滿清統治者興兵入關統一全國後，爲了籠絡和網羅知識分子，順治元年宣佈沿襲明朝慣例，按期開科取士。順治二年在北方數省舉行鄉試，錄取了清朝首批舉人；順治三年在北京舉行會試，錄取了開國的首批進士；四年又加行會試，多取江南文士。順治一朝18年，共開8科，錄取進士2591人，幾乎連年考試，而令順治帝頭痛的大大小小的科舉考場案，也接二連三地發生了。大名士吳梅村的年譜裏就有這樣的記載：“壬辰（順治九年，即1652年）權貴與考官有隙，因事中之，於是科場之議起。”這還算小事一樁，鬧得最厲害的，是順治十四年的丁酉（即1657年）科場案。此案因考官納賄而起，株連人數之多，對全國震動之巨，在清朝200多年的歷史中，實屬罕見。
明朝對於科場案件，一般處理較輕。處理最重的要算嘉靖朝的“翟汝孝兄弟關節案”，也不過是考官杖責、貶官，應試者廢黜。而清初順治十四年丁酉科場案的處理，皇帝卻是大開殺戒，不但受賄的考官和行賄的考生立即處死，還株連親屬，父母妻子全遭流放，懲處異常嚴厲，釀成了有科舉以來空前的大慘案！
首先案發的是北闈（即順天府）科場案。順天鄉試行賄作弊，在明末久已成風，入清後更爲公開。因爲主考官李振鄴、張我樸等公開接受給事中陸貽吉、博士蔡元義、進士項紹芳的請託和賄賂，京官三品以上的子弟沒有一個不錄取的，但也有人花了銀子沒有考上。於是榜發後，議論紛紛，更有人告狀喊冤。十月十六日，給事中任克溥上疏揭發。經調查屬實，順治帝大怒，於十月二十七日下旨：“李振鄴、張我樸、蔡元義、陸貽吉、項紹芳，舉人田耜、鄔作霖俱著立斬，家產籍沒，父母兄弟妻子俱徙尚陽堡。”結果涉案人員7個掉了腦袋，並抄家，父母、妻、子、兄弟也遭流放。十一月十一日順治又諭令禮部：“今年順天鄉試，發榜之後，物議沸騰，同考官李振鄴等，中試舉人田耜等，賄賂關節，已經審實正法。其餘中試各卷，豈皆文理平通，盡無情弊？爾部即將順天鄉試中試舉人，速傳來京，候朕親行復試，不許遲延規避。”複試時間和考題，全部由順治皇帝欽定，皇帝要親自主持鄉試，真是曠古奇聞！次年正月十七日，在瀛臺複試正式開始。新舉人們被押送着進入考場，每一名舉人都由兩名武士持刀挾護，由順治皇帝親試。二十五日考試揭曉，革去蘇洪濬等8人的舉人資格，米漢雯等182名仍准許會試。四月二十三日，順治皇帝在太和門親審其餘各要犯，把應處死的25人痛加申斥之後，“俱從寬免死，各責四十大板，流徙尚陽堡”。這算法外開恩了。順治帝還放出狠話：“自今以後，凡考官士子，須當恪遵功令，痛改積習，持廉秉公……如再有犯此等情罪者，必不姑宥。”就是說：從今以後，考官考生們都給我規規矩矩的，再有類似事件，看我怎麼收拾你！
“摁倒葫蘆瓢又起”，剛過半年，江南鄉試又出了亂子。順治十四年十一月二十四日，有給事中陰應節參奏說：“江南主考官方猷等弊竇多端，……物議沸騰。”因爲順治帝處置“北闈”鄉試科場案的怒氣未消，現在又聽到這個消息，更是火上澆油，怒不可遏。立即傳旨：“方猷等經朕面諭，尚敢如此，殊屬可惡。方猷、錢開宗並同考試官，俱着革職。”並下令綁了主持“南闈”的全部考官入京。
