我們不宜將這種約束看得過高，畢竟，這種約束並不能時時束縛住君權的越軌行爲。
