龐大的明朝皇族——朱氏成員，大部分在明末農民起義的第一場劫難中被農民軍屠殺了。另一部分又在抗清保國的戰爭中壯烈殉國了。除了這兩部分外，在這場空前浩劫中僥倖逃生的皇族成員，又開始了更加艱難的生活。
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據歷史記載，在明清鼎革之際，有一部分皇族成員，如皇太子朱慈烺、崇禎三子定王朱慈炯、四子永王朱慈炤，秦王朱存樞、晉王朱求桂、代王朱傳(火+齊)，先被李自成農民軍俘虜至北京。清抹攻陷北京後，這部分被俘皇族在兵荒馬亂中失蹤，生死不如，下落不明，一直成了歷史疑案。
爲了躲避滿清的迫害，一部分皇族成員，在國破家亡之後，紛紛隱姓埋名，或竄伏山林，或輾轉流徙，開始了艱難的逃亡生活。如出自寧藩的宗室八大山人，在明亡後，便自動放棄了朱姓，自號雪個，後來乾脆出家當了和尚，只是把明朝滅亡的日期，偷偷地組成花押簽在他的畫裏，以志不忘自己是大明子孫。
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周藩分支安昌郡王朱肅渣，在安昌淪陷後，逃往浙東，投奔魯監國以海。舟山失敗，他戰死，其子安昌長子朱某年幼，被母妃攜帶逃出，後爲躲避清廷迫害，來到杭州杭淨寺，出家拜豁堂和尚爲師，做了和尚，後來到松江一個荒野破庵中偷生。母妃臨死時將王印交給兒子，庵中僧人走漏了消息，結果安昌王長子仍被官府抓捕處死，同庵僧人受牽連而死者數百人。
而在廣東梅縣地區也流傳着一個傳說，說是北京淪陷後下落不明的太子朱慈烺，其實與翰林院編修充東宮講讀的嘉應人李七淳一起潛回了李的家鄉梅縣。後爲躲避清廷，太子也削髮爲僧，取法號“(大下面加羅)和尚”。並在梅州陰那半山中人跡罕到之處，建了一座廟，名叫“紫殿”，又叫“聖壽寺”，後便老死在此深山中。死後，他被當地人尊爲“太子菩薩”。
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《清稗類鈔·姓名類》記載，明亡後，“天潢貴胄，轉徙流亡，無不改姓自晦”。《罪惟錄·楚昭王楨傳》也記載，楚藩分支祁陽王朱某，在明末楚藩淪陷後逃到福建。後福建淪陷，他與一個叫嚴煒的書生一起“更姓名入瑤中自保”。因此，今瑤族中，也應有明皇族的血統。