這次丁酉科江南鄉試，正考官爲翰林院侍講嚴州人方猷，副考官爲翰林院檢討杭州錢開宗。放榜以後，取中舉人120名，雖得中的多是江南名士，但取中的舉人裏，不少是賄賂考官而取得的。所以兩江的議論譁然，以致造成“羣體事件”。發榜時，就有些落第考生攔住考官怒罵。兩主考在考試結束回鄉之時，船過常州、蘇州，又有大批士子追着船大罵，甚至向船上投擲磚瓦。落榜的士子們怒不可遏，羣集在貢院門前，有人還在門上貼了“大字報”：“孔方主試合錢神（暗指考官方猷和錢開宗），題目先分富與貧（科題取《論語》中‘貧而無諂’一詞），金陵自古稱金穴，白下於今中白丁。”內有一人將門上“貢院”兩個大字的“貢”字中間加了一個“四”字，改成了“賣”（賣字的繁體）；“院”字用紙貼去“阝”變成“完”字，“貢院”變成了“賣完”（賣完）。諷刺堂堂選取人才的貢院，竟成金錢交易的污穢之所。這時江寧書坊店裏還刻了一部傳奇，叫《萬金記》，以方字去一點爲萬，錢字去一旁爲金，影射方、錢二主考，極盡“萬”、“金”二主考暗通關節、受賄賂的種種舞弊醜態。著名戲曲家尤侗又作了一部傳奇名《鈞天樂》，也是說考試行賄買通關節之事。《鈞天樂》這本書一直流傳到京都，而且鬧得滿城風雨，令順治帝大爲光火。
順治十五年二月庚戌，順治帝在中南海瀛臺，又親試該科江南考中的正副榜舉子。和上次親試的情景差不多，每個舉人都身帶刑具，由護軍營的軍校持刀監視，戒備森嚴，如臨大敵，不像考場，倒像刑場！皇帝以春雨詩五十韻命題，結果，只有吳珂鳴三試皆優，文列第一，當了解元，准許參加當年殿試。餘者，74人准許參加下科會試，24人罰停會試，24文理不通，革去舉人。此案的審理一直延續到十一月
十一月二十八日最後結案，順治帝在刑部奏摺上諭批：方猷、錢開宗俱著即正法，妻子家產籍沒入官。其餘葉楚槐等“南闈”全部考官18人（其中1人已經病死）立即處以絞刑（絞刑得全屍，與斬刑不同），妻子家產籍沒入官。8名被控告有“關節”的新舉人，各責打40大板，家產籍沒入官，父母、妻、子流放寧古塔（今黑龍江寧安縣，是清朝前期重犯流放地）。
值得一提的是，在這場科舉大案中，還有一個插曲，就是出現了一位“張鐵生式”的人物——吳兆騫交了白卷。吳兆騫大名鼎鼎，號漢槎，江蘇吳江人，乃江南名士。平常，大家都認爲他的文章“驚才絕豔”，而這次皇帝親試，他卻交了一張白卷。於是輿論大譁，有人說他是驚魂未定，嚇得提筆忘字了；也有人說他是恃才傲物，故意賣弄。其實是吳兆騫看到當時考場如同刑場的景象，感慨萬端，把筆一扔，說：“焉有吳兆騫而以一舉人行賄的嗎？”語氣和態度真是清高的很。這就觸怒了順治皇帝，也把他發配到寧古塔充軍，你不是看不起舉人嘛，那也請你到北疆涼快涼快吧！據說，吳兆騫臨行時，京中好友顧貞觀、徐乾學、吳梅村等人都來爲他送行。吳梅村還作了一首長詩《悲歌贈吳季子》送他上路。然而這一去就是20多年，其間吳兆騫詩興大發，寫了許多悲憤慷慨的詩歌和感人淚下的書信，後來編成了《歸來草堂尺牘》和《秋笳集》，流行於士林。
爲防止考生作弊和官方腐敗，保證科考的公平與公正，清政府對考生作弊處罰很嚴厲。一旦發現，按照《大清律例》，作弊者要被枷號（在街頭帶枷示衆）三個月，然後發煙瘴（邊疆）地區充軍。而順治帝對“南北闈”案的嚴酷處理，顯然含有嚴厲警告漢族士人尤其是江南士子的用意，由此開了清代嚴懲科考作弊的先例，受賄考官處死，竟成爲法律。順治帝對科場案的嚴酷處理，使人想到當下日益升溫的國家公務員考試，想到考場作弊之風的愈演愈烈。但對它的處罰無非是“考試成績無效、取消錄用、五年內不得報考公務員”，再重的不過“終身不得報考公務員”而已，他們和大清朝的莘莘學子們相比真算幸運之至了。
