胡惟庸謀反全家被誅殺後，朱元璋並沒有放下屠刀，“胡惟庸案”也沒有就此了結。
五年之後，“胡惟庸案”又起，有毛響糖者告發，李善長的弟弟李存義以及李存義的兒子李佑與胡惟庸“通謀”，朱元璋如獲至寶，先把此二人流放到崇明島安置。
又五年，即洪武二十三年(1390)，胡惟庸被殺十年之後，李善長的一個親戚丁斌因別的罪名被捕，供出了當年胡惟庸謀反，曾派李存義、李佑向李善長遊說。李善長知情不報，因此也是個“胡黨”。朱元璋早就想挖掉這根“淮西幫”的臺柱子，借題發揮，以“(李)善長元勳國戚，知逆謀不發舉，狐疑觀望懷兩端，大逆不道”的罪名，將其妻女弟侄家口七十餘人同時問斬。曾被朱元璋譽爲“開國第一功臣”的李善長，也在皇帝恩賜的一條繩索下，結束了他七十七年艱難的行程。
與此同時，吉安侯陸仲亨的家奴也告發陸仲亨與唐勝宗、費聚、趙雄三名侯爺串通胡惟庸，“共謀不軌”。一場“肅清逆黨”的政治運動鋪天蓋地而來。受此牽連的還有楊璟、朱亮祖，都是“瓜蔓抄”，被滿門抄斬，直殺得血流成河，遍野血腥。
據統計，因受胡惟庸一案牽連而慘遭屠戮的達三萬多人，絕大多數是出生入死的開國功臣和他們的家屬，其中享有公、侯爵位的近二十人。
兩年之後，還有一位靖寧侯葉昇因“交通胡惟庸”而被補殺。此時距胡惟庸之死已是十多年了。
後世史家每每論及此處，就會反諷：豈有首逆已死，同謀之人十餘年始敗露者?
爲了平服人心，朱元璋還特地頒佈了一部《昭示奸黨錄》?把這些“奸黨”的罪狀、審訊過程、供詞一一公佈，以示他執法公正嚴明。
但是，死去的已經死了，無法辯駁;活着的僥倖逃得一劫，誰敢吭聲?朱元璋想怎麼編造，就可以怎麼編造，後世的人怎能相信這些供詞是真?
不過，朱元璋仍沒有放下屠刀，血腥的屠殺也沒有停止。洪武二十六年(1393)二月，錦衣衛指揮蔣獻揭發大將軍藍玉謀反，一場新的大屠殺又拉開了序幕。
藍玉，明朝開國功臣常遇春之妻弟，最早隸屬常遇春帳下，因作戰勇敢，所向皆捷，積功至武德衛指揮使。朱元璋平定天下後，北元蒙古勢力依然雄踞漠北，與明朝對?。爲了消除隱患，明朝邊將與北元展開了長期的角逐，藍玉便是在幾次北征中脫穎而出的佼佼者。
洪武十一年(1378)，藍玉因參與討平西番而晉升爲永昌侯。
洪武二十一年(1389)，藍玉率軍十五萬北征，風餐露宿，進軍千里，結果大獲全勝，虜獲元軍官屬三千，男女七萬七千人，金銀駝馬不計其數。朱元璋喜不自禁，把他比做漢之衛青、唐之李靖，晉封爲涼國公。
他爲大明王朝建立了赫赫功勳，成爲洪武后期最勇猛的將領。然而功高震主，他也爲自己種下了禍根。
洪武二十五年(1392)，正當他躊躇滿志，請徵民丁，準備討伐“百夷”之時，朱元璋突然命令他班師回朝。他到京時已是第二年二月，錦衣衛蔣獻的揭發帖也應時而至。
二月初八，藍玉上朝，被當廷收禁。次日，收監於錦衣衛，獄詞雲：“(藍)玉同景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東莞伯何榮及吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀爲變，將伺帝出耤田舉事。”(《明史》)意思是，藍玉勾結黨羽，準備在皇帝外出視察農牧生產的時候發動政變。
兩日後，即二月初十，朱元璋就迫不及待地將藍玉處死。由藍玉案蔓引株連的，除獄詞所列侯、伯之外，還有察罕、張溫等，被連坐族誅的達一萬五千多人，中包括一公、十三侯、二伯。
爲了平服人心，朱元璋又特地頒佈了一部《逆臣錄》，照例把這些“逆臣”的罪狀、供詞一一公佈，昭告天下。
胡、藍兩案，幾乎把所有的開國元勳、功臣宿將一網打盡。而對於那些與胡、藍兩案毫不相干的重臣貴戚，朱元璋也頻頻出手，毫不留情。
潁國公傅友德、宋國公馮勝本在河南、山西一帶練兵，與藍玉了無關係，藍玉案發後他們也被召回，既未拘捕，也未審訊。安居一年多後，至洪武二十七年(1394)十一月，傅友德被賜死。三個月後，即二十八年(1395)二月，馮勝也被無緣無故地賜死。
有人，戰功第一的徐達因爲一向反對胡惟庸，所以無法牽連進“胡黨”;他死時藍玉案還沒有爆發，當然與“藍黨”也無關，但是他也沒能倖免。洪武十八年(1385)，他患上了極爲兇險的背疽，按中醫的說法，背疽忌吃蒸鵝。朱元璋偏偏派人送一隻蒸鵝給他吃。皇上所賜，不敢不吃。徐達明知皇上不希望他繼續活下去了，只好當着來人的面，流着眼淚吃下蒸鵝，沒有幾天就一命嗚呼了。
曾經向朱元璋建議“高築牆，廣積糧，緩稱王”的朱升，預感到主公疑忌功臣，衆醉而獨醒，於洪武三年(1370)就告老還鄉，還特地向皇帝請求?賜了“免死券”。第二年，朱升壽終正寢，享年七十二歲。但他的兒子朱同卻沒有得到“免死券”的庇護，最後還是死在朱元璋的手下——賜自縊。令人欷歔不已。
這樣，終洪武一朝，在明初開國功臣中，身爲公侯而得以倖存者，僅長興侯耿炳文、武定侯郭英二人而已
